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- PDB-6xxt: The crystal structure of hCA II in complex with a 4-(4-aroylpiper... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6xxt | ||||||
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Title | The crystal structure of hCA II in complex with a 4-(4-aroylpiperazine-1-carbonyl)benzenesulfonamide derivative. | ||||||
![]() | Carbonic anhydrase 2![]() | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Di Fiore, A. / De Simone, G. | ||||||
![]() | ![]() Title: Looking toward the Rim of the Active Site Cavity of Druggable Human Carbonic Anhydrase Isoforms. Authors: Mancuso, F. / Di Fiore, A. / De Luca, L. / Angeli, A. / Monti, S.M. / De Simone, G. / Supuran, C.T. / Gitto, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 134.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 102.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1ca2S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | ![]() Mass: 29477.307 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-ZN / |
#3: Chemical | ChemComp-O42 / |
#4: Chemical | ChemComp-GOL / ![]() |
#5: Water | ChemComp-HOH / ![]() |
Has ligand of interest | Y |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.89 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.5 / Details: 1.2 M sodium citrate 0.1 M Tris-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.05→50 Å / Num. obs: 112517 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.078 / Χ2: 1.051 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 652807 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Starting model: 1CA2 Resolution: 1.05→35.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 0.645 / SU ML: 0.015 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.023 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 42.46 Å2 / Biso mean: 10.499 Å2 / Biso min: 3.9 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.05→35.68 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.05→1.077 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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