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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6trl | ||||||
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タイトル | Human Eg5 motor domain mutant Y82F | ||||||
![]() | Kinesin-like protein KIF11 | ||||||
![]() | MOTOR PROTEIN / Eg5 motor domain mutant Y82F / KIF11 motor domain mutant Y82F / human syndrome associated Eg5 mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement ...spindle elongation / regulation of mitotic centrosome separation / plus-end-directed microtubule motor activity / mitotic centrosome separation / Kinesins / kinesin complex / microtubule motor activity / spindle organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / microtubule-based movement / mitotic spindle assembly / MHC class II antigen presentation / mitotic spindle organization / spindle / spindle pole / mitotic spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / ciliary basal body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / protein kinase binding / protein-containing complex / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Garcia-Saez, I. / Skoufias, D.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Human Eg5 motor domain mutant Y82F 著者: Garcia-Saez, I. / Skoufias, D.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 286.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 228.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ii6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 40908.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 238分子 








#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 化合物 | ChemComp-NO3 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.43 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG3350, NaNO3, MES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.966 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→46.48 Å / Num. obs: 56409 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 39.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.034 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.044 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1934 / CC1/2: 0.787 / Rpim(I) all: 0.371 / Rrim(I) all: 0.583 / Χ2: 1.02 / % possible all: 59.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1II6 解像度: 2.2→39.85 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.17
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 149.9 Å2 / Biso mean: 56.7638 Å2 / Biso min: 20.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→39.85 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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