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- PDB-6xxj: Crystal Structure of Human Deoxyhypusine Synthase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xxj
タイトルCrystal Structure of Human Deoxyhypusine Synthase in complex with spermidine and NAD
要素Deoxyhypusine synthase
キーワードTRANSFERASE / hypusination / deoxyhypusine synthase / EIF5A / translation / hypusine / posttranslational modification / polyamines / deoxyhypusine
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyhypusine synthase / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation ...deoxyhypusine synthase / peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine / Hypusine synthesis from eIF5A-lysine / deoxyhypusine synthase activity / spermidine metabolic process / spermidine catabolic process / positive regulation of T cell proliferation / glucose homeostasis / translation / positive regulation of cell population proliferation / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Deoxyhypusine synthase / Deoxyhypusine synthase superfamily / Deoxyhypusine synthase / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / BETA-MERCAPTOETHANOL / FORMIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / OXAMIC ACID / TRIETHYLENE GLYCOL / SPERMIDINE / Deoxyhypusine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Wator, E. / Wilk, P. / Grudnik, P.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
Polish National Science CentreUMO-2019/33/B/NZ1/01839 ポーランド
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Half Way to Hypusine-Structural Basis for Substrate Recognition by Human Deoxyhypusine Synthase.
著者: Wator, E. / Wilk, P. / Grudnik, P.
履歴
登録2020年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,40131
ポリマ－82,0892
非ポリマー3,31229
水10,683593
1
A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子

A: Deoxyhypusine synthase
B: Deoxyhypusine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,80262
ポリマ－164,1784
非ポリマー6,62458
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area42710 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area41180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.486, 105.486, 160.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-783-

HOH

21B-751-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Deoxyhypusine synthase / DHS


分子量: 41044.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DHPS, DS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P49366, deoxyhypusine synthase

-
非ポリマー , 10種, 622分子

#2: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-OXM / OXAMIC ACID / オキサミド酸


分子量: 89.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3NO3
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.025-0.125 mM carboxylic acid mix, 30-60% precipitant mix (MPD, PEG 1000, PEG 3350), 100 mM Tris-Bicine pH = 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→46.24 Å / Num. obs: 198798 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.791 % / Biso Wilson estimate: 27.396 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 1.363 / Net I/σ(I): 13.34 / Num. measured all: 1946524
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.41-1.499.7292.4370.7630838431896316960.5482.57399.4
1.49-1.610.1781.3051.5230602830069300680.7921.375100
1.6-1.739.6440.672.8626928627989279220.9270.70899.8
1.73-1.8910.3950.3695.5526838825819258190.9780.389100
1.89-2.119.9970.18911.3723411923422234180.9920.199100
2.11-2.449.8780.10721.220422220718206750.9970.11399.8
2.44-2.989.4040.0732.2716541817593175910.9980.074100
2.98-4.218.7670.04646.9312050613766137460.9990.04999.9
4.21-46.248.9240.03456.2570173788178630.9990.03699.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.17.1精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASERv1.17.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DHS

1dhs


解像度: 1.41→46.24 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1598 2099 1.06 %
Rwork0.1425 196567 -
obs0.1427 198666 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.81 Å2 / Biso mean: 29.4261 Å2 / Biso min: 13.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.41→46.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5376 0 215 593 6184
Biso mean--45.54 38.63 -
残基数----692
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.41-1.440.36521370.3729127731291098
1.44-1.480.34311390.32321301213151100
1.48-1.520.31091390.28171301713156100
1.52-1.560.23641390.2441300813147100
1.56-1.610.25941390.22541304413183100
1.61-1.670.22261380.1951303613174100
1.67-1.740.1831390.1823129751311499
1.74-1.820.1561400.161310913249100
1.82-1.910.16651390.14411306113200100
1.91-2.030.14691400.12881311013250100
2.03-2.190.13321400.12651307713217100
2.19-2.410.13941410.11851317713318100
2.41-2.760.12381410.11881320913350100
2.76-3.470.15291410.12451327813419100
3.47-46.240.14621470.12551368113828100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6191-0.33031.67541.7095-1.6586.7609-0.0697-0.08230.404-0.18610.04550.2964-0.37810.00660.01140.7305-0.0947-0.02730.3758-0.08180.5592-21.5234-5.348615.922
23.73940.98490.96860.95580.86761.1031-0.00860.03740.2078-0.14410.0309-0.0401-0.3576-0.10370.00250.33630.06670.00050.16940.01550.2312-38.5927-15.844-6.2771
31.1602-0.362-0.00930.8206-0.12680.80760.13540.28510.2353-0.3645-0.1638-0.1665-0.33530.0786-0.08380.45560.02290.07040.21630.06150.2944-19.7636-18.1997-25.2601
40.515-0.1216-0.01120.3667-0.00530.83430.08470.09180.0247-0.1529-0.0764-0.0402-0.04580.0823-0.00610.23560.04470.01330.15020.01250.1648-18.9578-38.4255-25.0699
52.73110.2495-0.3163.4899-1.25832.9620.21050.34830.3196-0.2112-0.04880.2765-0.3087-0.2137-0.13740.31610.08310.01050.18310.0320.2314-32.0144-23.3792-22.5419
62.0107-0.04480.57890.27850.14881.39930.0482-0.1195-0.08090.0318-0.0004-0.03280.12370.1889-0.03360.16460.0126-0.00990.28640.02010.2108-8.4137-51.46518.9206
70.7751-0.1989-0.10561.48660.66811.37620.04420.0818-0.1575-0.10450.0479-0.07010.37620.1521-0.07250.25090.0497-0.03160.2145-0.00380.2065-6.7011-63.4863-2.6013
80.96850.65740.32551.6708-0.28910.8356-0.01920.1443-0.1059-0.31480.1135-0.32750.1220.2652-0.12350.2190.03350.0360.2764-0.0220.2158-1.0892-53.0974-11.1899
90.5744-0.11230.10570.5516-0.08030.99080.08450.09950.0701-0.1358-0.0685-0.1201-0.02510.3262-0.01790.1820.02050.04110.28170.01370.20421.1078-42.714-15.9732
101.1652-0.07740.55010.55730.18071.0360.1423-0.0245-0.066-0.0202-0.0656-0.0370.10570.1303-0.07490.1890.0101-0.00360.19260.0110.1839-11.7085-51.5374-2.1897
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 27 )A8 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 53 )A28 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 88 )A54 - 88
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 89 through 342 )A89 - 342
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 343 through 363 )A343 - 363
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 28 through 53 )B28 - 53
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 54 through 87 )B54 - 87
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 88 through 110 )B88 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 111 through 307 )B111 - 307
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 308 through 363 )B308 - 363

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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