PDB-6y1u: Mycobacterium tuberculosis FtsZ-GDP in complex with 4-hydroxycoumarin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6y1u

タイトル

Mycobacterium tuberculosis FtsZ-GDP in complex with 4-hydroxycoumarin

要素

Cell division protein FtsZ

キーワード

ANTIBIOTIC / Cell division Protein

機能・相同性

機能・相同性情報

division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / protein polymerization / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Alnami, A.T. / Norton, R.S. / Pena, H.P. / Haider, M. / kozielski, F.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2021
タイトル: Conformational Flexibility of A Highly Conserved Helix Controls Cryptic Pocket Formation in FtsZ.
著者: Alnami, A. / Norton, R.S. / Pena, H.P. / Haider, S. / Kozielski, F.

履歴

登録	2020年2月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / citation_author / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _struct.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6y1u.cif.gz	301.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6y1u.ent.gz	201.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6y1u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/6y1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/6y1u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y1vC 6ym1C 6ym9C 1rq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rq2-d 6y1v-d 1rq7-d 6ym1-d 2qvh-d 2fdc-1 6ym9-d 2fm6-5 1gve-d 1rlu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (8) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (8) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Cell division protein FtsZ

B: Cell division protein FtsZ

ヘテロ分子

66.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.130, 88.130, 176.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Space group name Hall	P6₅
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Cell division protein FtsZ 分子量: 32083.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌) 株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: ftsZ, MT2209 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WN94
#2: 化合物	... ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-4HC / 4-HYDROXY-2H-CHROMEN-2-ONE / 4-HYDROXY-1-BENZOPYRAN-2-ONE / 4-HYDROXYCOUMARIN / 4-ヒドロキシクマリン分子量: 162.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₆O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.99 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 27.5% PEG4000, 0.4 M ammonium acetate and 0.1 M Na citrate, soaked with 37.5 mM of inhibitor

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9159 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→76.323 Å / Num. obs: 88000 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 25.04 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 1.68→1.74 Å / Num. unique obs: 8733 / CC_1/2: 0.479

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1RQ7

1rq7

解像度: 1.68→76.32 Å / SU ML: 0.1855 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.2549
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1966	4365	4.96 %
R_work	0.1684	83632	-
obs	0.1698	87997	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→76.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4262	0	108	396	4766

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0118	4533
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2155	6161
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0824	742
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0067	830
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.9279	3595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.7	0.3473	162	0.2945	2770	X-RAY DIFFRACTION	99.42
1.7-1.72	0.2945	169	0.29	2718	X-RAY DIFFRACTION	99.48
1.72-1.74	0.2978	160	0.2689	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.62
1.74-1.76	0.3024	134	0.2647	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.59
1.76-1.79	0.2671	164	0.245	2742	X-RAY DIFFRACTION	99.45
1.79-1.81	0.2743	130	0.2414	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.69
1.81-1.84	0.306	134	0.2256	2812	X-RAY DIFFRACTION	99.7
1.84-1.86	0.2612	126	0.2088	2774	X-RAY DIFFRACTION	99.55
1.86-1.89	0.2345	142	0.1981	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.89-1.92	0.227	126	0.1895	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.66
1.92-1.96	0.2162	144	0.1768	2818	X-RAY DIFFRACTION	99.83
1.96-1.99	0.1938	157	0.1745	2739	X-RAY DIFFRACTION	99.76
1.99-2.03	0.2077	150	0.1728	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.03-2.07	0.2174	152	0.168	2752	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.07-2.12	0.1935	119	0.1681	2823	X-RAY DIFFRACTION	99.83
2.12-2.17	0.179	122	0.1607	2825	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.22	0.2187	173	0.1659	2772	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.22-2.28	0.1971	143	0.1624	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.28-2.35	0.1928	174	0.1604	2756	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.35-2.42	0.2027	156	0.1643	2796	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.42-2.51	0.1985	147	0.1624	2798	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.51-2.61	0.1959	152	0.1667	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.73	0.1896	105	0.1637	2834	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.73-2.87	0.1817	129	0.1696	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-3.05	0.2313	161	0.1668	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.29	0.1785	135	0.1585	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.62	0.1574	160	0.1517	2777	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-4.14	0.1767	146	0.1494	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-5.22	0.1766	137	0.1433	2832	X-RAY DIFFRACTION	100
5.22-76.31	0.1787	156	0.1742	2815	X-RAY DIFFRACTION	99.9

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -48.9133743045 Å / Origin y: 21.1360341601 Å / Origin z: 10.9634906097 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.190476504465 Å²	-0.0169204251691 Å²	-0.00931775028288 Å²	-	0.189940671138 Å²	-0.000622427670158 Å²	-	-	0.180375925028 Å²
L	1.08505341772 °²	-0.314648668975 °²	0.00958400270555 °²	-	0.271768775866 °²	-0.0559143925304 °²	-	-	0.239390798348 °²
S	-0.0208348328476 Å °	-0.121130937628 Å °	0.0172149640803 Å °	-0.0339552221321 Å °	0.0549103540363 Å °	-0.0132119972128 Å °	-0.056208044336 Å °	-0.0305409200113 Å °	-0.036532563041 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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