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- PDB-6y17: Crystal structure of an NCoR1BBD2-BCL6BTB chimera in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6y17
タイトルCrystal structure of an NCoR1BBD2-BCL6BTB chimera in complex with nebulinSH3-NCoR1BBD1
要素
  • Nebulin,Nuclear receptor corepressor 1
  • Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein
キーワードTRANSCRIPTION / BCL6 / NCoR1.
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac muscle thin filament assembly / regulation of actin filament length / somatic muscle development / : / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes ...cardiac muscle thin filament assembly / regulation of actin filament length / somatic muscle development / : / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of JNK cascade / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / plasma cell differentiation / Striated Muscle Contraction / negative regulation of glycolytic process / paraspeckles / germinal center formation / regulation of immune system process / nuclear thyroid hormone receptor binding / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / T-helper 2 cell differentiation / structural constituent of muscle / positive regulation of regulatory T cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / muscle organ development / negative regulation of fatty acid metabolic process / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of Rho protein signal transduction / FOXO-mediated transcription of cell death genes / locomotor rhythm / regulation of cell differentiation / regulation of T cell proliferation / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / histone deacetylase complex / Regulation of MECP2 expression and activity / negative regulation of cellular senescence / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of Notch signaling pathway / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / Nuclear signaling by ERBB4 / spindle assembly / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of B cell proliferation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / transcription repressor complex / positive regulation of neuron differentiation / regulation of cytokine production / negative regulation of miRNA transcription / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / nuclear receptor binding / HDACs deacetylate histones / cell motility / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / negative regulation of cell growth / cell morphogenesis / Cytoprotection by HMOX1 / Nuclear Receptor transcription pathway / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Z disc / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / histone deacetylase binding / HCMV Early Events / transcription corepressor activity / actin filament binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / mitotic spindle / : / intracellular protein localization / heterochromatin formation / actin cytoskeleton / regulation of cell population proliferation / chromatin organization / actin binding / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / actin cytoskeleton organization / regulation of inflammatory response / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding
類似検索 - 分子機能
Nebulin-like / Nebulin, SH3 domain / : / Nebulin repeat / Nebulin repeat / Nebulin repeat profile. / NEBU / N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain ...Nebulin-like / Nebulin, SH3 domain / : / Nebulin repeat / Nebulin repeat / Nebulin repeat profile. / NEBU / N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Variant SH3 domain / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SH3 Domains / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Zinc finger, C2H2 type / SANT/Myb domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / Homeobox-like domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nebulin / Nuclear receptor corepressor 1 / Nebulin / B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Zacharchenko, T. / Wright, S.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Kay Kendall Leukaemia FundKKLF1047 英国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2021
タイトル: Functionalization of the BCL6 BTB domain into a noncovalent crystallization chaperone.
著者: Zacharchenko, T. / Wright, S.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein
B: Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein
C: Nebulin,Nuclear receptor corepressor 1
D: Nebulin,Nuclear receptor corepressor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9575
ポリマ－48,9344
非ポリマー231
水6,521362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9030 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area22540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.460, 47.303, 59.781
Angle α, β, γ (deg.)95.865, 95.600, 94.205
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein / N-CoR1 / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain- ...N-CoR1 / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 15602.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCOR1, KIAA1047, BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75376, UniProt: P41182
#2: タンパク質 Nebulin,Nuclear receptor corepressor 1 / N-CoR1


分子量: 8864.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NEB, NCOR1, KIAA1047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: H0Y786, UniProt: O75376, UniProt: P20929*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 362 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.32 % / 解説: Large rods
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.66 M ammonium sulfate, 3.3% (v/v) glycerol, 0.05 M magnesium sulfate, 0.1 M imidazole/ hydrochloric acid pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96884 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96884 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→46.88 Å / Num. obs: 58832 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 17.31 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 1.56→1.6 Å / Rmerge(I) obs: 1.157 / Num. unique obs: 4261 / CC1/2: 0.383 / Rpim(I) all: 0.955 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R28

1r28


解像度: 1.56→34.92 Å / SU ML: 0.164 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.8641
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2008 2878 4.9 %
Rwork0.1766 55826 -
obs0.1778 58704 96.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→34.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3279 0 1 362 3642
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00823345
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94544514
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0703512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.11281250
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.56-1.590.3041400.26892531X-RAY DIFFRACTION92.14
1.59-1.610.26191410.24272555X-RAY DIFFRACTION93.97
1.61-1.640.29461390.22232614X-RAY DIFFRACTION94.77
1.64-1.670.23091270.2242617X-RAY DIFFRACTION95.48
1.67-1.710.27221410.22312646X-RAY DIFFRACTION95.94
1.71-1.740.25251380.2062640X-RAY DIFFRACTION95.66
1.74-1.790.24861200.21822624X-RAY DIFFRACTION95.71
1.79-1.830.24671350.2042646X-RAY DIFFRACTION96.26
1.83-1.880.19251390.19862703X-RAY DIFFRACTION96.47
1.88-1.930.2831270.23862603X-RAY DIFFRACTION96.06
1.93-20.21831390.18832686X-RAY DIFFRACTION97.05
2-2.070.22291380.17762705X-RAY DIFFRACTION96.87
2.07-2.150.22891310.1732638X-RAY DIFFRACTION97.02
2.15-2.250.21171490.19252648X-RAY DIFFRACTION97.29
2.25-2.370.19791370.17622703X-RAY DIFFRACTION97.46
2.37-2.520.21311370.17812669X-RAY DIFFRACTION97.91
2.52-2.710.2211440.17372700X-RAY DIFFRACTION97.97
2.71-2.980.1981520.17552710X-RAY DIFFRACTION98.45
2.98-3.410.17121450.16462688X-RAY DIFFRACTION98.81
3.41-4.30.16061300.14282764X-RAY DIFFRACTION99.08
4.3-34.920.15651290.15122736X-RAY DIFFRACTION99.41
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.67307203022-0.279670251119-0.05809940705191.20946872327-0.5071793629311.897741076040.0368642360267-0.01390165558110.1229006992150.0883757710918-0.0760282769813-0.179456764015-0.02374632892690.09810643023650.01204851527040.0833045475894-0.00592409201481-0.002248572377470.065199128548-0.00357020726410.102966419501-13.000164276-53.897324912715.0708370552
21.971856559030.1243498135140.3118804651291.025387256890.1257823228451.383868406520.025330843030.205547609197-0.168001623947-0.005791428778210.01942315899980.1248677504820.141246909386-0.18879447957-0.05016585063450.09309448786450.01099374799020.00271224908880.141587572696-0.005231126284380.090801240669-27.6390276811-59.69492498053.66301389901
30.9445732750751.82256786056-2.652326609052.30522687287-3.847140755164.67806034809-0.1598710625320.009048689729150.0203625678359-0.2146486822940.1076392838960.02205775775830.326752858481-0.1726716031880.07960294364030.275952889903-0.0005853281382980.005494930387890.2190846271260.02329809246670.238698554496-21.6190552549-35.7435886583-22.8842644656
40.702487570585-0.893780138985-0.5029214839332.16431932831.624228941341.31416908294-0.0170465736723-0.1860185643070.065262186106-0.03994216402080.0165839685011-0.0468294300035-0.114778697142-0.03986878750330.01242307979140.141788442154-0.005266433397670.02064060991090.2210001003620.01181224059190.108040411261-19.9161111223-24.326738219132.8808393835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 0 through 128)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid -7 through 127)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 5 through 80)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid -1 through 80)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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