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- PDB-6y1s: Bicyclic peptide bp70 in I4132 at 1.0 Angstrom resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1s
タイトルBicyclic peptide bp70 in I4132 at 1.0 Angstrom resolution
要素bp70
キーワードANTIBIOTIC / Antimicrobial / Bicyclic / Lectin
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用
ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021
タイトル: A mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography.
著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L.
#1: ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021
タイトル: A mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography.
著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L.
#2: ジャーナル: Chemrxiv / 年: 2021
タイトル: Mixed Chirality alpha-Helix in a Stapled Bicyclic and a Linear Antimicrobial Peptide Revealed by X-Ray Crystallography.
著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.-L.
履歴
登録2020年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _citation.journal_id_ISSN / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: bp70


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,5341
ポリマ－1,5341
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area1470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)55.459, 55.459, 55.459
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

#1: タンパク質・ペプチド bp70


分子量: 1533.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Bicyclic stapled peptide bp94 in I4132 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M CALCIUM CHLORIDE DIHYDRATE, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 4.6, 20% V/V 2-PROPANOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000036 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月23日
詳細: COLLIMATING MIRROR (M1), BARTELS MONOCHROMATOR (DCCM), TOROIDAL MIRROR (M2)
放射モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000036 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→39.24 Å / Num. obs: 7245 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 65 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Rpim(I) all: 0.006 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 51.2
反射 シェル解像度: 1.04→1.06 Å / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 2.927 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 2124 / % possible all: 98.58

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.34 Å22.63 Å
Translation2.34 Å22.63 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SHELX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6Y13

6y13


解像度: 1.04→39.24 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
詳細: ANISOTROPIC REFINEMENT REDUCED FREE R (NO CUTOFF) BY ?
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 --RANDOM
all-7230 --
obs-7230 99.92 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso max: 61.33 Å2 / Biso mean: 25.4355 Å2 / Biso min: 14.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.04→39.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数105 0 0 0 105
残基数----13
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.514
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.132
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.318
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.039
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.084
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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