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- PDB-6y1i: Human Eg5 motor domain mutant R234C -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1i
タイトルHuman Eg5 motor domain mutant R234C
要素Kinesin-like protein KIF11
キーワードMOTOR PROTEIN / Eg5 motor domain mutant R234C / KIF11 motor domain mutant R234C / human syndrome associated Eg5 mutant / kinesin
機能・相同性
機能・相同性情報


spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / Kinesins / mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / spindle organization / kinesin complex / microtubule-based movement ...spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / Kinesins / mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule motor activity / spindle organization / kinesin complex / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / mitotic spindle / spindle pole / spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / cell division / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain ...Kinesin-associated microtubule-binding domain / Kinesin-associated microtubule-binding / : / : / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Kinesin-like protein KIF11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Garcia-Saez, I. / Skoufias, D.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Eg5 motor domain mutant R234C
著者: Garcia-Saez, I. / Skoufias, D.A.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF11
B: Kinesin-like protein KIF11
C: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3599
ポリマ－123,0053
非ポリマー1,3556
水00
1
A: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4533
ポリマ－41,0021
非ポリマー4522
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4533
ポリマ－41,0021
非ポリマー4522
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Kinesin-like protein KIF11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4533
ポリマ－41,0021
非ポリマー4522
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.428, 87.603, 95.065
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 116.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 16 through 52 or resid 64...
21(chain B and (resid 16 through 140 or resid 142...
31(chain C and (resid 16 through 52 or resid 64...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYVALVAL(chain A and (resid 16 through 52 or resid 64...AA16 - 5216 - 52
12LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 16 through 52 or resid 64...AA64 - 14064 - 140
13GLNGLNGLUGLU(chain A and (resid 16 through 52 or resid 64...AA142 - 180142 - 180
14LEULEUVALVAL(chain A and (resid 16 through 52 or resid 64...AA182 - 365182 - 365
21GLYGLYLEULEU(chain B and (resid 16 through 140 or resid 142...BB16 - 14016 - 140
22GLNGLNGLUGLU(chain B and (resid 16 through 140 or resid 142...BB142 - 180142 - 180
23LEULEUGLUGLU(chain B and (resid 16 through 140 or resid 142...BB182 - 270182 - 270
24GLYGLYVALVAL(chain B and (resid 16 through 140 or resid 142...BB286 - 365286 - 365
31GLYGLYVALVAL(chain C and (resid 16 through 52 or resid 64...CC16 - 5216 - 52
32LYSLYSLEULEU(chain C and (resid 16 through 52 or resid 64...CC64 - 14064 - 140
33GLNGLNGLUGLU(chain C and (resid 16 through 52 or resid 64...CC142 - 180142 - 180
34LEULEUVALVAL(chain C and (resid 16 through 52 or resid 64...CC182 - 365182 - 365

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF11 / Kinesin-like protein 1 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Kinesin-related motor protein Eg5 / ...Kinesin-like protein 1 / Kinesin-like spindle protein HKSP / Kinesin-related motor protein Eg5 / Thyroid receptor-interacting protein 5 / TRIP-5


分子量: 41001.531 Da / 分子数: 3 / 変異: R234C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KIF11, EG5, KNSL1, TRIP5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52732
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.43 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG3350, 0.15M Na tartrate, 0.1M MES pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97888 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97888 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→47.7 Å / Num. obs: 51247 / % possible obs: 99.47 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 78.02 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.05018 / Rpim(I) all: 0.05018 / Rrim(I) all: 0.07096 / Net I/σ(I): 6.72
反射 シェル解像度: 3→3.107 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.5642 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 5120 / CC1/2: 0.766 / Rpim(I) all: 0.5642 / Rrim(I) all: 0.798 / % possible all: 99.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1II6

1ii6


解像度: 3→47.7 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / 位相誤差: 38.35
詳細: The structure has been solved using the space group P21 and 3 molecules/au including NCS and TLS in the refinement. However initially, crystals could be indexed as monoclinic (P21) or ...詳細: The structure has been solved using the space group P21 and 3 molecules/au including NCS and TLS in the refinement. However initially, crystals could be indexed as monoclinic (P21) or centered orthorrombic (C222). Xtriage was run to analyze the data. These analyses pointed the possibility of a higher symmetry in the crystal (point group C222), however it was noted that the data could be perfectly twinned hence the symmetry will appear to be higher than it actually is. The largest off-origin peak in the Patterson function calculated is 5.55% of the height of the origin peak (fraction coordinates= 0.000, 0.203, 0.000; distance to origin= 17.754), with no significant pseudo translation detected. A twin law was also identified (h,-k,-h-l). Despite that the results of the L-test indicated that the intensities statistics behave as expected showing no twinning, the correlation between the intensities related by the twin law h,-k,-h-l with an estimated twin fraction of 0.19 (Britton analyses) indicated that most likely there is a NCS axis parallel to the twin axis. We suspect that the very high disorder observed in the subunit C of the au of the deposited structure it is associated to this problem. However including the twin laws in PHENIX refinements increase Rfree factor and worsened the density maps. The structure was also solved using a higher symmetry (C222) but Rfree factor increased with refinement possibly indicating a wrong space group.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3065 2475 4.96 %
Rwork0.2719 --
obs0.2736 49949 99.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 547.69 Å2 / Biso mean: 194.7114 Å2 / Biso min: 42.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7607 0 120 0 7727
Biso mean--207.17 --
残基数----971
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2790X-RAY DIFFRACTION6.202TORSIONAL
12B2790X-RAY DIFFRACTION6.202TORSIONAL
13C2790X-RAY DIFFRACTION6.202TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3-3.060.39281340.358926182752100
3.06-3.120.40331470.362426872834100
3.12-3.190.30971000.348826722772100
3.19-3.260.361460.339526482794100
3.26-3.340.42321580.35792613277199
3.34-3.430.36551170.34927052822100
3.43-3.540.36861390.30952639277899
3.54-3.650.35481310.30672638276999
3.65-3.780.27511400.28732641278199
3.78-3.930.3271260.29012643276999
3.93-4.110.32531810.274926052786100
4.11-4.330.31831720.259826592831100
4.33-4.60.23261670.232606277399
4.6-4.950.2821900.23792645273599
4.95-5.450.26591580.26362624278299
5.45-6.240.31561220.29622661278399
6.24-7.850.34511520.27772578273098
7.85-47.70.2306950.20972592268796

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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