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- PDB-6y1v: Mycobacterium tuberculosis FtsZ-GTP-gamma-S in complex with 4-hyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1v
タイトルMycobacterium tuberculosis FtsZ-GTP-gamma-S in complex with 4-hydroxycoumarin
要素Cell division protein FtsZ
キーワードANTIBIOTIC / Cell division Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; ...Cell division protein FtsZ / Cell division protein FtsZ, conserved site / Cell division protein FtsZ, C-terminal / FtsZ family, C-terminal domain / FtsZ protein signature 1. / FtsZ protein signature 2. / Tubulin-like protein FtsZ/CetZ / Tubulin/FtsZ, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-HYDROXY-2H-CHROMEN-2-ONE / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Cell division protein FtsZ
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Alnami, A.T. / Norton, R.S. / Pena, H.P. / Haider, M. / kozielski, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Conformational Flexibility of A Highly Conserved Helix Controls Cryptic Pocket Formation in FtsZ.
著者: Alnami, A. / Norton, R.S. / Pena, H.P. / Haider, S. / Kozielski, F.
履歴
登録2020年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月16日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _struct.title
改定 1.22024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein FtsZ
B: Cell division protein FtsZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,80616
ポリマ－64,1672
非ポリマー1,63914
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6120 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area23390 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.539, 88.539, 180.297
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
Space group name HallP65
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEULEULEU(chain 'A' and ((resid 8 through 9 and (name N...AA8 - 478 - 47
12SERSERVALVAL(chain 'A' and ((resid 8 through 9 and (name N...AA50 - 5850 - 58
13ALAALAARGARG(chain 'A' and ((resid 8 through 9 and (name N...AA70 - 13970 - 139
14ASNASNASNASN(chain 'A' and ((resid 8 through 9 and (name N...AA142 - 163142 - 163
15LEULEUGLNGLN(chain 'A' and ((resid 8 through 9 and (name N...AA166 - 168166 - 168
16VALVALASPASP(chain 'A' and ((resid 8 through 9 and (name N...AA174 - 184174 - 184
17LEULEUALAALA(chain 'A' and ((resid 8 through 9 and (name N...AA187 - 218187 - 218
18ALAALALEULEU(chain 'A' and ((resid 8 through 9 and (name N...AA221 - 269221 - 269
19ILEILEGLYGLY(chain 'A' and ((resid 8 through 9 and (name N...AA272 - 311272 - 311
210LEULEULEULEU(chain 'B' and (resid 8 through 48 or resid 50...BB8 - 478 - 47
211SERSERVALVAL(chain 'B' and (resid 8 through 48 or resid 50...BB50 - 5850 - 58
212ALAALAARGARG(chain 'B' and (resid 8 through 48 or resid 50...BB70 - 13970 - 139
213ASNASNASNASN(chain 'B' and (resid 8 through 48 or resid 50...BB142 - 163142 - 163
214LEULEUGLNGLN(chain 'B' and (resid 8 through 48 or resid 50...BB166 - 168166 - 168
215VALVALASPASP(chain 'B' and (resid 8 through 48 or resid 50...BB174 - 184174 - 184
216LEULEUALAALA(chain 'B' and (resid 8 through 48 or resid 50...BB187 - 218187 - 218
217ALAALALEULEU(chain 'B' and (resid 8 through 48 or resid 50...BB221 - 269221 - 269
218ILEILEGLYGLY(chain 'B' and (resid 8 through 48 or resid 50...BB272 - 311272 - 311

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein FtsZ


分子量: 32083.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: ftsZ, MT2209 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WN94
#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#4: 化合物 ChemComp-4HC / 4-HYDROXY-2H-CHROMEN-2-ONE / 4-HYDROXY-1-BENZOPYRAN-2-ONE / 4-HYDROXYCOUMARIN / 4-ヒドロキシクマリン


分子量: 162.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.23 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 27.5% PEG4000, 0.4 M ammonium acetate and 0.1 M Na citrate soaked with 37.5 mM of inhibitor

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データ収集

回折平均測定温度: 298.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→180.3 Å / Num. obs: 31240 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 39.88 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / Num. unique obs: 4542 / CC1/2: 0.52

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1rq7

1rq7


解像度: 2.4→76.68 Å / SU ML: 0.366 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.1739
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 1632 5.24 %
Rwork0.1722 29537 -
obs0.1752 31169 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 42.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→76.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4251 0 80 233 4564
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01294391
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39955945
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0739713
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009798
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.60733495
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.470.35891550.29282426X-RAY DIFFRACTION99.69
2.47-2.550.31591230.25962452X-RAY DIFFRACTION99.69
2.55-2.640.33411360.23792461X-RAY DIFFRACTION99.88
2.64-2.750.26321290.22112464X-RAY DIFFRACTION99.92
2.75-2.870.28811410.20692455X-RAY DIFFRACTION99.96
2.87-3.020.25151490.19722432X-RAY DIFFRACTION99.88
3.02-3.210.26391330.18432466X-RAY DIFFRACTION99.92
3.21-3.460.25621500.16672446X-RAY DIFFRACTION99.92
3.46-3.810.24161310.15282463X-RAY DIFFRACTION100
3.81-4.360.19551250.13992490X-RAY DIFFRACTION99.89
4.36-5.490.18411340.14042485X-RAY DIFFRACTION100
5.49-76.680.1531260.15212497X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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