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- PDB-6xzf: Nanobody in complex with eGFP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xzf
タイトルNanobody in complex with eGFP
要素
  • Nanobody targeted against eGFP
  • eGFP
キーワードIMMUNE SYSTEM / Nanobody
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / TERBIUM(III) ION / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Pompidor, G. / Zimmermann, S. / Loew, C. / Schneider, T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Engineered nanobodies with a lanthanide binding motif for crystallographic phasing
著者: Pompidor, G. / Zimmermann, S. / Loew, C. / Schneider, T.
履歴
登録2020年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_close_contact
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: eGFP
B: Nanobody targeted against eGFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8463
ポリマ－41,6872
非ポリマー1591
水3,963220
1
A: eGFP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8251
ポリマ－26,8251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nanobody targeted against eGFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0212
ポリマ－14,8621
非ポリマー1591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.335, 69.335, 169.063
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"

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要素

#1: タンパク質 eGFP


分子量: 26825.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Aequorea victoria (オワンクラゲ) / 参照: UniProt: P42212*PLUS
#2: 抗体 Nanobody targeted against eGFP


分子量: 14862.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-TB / TERBIUM(III) ION


分子量: 158.925 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Tb / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M NaAcetate pH 4.6 8 % PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→48.95 Å / Num. obs: 52868 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 18.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.068 / Net I/σ(I): 22.4 / Num. measured all: 989184 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.69-1.727.72.141413418310.1130.7812.2950.968.7
9.09-48.9515.50.03766244270.9990.0090.03869.899.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16-3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→48.95 Å / SU ML: 0.1687 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5369
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2035 2110 4.74 %
Rwork0.1732 42449 -
obs0.1746 44559 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 40.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2794 0 1 220 3015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01152900
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.28093929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0709415
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0088518
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.99461071
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.840.27831250.25812801X-RAY DIFFRACTION99.8
1.84-1.890.27031270.23882806X-RAY DIFFRACTION99.86
1.89-1.940.27621450.2282775X-RAY DIFFRACTION99.9
1.94-20.22771350.20672783X-RAY DIFFRACTION99.9
2-2.060.2091350.19662786X-RAY DIFFRACTION99.9
2.06-2.130.23871380.19472792X-RAY DIFFRACTION99.97
2.13-2.220.23671760.17652768X-RAY DIFFRACTION99.93
2.22-2.320.22781410.18282819X-RAY DIFFRACTION100
2.32-2.440.20881450.16852799X-RAY DIFFRACTION99.97
2.44-2.60.19881370.16662821X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.80.21751180.17172861X-RAY DIFFRACTION100
2.8-3.080.21311470.17812830X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.520.22281460.17742870X-RAY DIFFRACTION100
3.52-4.440.19831290.14922905X-RAY DIFFRACTION99.97
4.44-48.950.16261660.16553033X-RAY DIFFRACTION99.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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