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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xxm | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Deoxyhypusine Synthase in complex with putrescine | ||||||
要素 | (Deoxyhypusine synthase) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / hypusination / deoxyhypusine synthase / EIF5A / translation / hypusine / posttranslational modification / polyamines / deoxyhypusine | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxyhypusine synthase / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation ...deoxyhypusine synthase / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å | ||||||
データ登録者 | Wator, E. / Wilk, P. / Grudnik, P. | ||||||
資金援助 | ポーランド, 1件
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引用 | ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020 タイトル: Half Way to Hypusine-Structural Basis for Substrate Recognition by Human Deoxyhypusine Synthase. 著者: Wator, E. / Wilk, P. / Grudnik, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xxm.cif.gz | 422.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xxm.ent.gz | 351.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xxm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/6xxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/6xxm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41044.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHPS, DS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49366, deoxyhypusine synthase | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 41076.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHPS, DS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49366, deoxyhypusine synthase | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.025-0.125 mM carboxylic acid mix, 30-60% precipitant mix (MPD, PEG 3350, PEG 1000), 100 mM Tris-Bicine pH = 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.67→46.12 Å / Num. obs: 118364 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.066 % / Biso Wilson estimate: 33.974 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rrim(I) all: 0.112 / Χ2: 1.09 / Net I/σ(I): 14.28 / Num. measured all: 1191506 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1DHS 解像度: 1.67→46.12 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.83
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 243.38 Å2 / Biso mean: 42.214 Å2 / Biso min: 16.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.67→46.12 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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