PDB-6wka: human carbonic anhydrase II bound to an inhibitor modified with a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wka

タイトル

human carbonic anhydrase II bound to an inhibitor modified with azidothymidine

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / human CA II / inhibitor / click chemistry / azidothymidine

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of cellular pH reduction / positive regulation of dipeptide transmembrane transport / regulation of monoatomic anion transport / secretion / cyanamide hydratase activity / cyanamide hydratase / arylesterase activity / regulation of chloride transport / Reversible hydration of carbon dioxide / morphogenesis of an epithelium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.34 Å

データ登録者

Peat, T.S.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Azidothymidine "Clicked" into 1,2,3-Triazoles: First Report on Carbonic Anhydrase-Telomerase Dual-Hybrid Inhibitors.
著者: Berrino, E. / Angeli, A. / Zhdanov, D.D. / Kiryukhina, A.P. / Milaneschi, A. / De Luca, A. / Bozdag, M. / Carradori, S. / Selleri, S. / Bartolucci, G. / Peat, T.S. / Ferraroni, M. / Supuran, C.T. / Carta, F.

履歴

登録	2020年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wka.cif.gz	133.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wka.ent.gz	99.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wka.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wka_validation.pdf.gz	715.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wka_full_validation.pdf.gz	720.3 KB	表示
XML形式データ	6wka_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	6wka_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/6wka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wk/6wka	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fltS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1cnx-d 5jdv-d 4hba-d 6got-d 5llg-d 1bnv-d 6hr3-d 6sys-d 5jg5-d 4yxu-d 5jgt-d 5mjn-d 4wl4-d 4mty-d 3zp9-d 6yzs-d 6oe1-d 1cny-d 4qsb-d 6z04-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

29.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.198, 41.521, 72.018
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.358, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / Carbonate dehydratase II / Carbonic anhydrase C / CAC / Carbonic anhydrase II / CA-II 分子量: 29289.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00918, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-U4V / 3'-deoxy-3'-(4-{[(4-sulfamoylphenyl)amino]methyl}-1H-1,2,3-triazol-1-yl)thymidine 分子量: 477.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₃N₇O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 7.5 MG/ML PROTEIN WITH 2.7 M AMMONIUM SULFATE, 100 MM TRIS PH 8.5 AT 8 C

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.34→41.52 Å / Num. obs: 51588 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 7.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.34→1.36 Å / R_merge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1978 / CC_1/2: 0.848 / R_pim(I) all: 0.208

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5flt

5flt

解像度: 1.34→39.875 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.976 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / SU B: 1.827 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.053 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1658	2509	4.865 %
R_work	0.1267	-	-
all	0.129	-	-
obs	-	51570	94.659 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.385 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.824 Å²	0 Å²	-0.092 Å²
2-	-	0.271 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.34→39.875 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2049	0	34	338	2421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2361
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.636	1.663	3239
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.482	1.606	4972
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.762	5	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.674	24.174	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.253	15	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.434	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	284
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	2749
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	2030
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.186	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.078	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.317	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.223	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.212	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.016	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.168	0.954	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.157	0.951	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.586	1.441	1468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.593	1.443	1469
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.537	1.175	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.537	1.177	1217
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.919	1.675	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.92	1.677	1772
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.873	19.641	10728
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.458	18.765	10370
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.175	3	4476

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.34-1.375	0.233	150	0.202	2895	X-RAY DIFFRACTION	76.2203
1.375-1.412	0.22	136	0.181	3132	X-RAY DIFFRACTION	83.6662
1.412-1.453	0.213	158	0.155	3257	X-RAY DIFFRACTION	90.1293
1.453-1.498	0.166	181	0.134	3304	X-RAY DIFFRACTION	94.6239
1.498-1.547	0.168	134	0.121	3314	X-RAY DIFFRACTION	96.1517
1.547-1.601	0.14	135	0.1	3224	X-RAY DIFFRACTION	96.6341
1.601-1.662	0.164	190	0.104	3040	X-RAY DIFFRACTION	97.0553
1.662-1.73	0.142	171	0.1	2957	X-RAY DIFFRACTION	97.5062
1.73-1.807	0.159	146	0.101	2899	X-RAY DIFFRACTION	97.8156
1.807-1.895	0.161	144	0.105	2745	X-RAY DIFFRACTION	98.0319
1.895-1.997	0.164	157	0.115	2605	X-RAY DIFFRACTION	98.2569
1.997-2.118	0.136	118	0.111	2516	X-RAY DIFFRACTION	98.4305
2.118-2.264	0.149	152	0.125	2294	X-RAY DIFFRACTION	98.8682
2.264-2.445	0.167	107	0.108	2230	X-RAY DIFFRACTION	98.9835
2.445-2.679	0.145	90	0.117	2038	X-RAY DIFFRACTION	99.115
2.679-2.994	0.165	82	0.123	1858	X-RAY DIFFRACTION	99.3852
2.994-3.456	0.167	106	0.13	1627	X-RAY DIFFRACTION	99.5405
3.456-4.23	0.175	63	0.127	1415	X-RAY DIFFRACTION	99.5957
4.23-5.972	0.178	50	0.162	1095	X-RAY DIFFRACTION	100
5.972-39.875	0.222	39	0.235	616	X-RAY DIFFRACTION	99.6956

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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