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- PDB-6xxn: Crystal structure of NB7, a nanobody targeting prostate specific ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xxn
タイトルCrystal structure of NB7, a nanobody targeting prostate specific membrane antigen
要素
  • NB_7_a,b,c,f
  • NB_7_g
  • NB_7_h
キーワードANTITUMOR PROTEIN / Nanobody / prostate specific membrane / antigen / antibody drug conjugate / cancer imaging / anti-cancer drugs
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Shahar, A. / Rosenfeld, L. / Papo, N.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号
European Research Council (ERC)336041 イスラエル
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / : 2020
タイトル: Nanobodies Targeting Prostate-Specific Membrane Antigen for the Imaging and Therapy of Prostate Cancer.
著者: Rosenfeld, L. / Sananes, A. / Zur, Y. / Cohen, S. / Dhara, K. / Gelkop, S. / Ben Zeev, E. / Shahar, A. / Lobel, L. / Akabayov, B. / Arbely, E. / Papo, N.
履歴
登録2020年1月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NB_7_a,b,c,f
B: NB_7_a,b,c,f
C: NB_7_a,b,c,f
D: NB_7_a,b,c,f
E: NB_7_a,b,c,f
F: NB_7_a,b,c,f
G: NB_7_g
H: NB_7_h
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,53829
ポリマ-128,5218
非ポリマー2,01721
19811
1
A: NB_7_a,b,c,f
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2593
ポリマ-16,0671
非ポリマー1922
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NB_7_a,b,c,f
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2593
ポリマ-16,0671
非ポリマー1922
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: NB_7_a,b,c,f
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3554
ポリマ-16,0671
非ポリマー2883
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: NB_7_a,b,c,f
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1632
ポリマ-16,0671
非ポリマー961
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
5
E: NB_7_a,b,c,f
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4515
ポリマ-16,0671
非ポリマー3844
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
6
F: NB_7_a,b,c,f
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3554
ポリマ-16,0671
非ポリマー2883
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
7
G: NB_7_g
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3284
ポリマ-16,0401
非ポリマー2883
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
8
H: NB_7_h
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3704
ポリマ-16,0821
非ポリマー2883
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.563, 171.716, 83.479
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体
NB_7_a,b,c,f


分子量: 16066.593 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 NB_7_g


分子量: 16039.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 NB_7_h


分子量: 16081.563 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.7M (NH4)2SO4, 6.57% 2-Propanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→47.2 Å / Num. obs: 45149 / % possible obs: 98.92 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.993 / Rpim(I) all: 0.067 / Net I/σ(I): 8.49
反射 シェル解像度: 2.65→2.77 Å / Num. unique obs: 7226 / CC1/2: 0.485

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M7Q
解像度: 2.65→47.2 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2309 2120 4.91 %
Rwork0.182 --
obs0.1844 43210 98.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→47.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7615 0 105 11 7731
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127895
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.64510719
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5254543
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0721108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111380
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.65-2.71160.29751530.28742718X-RAY DIFFRACTION99
2.7116-2.77940.30441560.26562746X-RAY DIFFRACTION99
2.7794-2.85460.35431310.24982743X-RAY DIFFRACTION99
2.8546-2.93860.2831240.24982757X-RAY DIFFRACTION99
2.9386-3.03340.33681360.2442742X-RAY DIFFRACTION99
3.0334-3.14180.30971360.22432766X-RAY DIFFRACTION99
3.1418-3.26760.26871350.21272696X-RAY DIFFRACTION99
3.2676-3.41620.27371440.19532667X-RAY DIFFRACTION97
3.4162-3.59630.22921580.18812757X-RAY DIFFRACTION100
3.5963-3.82150.241300.17732788X-RAY DIFFRACTION100
3.8215-4.11640.2151330.14842744X-RAY DIFFRACTION99
4.1164-4.53040.16031290.12282744X-RAY DIFFRACTION99
4.5304-5.18520.15481490.12992704X-RAY DIFFRACTION98
5.1852-6.53010.23011480.1752764X-RAY DIFFRACTION100
6.5301-47.20.2221580.19272754X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.42710.13320.0671.5842.05842.71990.1774-0.24780.17710.1421-0.06990.1994-0.1196-0.30940.06780.4870.0067-0.02940.532-0.04960.586151.0707218.0388121.1465
24.9232-0.39031.55710.96211.5545.3654-0.09370.20910.4540.05190.1695-0.1995-0.71220.1912-0.3070.341-0.0261-0.03640.27120.05540.412960.5508216.0131115.9285
39.1582-0.3801-2.35398.10120.87574.1671-0.9666-0.77350.33671.29150.40030.1146-1.21530.18780.25070.74590.0640.00920.5205-0.05310.610656.7356227.9604131.4211
44.1217-1.23760.07647.03935.3794.5112-0.0347-0.26930.08220.25940.5967-0.85570.16750.4189-0.32080.36120.008-0.08820.4416-0.04970.620865.0567215.0292120.6057
53.1511-0.14630.39732.475-0.16521.959-0.16020.1196-0.26520.32210.0635-0.09150.22530.09650.12230.4571-0.01760.00310.3229-0.00250.713957.0567199.677115.6617
61.6725-0.6014-0.31780.67291.3313.2853-0.50361.32760.0209-2.00261.11380.7037-0.69790.0775-0.19020.7652-0.1483-0.25990.66210.10210.500452.6167193.77896.6325
74.654-0.6067-0.02881.1551-0.9462.8691-0.0169-0.0534-0.5650.337-0.0123-0.1572-0.00410.330.03370.457-0.0107-0.05820.3184-0.03960.602955.7389186.1485113.581
84.11230.81991.41641.9314-1.2289.17520.40960.47850.3347-0.0504-0.28610.17010.7384-0.0924-0.45190.57890.06530.07940.3975-0.05560.492147.2628195.3818108.7136
95.0547-0.18920.79861.01561.96334.4694-0.2873-0.3809-0.101-0.15030.1237-0.266-0.13610.0497-0.10050.3117-0.050.00040.18960.01750.410554.3218193.9994120.6067
105.70322.54594.26082.52833.70798.5302-0.12770.4203-0.4027-0.33020.478-0.1419-0.6760.1319-0.53190.46410.0191-0.03160.2609-0.03220.482156.6384185.2008105.8036
113.53010.7269-1.34773.95783.02363.4524-0.13680.2311-0.2443-0.02310.416-0.42940.02580.7049-0.14780.29060.0406-0.03330.2671-0.04850.573763.343191.4178112.4662
123.02310.23850.26360.8732.34876.23280.19690.2403-0.59360.7568-0.4941.05850.1746-0.33890.24540.405-0.0286-0.13760.5627-0.15820.74728.5316154.996478.7023
137.54451.082-0.29673.916-5.84858.652-0.0877-0.1470.57441.0402-0.1347-0.8902-0.2832-0.07670.1310.50070.0071-0.04170.4821-0.10730.429634.2431159.801475.1055
143.08310.1213-1.06237.65635.50544.4896-0.409-0.111-2.1721.8805-0.9367-0.84852.55910.43591.58940.80950.02150.05940.61340.14511.008134.8673137.630375.2945
154.1012-0.89690.11717.6852-0.63724.0880.09670.1368-0.0605-0.0172-0.2967-0.2708-0.13930.31760.16010.3349-0.005-0.02660.4444-0.05480.498132.6689152.167865.9964
166.7503-1.7846-1.66437.4521.45492.4803-0.04080.21791.2307-0.6194-0.2348-0.79070.0965-0.29550.22480.2396-0.0584-0.05280.38960.03130.378733.6827161.400869.7021
171.5885-1.5346-0.04353.5418-1.20022.05010.12910.3294-0.38190.068-0.44640.39460.5382-0.13280.48460.410.0204-0.03750.5022-0.15270.590126.7388148.587167.8245
184.42010.26311.25772.9835-1.59944.820.1540.1903-0.12260.06320.0240.22190.30820.2373-0.19570.4121-0.017-0.06390.4147-0.06340.376530.7937160.058284.715
192.21192.3888-0.81595.70381.2663.95330.0909-0.07890.537-0.89550.01820.5749-0.62310.04930.0040.41190.0263-0.12370.4579-0.0380.569735.9954174.315887.443
207.24785.80030.77696.4638-0.89242.06070.3086-0.10510.08260.324-0.30480.0851-0.2103-0.49060.1840.3346-0.0156-0.0060.44250.00610.4924.6985163.437896.784
213.1207-1.8366-0.59461.829-0.3112.22010.1222-0.35-0.35090.37430.0384-0.52460.2179-0.0595-0.05370.4039-0.0169-0.08030.4266-0.00150.454738.1378166.241798.8319
222.5692-2.33151.4675.4967-2.42433.91980.30070.09970.38580.7654-0.7388-0.4639-0.56760.91740.32950.51580.0817-0.1330.4761-0.07690.511441.962169.311187.4822
234.94880.2857-1.01842.0614-1.88311.7930.0627-0.369-0.74670.6776-0.1330.0894-0.0653-0.1929-0.03710.5124-0.0633-0.05080.4002-0.0160.508934.8926157.946191.3918
245.55264.1731-1.00466.042-0.49652.3139-0.0048-0.70230.348-0.2154-0.04560.08-0.3027-0.08980.04530.28770.0836-0.0790.3181-0.04360.327132.9101174.554995.7109
252.11070.97551.36656.5688-3.10278.50140.3099-0.03630.20610.4526-0.16721.3694-0.0813-1.03590.04820.33910.05240.04270.4286-0.17290.507527.4946174.651797.6814
260.3983-1.03470.01056.1894-2.12071.2968-0.3298-0.12020.83440.3394-0.005-0.5217-0.4988-0.1099-0.250.0776-0.9006-0.3151-0.705-0.44130.337425.3924158.762387.4909
273.1278-0.7589-0.19844.42050.15292.02460.0975-0.35810.17420.40930.2921-0.1811-0.4437-0.3131-0.37070.3769-0.0073-0.03440.3715-0.02710.583634.9531196.1059122.6249
285.1492-1.38663.68284.4614-1.38517.02140.3358-0.2533-0.4671-0.0455-0.0843-0.10730.342-0.1627-0.24350.36720.00540.00960.33620.0040.564532.9026184.3584122.7236
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424.1243-1.8252.86282.2338-0.13163.38850.40720.2183-0.04250.1061-0.2512-1.07570.7521.08220.03110.3652-0.023-0.00790.54760.11870.396861.0377168.60265.5399
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531.5377-1.12950.29125.6425-5.1936.3147-0.1301-0.06080.3786-0.02530.19710.37440.101-0.4674-0.16040.30720.0564-0.0780.30520.0250.659528.6555213.3036112.1388
543.7406-0.3896-0.82624.4529-0.08356.1325-0.1991-0.27090.14130.46210.0596-0.05180.2064-0.11210.15460.3953-0.0032-0.10280.3256-0.08650.531256.8735209.5029122.3678
555.16520.6987-6.38524.1808-0.9128.82270.1111-0.43040.25340.40530.07150.2125-0.1014-0.2294-0.06160.34760.0468-0.0650.374-0.00740.488559.3159219.0086124.5424
565.8395-4.294-4.54225.57053.53244.03290.55230.08961.3242-0.21450.0251-0.5179-0.631-0.1169-0.6020.30610.0139-0.00020.389-0.06620.352264.1494221.3692117.9452
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 53 through 83 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 84 through 101 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 102 through 110 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 111 through 127 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 3 through 23 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 24 through 31 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 32 through 67 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 68 through 77 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 78 through 91 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 92 through 110 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 111 through 127 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 3 through 12 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 13 through 24 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 25 through 31 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 32 through 77 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 78 through 91 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 92 through 126 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid 3 through 17 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 18 through 34 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 35 through 45 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 46 through 67 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 68 through 77 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 78 through 91 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 92 through 107 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 108 through 117 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 118 through 126 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 3 through 30 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 31 through 60 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 61 through 77 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 78 through 101 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 102 through 110 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 111 through 128 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'G' and (resid 3 through 12 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'G' and (resid 13 through 30 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'G' and (resid 31 through 39 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'G' and (resid 40 through 52 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 53 through 67 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 68 through 77 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 78 through 91 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 92 through 101 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'G' and (resid 102 through 110 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'G' and (resid 111 through 120 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'G' and (resid 121 through 126 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 3 through 31 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 32 through 100 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 101 through 126 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'A' and (resid 3 through 31 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'A' and (resid 32 through 52 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'A' and (resid 53 through 67 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'A' and (resid 68 through 77 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'A' and (resid 78 through 100 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'A' and (resid 101 through 110 )
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'A' and (resid 111 through 127 )
54X-RAY DIFFRACTION54chain 'B' and (resid 3 through 30 )
55X-RAY DIFFRACTION55chain 'B' and (resid 31 through 39 )
56X-RAY DIFFRACTION56chain 'B' and (resid 40 through 52 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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