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万見
- PDB-6y6n: Structure of mature activin A with small molecule 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y6n
タイトルStructure of mature activin A with small molecule 2
要素Inhibin beta A chain
キーワードSIGNALING PROTEIN / activin A / TGF-beta / growth factor / FBDD / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


activin A complex / inhibin A complex / cardiac fibroblast cell development / enzyme activator complex / negative regulation of B cell differentiation / regulation of follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of ovulation / GABAergic neuron differentiation / Antagonism of Activin by Follistatin / TGFBR3 regulates activin signaling ...activin A complex / inhibin A complex / cardiac fibroblast cell development / enzyme activator complex / negative regulation of B cell differentiation / regulation of follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of ovulation / GABAergic neuron differentiation / Antagonism of Activin by Follistatin / TGFBR3 regulates activin signaling / negative regulation of follicle-stimulating hormone secretion / type II activin receptor binding / progesterone secretion / striatal medium spiny neuron differentiation / Glycoprotein hormones / negative regulation of macrophage differentiation / cellular response to oxygen-glucose deprivation / positive regulation of follicle-stimulating hormone secretion / hemoglobin biosynthetic process / negative regulation of phosphorylation / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to cholesterol / Signaling by BMP / mesodermal cell differentiation / activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / Signaling by Activin / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cellular response to angiotensin / odontogenesis / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / response to aldosterone / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / roof of mouth development / eyelid development in camera-type eye / endodermal cell differentiation / positive regulation of SMAD protein signal transduction / peptide hormone binding / negative regulation of type II interferon production / hair follicle development / positive regulation of collagen biosynthetic process / hematopoietic progenitor cell differentiation / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of erythrocyte differentiation / erythrocyte differentiation / cytokine activity / growth factor activity / negative regulation of cell growth / hormone activity / cytokine-mediated signaling pathway / defense response / autophagy / male gonad development / cell-cell signaling / nervous system development / cellular response to hypoxia / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Inhibin, beta A subunit / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ODQ / Inhibin beta A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å
データ登録者McLoughlin, J.D. / Brear, P.B. / Reinhardt, T. / Spring, D.R. / Hyvonen, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2020
タイトル: Demonstration of the utility of DOS-derived fragment libraries for rapid hit derivatisation in a multidirectional fashion
著者: Kidd, S.L. / Fowler, E. / Reinhardt, T. / Compton, T. / Mateu, N. / Newman, H. / Bellini, D. / Talon, R. / McLoughlin, J. / Krojer, T. / Aimon, A. / Bradley, A. / Fairhead, M. / Brear, P. / ...著者: Kidd, S.L. / Fowler, E. / Reinhardt, T. / Compton, T. / Mateu, N. / Newman, H. / Bellini, D. / Talon, R. / McLoughlin, J. / Krojer, T. / Aimon, A. / Bradley, A. / Fairhead, M. / Brear, P. / Diaz-Saez, L. / McAuley, K. / Sore, H.F. / Madin, A. / O'Donovan, D.H. / Huber, K.V.M. / Hyvonen, M. / Dowson, C.G. / Spring, D.R.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inhibin beta A chain
B: Inhibin beta A chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6147
ポリマ－25,9842
非ポリマー6315
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization, Disulfide-linked dimer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.253, 96.951, 120.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Inhibin beta A chain / Activin beta-A chain / Erythroid differentiation protein / EDF


分子量: 12991.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INHBA / プラスミド: pBAT4 / 詳細 (発現宿主): pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P08476
#2: 化合物 ChemComp-ODQ / (3~{R})-3,4-dimethyl-3-propyl-1~{H}-1,4-benzodiazepine-2,5-dione


分子量: 246.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.65 M (NH4)2SO4, 4 % PEG 300, 100 mM Hepes pH 7.4, 2 % DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97858 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97858 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→56.67 Å / Num. obs: 24727 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8.7 % / Biso Wilson estimate: 42.59 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 214143 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.03-2.148.92.76435640.4870.9642.932100
6.41-56.677.30.0658650.9960.0250.0799.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2arv

2arv


解像度: 2.03→22.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU R Cruickshank DPI: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.146
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1160 5.04 %RANDOM
Rwork0.236 ---
obs0.236 23023 93.4 %-
原子変位パラメータBiso max: 164.99 Å2 / Biso mean: 55.62 Å2 / Biso min: 26.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.1411 Å20 Å20 Å2
2--3.7475 Å20 Å2
3----13.8886 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.03→22.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1754 0 38 43 1835
Biso mean--86.69 53 -
残基数----223
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d625SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes44HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes271HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1843HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion230SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1973SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1843HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2494HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.84
LS精密化 シェル解像度: 2.03→2.12 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2407 135 4.76 %
Rwork0.2396 2704 -
all0.2397 2839 -
obs--96.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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