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- PDB-3rwt: Crystal structure of circular permutated Red Fluorescent Protein ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rwt | ||||||
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Title | Crystal structure of circular permutated Red Fluorescent Protein mKate(cp 154-153) | ||||||
![]() | Fluorescent protein FP480,Fluorescent protein FP480 | ||||||
![]() | FLUORESCENT PROTEIN / GFP-like fluorescent protein / mKate / circular permutated / red fluorescentprotein | ||||||
Function / homology | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Fluorescent protein FP480![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Q. / Sondermann, H. | ||||||
![]() | ![]() Title: Circular permutation of red fluorescent proteins. Authors: Shui, B. / Wang, Q. / Lee, F. / Byrnes, L.J. / Chudakov, D.M. / Lukyanov, S.A. / Sondermann, H. / Kotlikoff, M.I. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 760.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 662.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 514.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 581.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 74.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 95.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 26586.268 Da / Num. of mol.: 8 / Mutation: G1E, G2F,G1E, G2F Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: circular permutated mKate (cp154-153) / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-MG / | #3: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE REPORTED CONFLICTS WITH THE UNP DATABASE IS DUE TO THE FACT THAT THIS PROTEIN HAS BEEN RE- ...THE REPORTED CONFLICTS WITH THE UNP DATABASE IS DUE TO THE FACT THAT THIS PROTEIN HAS BEEN RE-ENGINEERED | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 Details: 0.1 M Tris-HCl pH 7.4, 0.2 M MgCl2 and 18% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 70 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Nov 15, 2009 |
Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3→38.9 Å / Num. obs: 38875 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 15.3 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 3→3.1032 Å / Redundancy: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3680 / Rsym value: 0.089 / % possible all: 100 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.826 Å2 / ksol: 0.302 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 244.73 Å2 / Biso mean: 95.4753 Å2 / Biso min: 22.87 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3→38.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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