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- PDB-6y4n: Structure of Tubulin Tyrosine Ligase in Complex with Tb116 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y4n
タイトルStructure of Tubulin Tyrosine Ligase in Complex with Tb116
要素
  • Stathmin-4
  • Tubulin alpha-1B chain
  • Tubulin beta chain
  • Tubulin-Tyrosine Ligase
キーワードLIGASE / TTL / Tubulin / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins ...tubulin-tyrosine ligase activity / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / microtubule depolymerization / COPI-mediated anterograde transport / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / spindle microtubule / protein modification process / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / neuron projection development / mitotic cell cycle / growth cone / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / neuron projection / GTPase activity / nucleotide binding / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. ...Tubulin-tyrosine ligase/Tubulin polyglutamylase / Tubulin-tyrosine ligase family / TTL domain profile. / Stathmin family / Stathmin, conserved site / Stathmin superfamily / Stathmin family / Stathmin family signature 1. / Stathmin family signature 2. / Stathmin-like (SLD) domain profile. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / (2~{R})-1-methylpiperidine-2-carboxylic acid / Chem-O9K / Chem-O9N / benzyl hydrogen carbonate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / VALINE ...PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / (2~{R})-1-methylpiperidine-2-carboxylic acid / Chem-O9K / Chem-O9N / benzyl hydrogen carbonate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / VALINE / Tubulin tyrosine ligase / Tubulin beta chain / Stathmin-4 / Tubulin alpha-1B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.852 Å
データ登録者Gavrilyuk, J. / Nocek, B. / Rigol, S. / Nicolaou, K.C. / Stoll, V.
引用ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 2021
タイトル: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Tubulysin Analogues, Linker-Drugs, and Antibody-Drug Conjugates, Insights into Structure-Activity Relationships, and Tubulysin-Tubulin ...タイトル: Design, Synthesis, and Biological Evaluation of Tubulysin Analogues, Linker-Drugs, and Antibody-Drug Conjugates, Insights into Structure-Activity Relationships, and Tubulysin-Tubulin Binding Derived from X-ray Crystallographic Analysis.
著者: Nicolaou, K.C. / Pan, S. / Pulukuri, K.K. / Ye, Q. / Rigol, S. / Erande, R.D. / Vourloumis, D. / Nocek, B.P. / Munneke, S. / Lyssikatos, J. / Valdiosera, A. / Gu, C. / Lin, B. / Sarvaiaya, H. ...著者: Nicolaou, K.C. / Pan, S. / Pulukuri, K.K. / Ye, Q. / Rigol, S. / Erande, R.D. / Vourloumis, D. / Nocek, B.P. / Munneke, S. / Lyssikatos, J. / Valdiosera, A. / Gu, C. / Lin, B. / Sarvaiaya, H. / Trinidad, J. / Sandoval, J. / Lee, C. / Hammond, M. / Aujay, M. / Taylor, N. / Pysz, M. / Purcell, J.W. / Gavrilyuk, J.
履歴
登録2020年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1B chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha-1B chain
D: Tubulin beta chain
E: Stathmin-4
F: Tubulin-Tyrosine Ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)265,53726
ポリマ－261,4476
非ポリマー4,09020
水10,827601
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23690 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area80660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.284, 154.969, 183.433
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質 Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain


分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: Q2XVP4
#2: タンパク質 Tubulin beta chain / Beta-tubulin


分子量: 49907.770 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P02554
#3: タンパク質 Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3


分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質 Tubulin-Tyrosine Ligase


分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

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非ポリマー , 14種, 621分子

#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-O9B / (2~{R})-1-methylpiperidine-2-carboxylic acid / (2R)-1-メチルピペリジン-2-カルボン酸


分子量: 143.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13NO2
#11: 化合物 ChemComp-O9K / [(1~{R},3~{R})-1-(4-methanoyl-1,3-thiazol-2-yl)-4-methyl-3-(methylamino)pentyl] ethanoate


分子量: 284.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H20N2O3S
#12: 化合物 ChemComp-O9N / methyl (2~{S},4~{S})-2,4-bis(azanyl)-5-phenyl-pentanoate


分子量: 222.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N2O2
#13: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#14: 化合物 ChemComp-VAL / VALINE / バリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 117.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2
#15: 化合物 ChemComp-P6S / benzyl hydrogen carbonate / 炭酸ベンジル


分子量: 152.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3
#16: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#17: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 601 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30 mM calcium chloride, 30 mM magnesium chloride, 0.10 M MES pH 6.0, 2.0% w/v PEG 4000, 5.0% w/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.852→78.93 Å / Num. obs: 69959 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 79.07 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.852→2.901 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.864 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3461 / Rsym value: 0.864 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (6-FEB-2020)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.852→78.929 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.318
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 3527 5.04 %RANDOM
Rwork0.1827 ---
obs0.1846 69959 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 189.36 Å2 / Biso mean: 70.97 Å2 / Biso min: 25.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.981 Å20 Å20 Å2
2---0.7938 Å20 Å2
3---9.7748 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.33 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.852→78.929 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17464 0 264 589 18317
Biso mean--60.29 53.08 -
残基数----2207
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d10628SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes5788HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it18202HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2333SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact25894SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d35299HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg63524HARMONIC20.97
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.07
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.59
LS精密化 シェル解像度: 2.852→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2587 69 4.93 %
Rwork0.241 1331 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05920.3338-0.01131.309-0.92131.3493-0.01980.00640.078-0.05280.1589-0.05970.2057-0.1705-0.1391-0.0133-0.0177-0.039-0.04340.0954-0.0508-25.3161-4.320261.951
20.2304-0.1615-0.02960.7934-0.77291.1635-0.0024-0.0297-0.014-0.0868-0.0105-0.02840.09250.02620.0129-0.05390.0063-0.0012-0.01820.0520.0003-15.467620.913329.6166
30.1744-0.0099-0.21680.4963-0.40810.5447-0.10450.0211-0.0377-0.03390.0518-0.0248-0.03630.00590.0527-0.0336-0.05030.0074-0.00150.0190-12.589749.1815-3.7711
40.74480.03330.18680.8328-0.51580.7777-0.27940.31510.0647-0.01560.17350.035-0.15980.19270.10590.0103-0.152-0.08820.07330.152-0.1434-16.936580.4007-31.6036
50.1371-0.27680.4752.3624-2.91043.6232-0.0814-0.0215-0.00890.19780.38390.33-0.2348-0.5442-0.3025-0.08560.0347-0.02870.05680.152-0.0166-39.244538.028120.0263
61.0095-0.07661.15160.06510.43212.5932-0.3075-0.06620.27590.00580.1034-0.0919-0.2539-0.24630.2040.13910.0813-0.152-0.1797-0.0618-0.0129-5.521524.065292.5146
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A1 - 439
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B1 - 431
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1 - 440
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1 - 431
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E50 - 187
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F1 - 381

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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