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万見
- PDB-6y1g: Photoconverted HcRed in its optoacoustic state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y1g
タイトルPhotoconverted HcRed in its optoacoustic state
要素GFP-like non-fluorescent chromoprotein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / reversible switchable fluorescent protein
機能・相同性Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / GFP-like non-fluorescent chromoprotein
機能・相同性情報
生物種Heteractis crispa (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Janowski, R. / Fuenzalida-Werner, J.P. / Mishra, K. / Stiel, A.C. / Niessing, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)DFG SFB 1054 (TP B09) ドイツ
引用ジャーナル: Anal.Chem. / 年: 2020
タイトル: Challenging a Preconception: Optoacoustic Spectrum Differs from the Optical Absorption Spectrum of Proteins and Dyes for Molecular Imaging.
著者: Fuenzalida Werner, J.P. / Huang, Y. / Mishra, K. / Janowski, R. / Vetschera, P. / Heichler, C. / Chmyrov, A. / Neufert, C. / Niessing, D. / Ntziachristos, V. / Stiel, A.C.
履歴
登録2020年2月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年1月24日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
B: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
C: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
D: GFP-like non-fluorescent chromoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,91723
ポリマ－107,7384
非ポリマー1,17919
水10,737596
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13980 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area31240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.710, 75.200, 254.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
GFP-like non-fluorescent chromoprotein / HcRed / hcCP


分子量: 26934.496 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Heteractis crispa (イソギンチャク)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q95W85
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.32 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M BICINE pH 8.5, 22% w/v Polyethylene glycol 10,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999995 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 44173 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 13.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 3184 / CC1/2: 0.673 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YZW

1yzw


解像度: 2.3→49.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 15.863 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.338 / ESU R Free: 0.25
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2472 2181 4.9 %RANDOM
Rwork0.1679 ---
obs0.1717 41992 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 77.29 Å2 / Biso mean: 29.206 Å2 / Biso min: 6.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.71 Å2-0 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→49.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7108 0 76 596 7780
Biso mean--57.8 34.89 -
残基数----888
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0137428
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9651.689995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3161.58715657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5725900
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.85721.584385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.263151232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2021548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2916
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.028268
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021644
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 143 -
Rwork0.259 3036 -
all-3179 -
obs--99.34 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.41820.2323-0.01680.451-0.02630.55580.02960.0540.0208-0.00840.0066-0.04930.0883-0.0338-0.03620.0183-0.00610.00150.1996-0.03240.024410.1654-18.6352-45.6353
20.23240.0798-0.09180.2268-0.10960.37910.02160.0004-0.00210.01890.00980.03410.0310.012-0.03130.03940.0025-0.00880.16040.01250.01014.3807-16.5945-15.7076
30.2384-0.03690.06160.4951-0.00690.42130.03510.0145-0.01720.08250.0168-0.0172-0.0581-0.0312-0.05190.06750.01860.00350.1292-0.0160.010511.621613.0819-16.4533
40.50370.20010.07340.34820.0670.64740.02860.08220.0182-0.0129-0.00480.0257-0.05020.0444-0.02370.01220.01290.00310.19430.0310.009311.539211.9128-47.0403
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 227
2X-RAY DIFFRACTION2B4 - 227
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 227
4X-RAY DIFFRACTION4D4 - 227

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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