PDB-6y3d: X-ray structure of thermophilic C-phycocyanin from Galdiera phlegrea

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y3d

タイトル

X-ray structure of thermophilic C-phycocyanin from Galdiera phlegrea

要素

(C-phycocyanin ...) x 2

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / red algae / C-phycocyanin / pigment / fluorescent / Phycobilisomes

機能・相同性

機能・相同性情報

phycobilisome / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Cyanidium caldarium (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ferraro, G. / Lucignano, R. / Marseglia, A. / Merlino, A.

引用

ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2020
タイトル: X-ray structure of C-phycocyanin from Galdieria phlegrea: Determinants of thermostability and comparison with a C-phycocyanin in the entire phycobilisome.
著者: Ferraro, G. / Imbimbo, P. / Marseglia, A. / Lucignano, R. / Monti, D.M. / Merlino, A.

履歴

登録	2020年2月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y3d.cif.gz	427.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y3d.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y3d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/6y3d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3brpS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2uum-1 1ha7-1 2uun-2 2uul-1 2uun-1 2uul-2 4h0m-2 2uum-2 6jpr-d 5o7m-1 3kvs-1 1ha7-2 1gh0-2 5uvk-1 5tou-d 4ziz-1 2bv8-d 1phn-2 2vjr-1 6ypq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: C-phycocyanin alpha chain

BBB: C-phycocyanin beta chain

CCC: C-phycocyanin alpha chain

DDD: C-phycocyanin beta chain

EEE: C-phycocyanin alpha chain

FFF: C-phycocyanin beta chain

GGG: C-phycocyanin alpha chain

HHH: C-phycocyanin beta chain

III: C-phycocyanin alpha chain

JJJ: C-phycocyanin beta chain

KKK: C-phycocyanin alpha chain

LLL: C-phycocyanin beta chain

ヘテロ分子

224 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.030, 189.130, 208.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	GGG-340- HOH
2	1	III-308- HOH
3	1	KKK-313- HOH
4	1	KKK-382- HOH

-
C-phycocyanin ... , 2種, 12分子 AAACCCEEEGGGIIIKKKBBBDDDFFFHHHJJJLLL

#1: タンパク質	C-phycocyanin alpha chain 分子量: 17260.398 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物) / 参照: UniProt: O19910
#2: タンパク質	C-phycocyanin beta chain 分子量: 18203.604 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cyanidium caldarium (真核生物) / 参照: UniProt: O19909

-
非ポリマー , 4種, 1236分子

#3: 化合物	ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN 分子量: 588.694 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.10 M Hepes, 0.20 M magnesium chloride and 9.0 % (w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 0.96 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→94.744 Å / Num. obs: 217082 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.4 % / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.199 / R_pim(I) all: 0.119 / R_rim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 2.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 30323 / CC_1/2: 0.061 / % possible all: 79.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3brp

3brp

解像度: 1.8→94.744 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 7.529 / SU ML: 0.193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2682	11108	5.123 %
R_work	0.2211	-	-
all	0.223	-	-
obs	-	216823	98.661 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.779 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.698 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.668 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→94.744 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14874	0	788	1215	16877

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	16018
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	14788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.598	1.645	21796
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.413	1.579	34098
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.659	5	2020
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.066	20.383	836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.401	15	2465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.181	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	18782
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3304
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	3849
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	13736
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	7899
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	6965
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.198	0.2	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.193	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.384	3.091	8076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.38	3.09	8074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.302	4.625	10096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.303	4.626	10097
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.4	3.438	7942
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.4	3.438	7943
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.131	5.008	11700
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.131	5.008	11701
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.244	38.29	18643
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.169	37.987	18349

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.471	835	0.47	14490	X-RAY DIFFRACTION	95.4829
1.847-1.897	0.419	732	0.419	14248	X-RAY DIFFRACTION	95.2926
1.897-1.952	0.404	774	0.397	13967	X-RAY DIFFRACTION	96.561
1.952-2.012	0.393	758	0.384	13732	X-RAY DIFFRACTION	97.6415
2.012-2.078	0.384	749	0.373	13421	X-RAY DIFFRACTION	98.3959
2.078-2.151	0.376	713	0.348	13112	X-RAY DIFFRACTION	99.3389
2.151-2.233	0.364	676	0.312	12713	X-RAY DIFFRACTION	99.4873
2.233-2.324	0.322	696	0.267	12208	X-RAY DIFFRACTION	99.7912
2.324-2.427	0.307	584	0.235	11828	X-RAY DIFFRACTION	99.6228
2.427-2.545	0.287	593	0.21	11282	X-RAY DIFFRACTION	99.8486
2.545-2.683	0.277	567	0.198	10762	X-RAY DIFFRACTION	99.9206
2.683-2.846	0.265	568	0.183	10201	X-RAY DIFFRACTION	99.9165
2.846-3.042	0.239	529	0.178	9550	X-RAY DIFFRACTION	99.8514
3.042-3.286	0.245	497	0.179	8955	X-RAY DIFFRACTION	99.9154
3.286-3.599	0.218	423	0.173	8259	X-RAY DIFFRACTION	99.5186
3.599-4.024	0.202	426	0.155	7504	X-RAY DIFFRACTION	99.7735
4.024-4.645	0.177	336	0.141	6682	X-RAY DIFFRACTION	99.9288
4.645-5.688	0.222	306	0.163	5678	X-RAY DIFFRACTION	99.9833
5.688-8.037	0.218	217	0.162	4500	X-RAY DIFFRACTION	99.8941
8-10	0.153	129	0.149	2623	X-RAY DIFFRACTION	99.7463

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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