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- PDB-6y3s: 14-3-3 Sigma in complex with phosphorylated (pS210) Gab2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y3s
タイトル14-3-3 Sigma in complex with phosphorylated (pS210) Gab2 peptide
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Gab2
キーワードPROTEIN BINDING / 14-3-3 / Gab2 / complex / protein / protein-protein interactions
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mast cell degranulation / STAT5 Activation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Interleukin-15 signaling / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation ...positive regulation of mast cell degranulation / STAT5 Activation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / Interleukin-15 signaling / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / RET signaling / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / PI3K Cascade / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Interleukin receptor SHC signaling / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / Signaling by CSF3 (G-CSF) / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / Signaling by FLT3 ITD and TKD mutants / positive regulation of protein localization / Signaling by FLT3 fusion proteins / FLT3 Signaling / positive regulation of cell adhesion / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / osteoclast differentiation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Signaling by SCF-KIT / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / intracellular protein localization / PIP3 activates AKT signaling / regulation of protein localization / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / regulation of cell cycle / cadherin binding / membrane raft / positive regulation of cell population proliferation / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
GRB2-associated-binding protein 1-4-like / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein ...GRB2-associated-binding protein 1-4-like / 14-3-3 protein sigma / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma / GRB2-associated-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Ballone, A. / Lau, R.A. / Zweipfenning, F.P.A. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN675179 オランダ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: A new soaking procedure for X-ray crystallographic structural determination of protein-peptide complexes.
著者: Ballone, A. / Lau, R.A. / Zweipfenning, F.P.A. / Ottmann, C.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: Gab2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3804
ポリマ－29,3322
非ポリマー492
水7,782432
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: Gab2
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: Gab2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7608
ポリマ－58,6634
非ポリマー974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area23650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.451, 112.144, 62.706
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-411-

HOH

21A-800-

HOH

31A-802-

HOH

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 28226.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Gab2


分子量: 1105.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UQC2*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 28% (v/v) PEG400, 1.25% glycerol, 0.2M CaCl, 0.1M HEPES pH 7.5, 2mM BME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.973 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→66.43 Å / Num. obs: 21595 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 16.99 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / Num. unique obs: 1054 / CC1/2: 0.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
REFMAC1.16_3549精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LW1

3lw1


解像度: 1.95→66.43 Å / SU ML: 0.2034 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.4151
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 1097 5.09 %
Rwork0.1733 --
obs0.1752 21568 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 20.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→66.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1856 0 2 432 2290
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00591897
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73562557
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0386282
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.82881591
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-2.040.29721030.24252549X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.150.24351450.19292499X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.280.23141360.18162539X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.460.22021280.17152548X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.70.22131450.17562519X-RAY DIFFRACTION99.96
2.7-3.10.20661560.16872544X-RAY DIFFRACTION99.96
3.1-3.90.18111330.15232596X-RAY DIFFRACTION99.96
3.9-66.40.19411510.16552677X-RAY DIFFRACTION99.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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