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- PDB-6xy4: Structural insight into sheep-pox virus mediated inhibition of ap... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xy4
タイトルStructural insight into sheep-pox virus mediated inhibition of apoptosis
要素
  • Activator of apoptosis harakiri
  • anti-apoptotic membrane protein
キーワードAPOPTOSIS / Pox virus / Bcl-2
機能・相同性
機能・相同性情報


: / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能
Activator of apoptosis harakiri / Activator of apoptosis harakiri / Poxvirus F1/C10 / Apoptosis regulator M11L like / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
anti-apoptotic membrane protein / Activator of apoptosis harakiri
類似検索 - 構成要素
生物種Sheeppox virus
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.04623155256 Å
データ登録者Suraweera, C.D. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1007918 オーストラリア
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of the sheeppox virus encoded inhibitor of apoptosis SPPV14 bound to the proapoptotic BH3 peptides Hrk and Bax.
著者: Suraweera, C.D. / Burton, D.R. / Hinds, M.G. / Kvansakul, M.
履歴
登録2020年1月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-apoptotic membrane protein
B: Activator of apoptosis harakiri


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4492
ポリマ－20,4492
非ポリマー00
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1730 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area8730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.280, 70.660, 115.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 anti-apoptotic membrane protein


分子量: 17476.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sheeppox virus (strain Turkey/TU-V02127) (ウイルス)
遺伝子: SPPV_14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A3F2YKH3
#2: タンパク質・ペプチド Activator of apoptosis harakiri / BH3-interacting domain-containing protein 3 / Neuronal death protein DP5


分子量: 2973.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00198
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5, 20% w/vPEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.046→31.07 Å / Num. obs: 11236 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 39.8950367928 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.05→8.92 Å / Num. unique obs: 782 / CC1/2: 0.573

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Coot0.8.0-3モデル構築
XDS20180427データ削減
Aimless7データスケーリング
PHASER1.11.1_2575-000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BJY

2bjy


解像度: 2.04623155256→31.0657632133 Å / SU ML: 0.237702211781 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38553218358 / 位相誤差: 26.211733487
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233810671103 568 5.05517977928 %
Rwork0.219930444744 10668 -
obs0.220603579671 11236 97.6958525346 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.7478958779 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.04623155256→31.0657632133 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1229 0 0 28 1257
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002384084319851245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3977592978351673
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0332360412731200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00140794756101211
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9358529231787
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.04623155265-2.25210.2731022405161590.2573813541462523X-RAY DIFFRACTION95.0726692662
2.2521-2.57780.2591322272281220.2397820022942689X-RAY DIFFRACTION99.1534391534
2.5778-3.24730.2500136083211530.2366133398562677X-RAY DIFFRACTION98.812849162
3.2473-31.06576321330.215540740211340.2040902909842779X-RAY DIFFRACTION97.7188862798
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.4590111381 Å / Origin y: -12.5771924003 Å / Origin z: -11.1701382726 Å
111213212223313233
T0.356873017009 Å20.0201448405319 Å20.0175253669372 Å2-0.344584880018 Å20.0014601194472 Å2--0.341014260961 Å2
L4.45340416183 °21.53913903174 °20.823391120508 °2-2.58557950292 °2-0.853219529095 °2--4.65257779361 °2
S-0.0564594308793 Å °0.365321035451 Å °0.0211249438113 Å °-0.278965474825 Å °0.153017389009 Å °0.0900464395735 Å °0.0812525005108 Å °-0.05125301716 Å °0.00420459506247 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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