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- PDB-6xwv: Crystal structure of drosophila melanogaster CENP-C bound to CAL1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xwv
タイトルCrystal structure of drosophila melanogaster CENP-C bound to CAL1
要素
  • Calmodulin
  • Ryanodine Receptor 2
キーワードCELL CYCLE / Centromere / Kinetochore / Cell Division
機能・相同性
機能・相同性情報


CENP-A containing chromatin assembly / regulation of centromere complex assembly / chromatin-protein adaptor activity / female meiosis chromosome segregation / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / regulation of stem cell differentiation / protein localization to kinetochore / mitotic metaphase chromosome alignment ...CENP-A containing chromatin assembly / regulation of centromere complex assembly / chromatin-protein adaptor activity / female meiosis chromosome segregation / protein localization to chromosome, centromeric region / kinetochore assembly / condensed chromosome, centromeric region / regulation of stem cell differentiation / protein localization to kinetochore / mitotic metaphase chromosome alignment / chromosome, centromeric region / chromosome segregation / kinetochore / nucleolus
類似検索 - 分子機能
RE68959p / Chromosome alignment defect 1 / Centromeric protein-C, isoform A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Jeyaprakash, A.A. / Medina-Pritchard, B. / Lazou, V. / Zou, J. / Byron, O. / Abad, M.A. / Rappsilber, J. / Heun, P.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust202811 英国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for centromere maintenance by Drosophila CENP-A chaperone CAL1.
著者: Medina-Pritchard, B. / Lazou, V. / Zou, J. / Byron, O. / Abad, M.A. / Rappsilber, J. / Heun, P. / Jeyaprakash, A.A.
履歴
登録2020年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
E: Ryanodine Receptor 2
B: Calmodulin
C: Calmodulin
D: Calmodulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)741,6675
ポリマ－741,6675
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS and AUC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8530 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area25730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.273, 86.444, 88.462
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLYGLY(chain 'A' and (resid 1274 through 1281 or (resid 1282...AA1274 - 12891274 - 1289
12VALVALILEILE(chain 'A' and (resid 1274 through 1281 or (resid 1282...AA1306 - 14091306 - 1409
23ASPASPGLYGLY(chain 'B' and (resid 1274 through 1281 or (resid 1282...BC1274 - 12891274 - 1289
24VALVALILEILE(chain 'B' and (resid 1274 through 1281 or (resid 1282...BC1306 - 14091306 - 1409
35ASPASPGLYGLY(chain 'C' and (resid 1274 through 1281 or (resid 1282...CD1274 - 12891274 - 1289
36VALVALILEILE(chain 'C' and (resid 1274 through 1281 or (resid 1282...CD1306 - 14091306 - 1409
47ASPASPGLYGLY(chain 'D' and (resid 1274 through 1327 or (resid 1328...DE1274 - 12891274 - 1289
48VALVALILEILE(chain 'D' and (resid 1274 through 1327 or (resid 1328...DE1306 - 14091306 - 1409

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要素

#1: タンパク質
Calmodulin


分子量: 157987.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG31258 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8WHM0, UniProt: Q9VHP9*PLUS
#2: タンパク質 Ryanodine Receptor 2


分子量: 109717.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: cal1, CAL1, Cal1, CLD2, Dmel\CG5148, CG5148, Dmel_CG5148
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VEN2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M Na Cacodylate, pH 6.5, 18% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→29.08 Å / Num. obs: 30957 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 45.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 2.27→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 2932

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDS1.17.1_3660データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: dmCENP-C cupin

解像度: 2.27→29.08 Å / SU ML: 0.2985 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.4926
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 1961 6.38 %
Rwork0.2371 --
obs0.2389 30725 98.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 71.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→29.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4211 0 0 18 4229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1875760
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0635642
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.0915580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.330.41871340.351909X-RAY DIFFRACTION92.65
2.33-2.390.35691430.32531997X-RAY DIFFRACTION97.67
2.39-2.460.33061440.30311997X-RAY DIFFRACTION98.39
2.46-2.540.34561410.30042027X-RAY DIFFRACTION97.7
2.54-2.630.29991330.28542036X-RAY DIFFRACTION98.73
2.63-2.740.30571350.28242037X-RAY DIFFRACTION98.24
2.74-2.860.34791460.27222012X-RAY DIFFRACTION98
2.86-3.010.28921320.26742049X-RAY DIFFRACTION98.87
3.01-3.20.28551370.26122073X-RAY DIFFRACTION99.15
3.2-3.440.29091360.24162083X-RAY DIFFRACTION99.42
3.44-3.790.27221480.22522076X-RAY DIFFRACTION99.29
3.79-4.340.22321340.20992106X-RAY DIFFRACTION99.87
4.34-5.460.2041430.18822132X-RAY DIFFRACTION99.74
5.46-29.080.24371550.2262230X-RAY DIFFRACTION99.79
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.19414062108-1.59684436973-1.847660066854.02416156192-0.2596033060992.38826190419-0.751403275041-1.19285123826-0.6224884309090.2879820427320.492660964691-0.4452166557690.05924616410970.6014870203120.07164659994620.4674711764780.0776462791319-0.0008691739767660.6613696938750.1354778979620.51026094558228.0823363314-0.50305995553631.7728999489
25.248525222621.168935710390.3705456226752.77204144589-0.2578251393192.5492552701-0.0358461788508-0.109697200628-0.0622723421015-0.123893419889-0.08861221066570.3167088735360.0204547863-0.03701148555060.05185063440050.3935265953240.0490836656213-0.03483216450110.318579367878-0.003212147906010.3978955806420.671737447911.013157142523.8663774182
36.166262237780.2379499621820.06816161740840.202734880621-1.268801891612.37370918515-0.02755592904320.463771473669-0.7599610438130.3006977480230.3013052082430.139252687135-0.274201415464-0.36745609956-0.08969574979320.476247943238-0.01285421798890.01485947384620.4475303719850.009791700116160.5691933611468.374894039122.0223928484219.7085508976
43.194098857470.525272079557-1.368751820121.961851371121.057424158584.063687190630.742506915631.69645471864-2.03541744453-0.353471347687-0.6185952824890.7864894690531.1612499323-1.575735691140.237016488510.494242424256-0.116660471657-0.07505426258731.25727705395-0.458424526130.8353032072671.93809838218-3.1157759475212.5177140815
54.996165054551.276136980590.6416803429081.87544728316-0.3305552446935.03441377704-0.0352914007190.570944883624-0.468496690291-0.204570907160.5810980106520.450746156223-0.00252462717593-0.432602888373-0.2870890699550.4140213594420.000747777423224-0.06607801791090.529489688207-0.06434592435510.60993798814710.56637889490.94650080888618.379234371
67.371568410491.59512804115-3.348395125014.03985769734-2.602946467033.418251634560.2523247874590.1554250699820.8918511307380.01180323235250.2294019661810.623976771996-0.218708067245-0.161370860759-0.2486394880260.549439008394-0.00492835801304-0.03080649120920.365842738742-0.1386819539940.52358998927322.780857918622.139519726423.2001452577
77.5060464975-1.10751982462-0.6312252647375.11505115771-0.4663028649144.44579767071-0.829885302181-0.207465777468-1.8847399860.6018342098110.0991182052920.2193419677120.111802439775-0.3843928635610.554943789660.685800149846-0.04390085315920.1685367500440.509131269002-0.07993863914471.2081403543822.2154664758-12.207941841721.5985963698
83.789835562920.03538870102780.7417929404462.607756903760.2627399916472.137391892-0.2539625280831.09047308137-0.0722136234029-0.7522778129170.190330546038-0.4902888258010.102960192042-0.1475623362390.2249509295480.652907761477-0.07771982377640.02298086066280.695290944968-0.2792114185680.74966331539526.3740237574-6.35185137577.36991596353
94.36623231272-1.85536473360.5004148625426.4647420929-4.504047068673.290521109630.005227067772971.49668386226-0.534820994156-0.777137466062-0.5049649813630.05901548329911.10005863097-0.05710901924180.1793861118620.4763218824820.0126770487254-0.04796798085620.72044647968-0.08641136930640.3747914601637.14711361721.281751042257.10426233599
103.582786584151.68813498191-1.270238604955.59415576158-2.746253874053.45679853146-0.147239878541-0.177929664178-0.458826760436-0.04586989760220.10890897366-0.4156566435510.08635701907230.0713398122640.24488045940.4098620958240.01156427455160.02126460827620.3495474137350.001341196855390.5594041020234.74612673163.5069239529415.7313285632
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1274 through 1297 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1302 through 1338 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1339 through 1368 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1369 through 1381 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 1382 through 1410 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 890 through 913 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1274 through 1308 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1309 through 1338 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 1339 through 1353 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 1354 through 1368 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1369 through 1380 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 1381 through 1388 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1389 through 1398 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 1399 through 1411 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1274 through 1287 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 1288 through 1338 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 1339 through 1353 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 1354 through 1368 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 1369 through 1388 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 1389 through 1411 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 1274 through 1288 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 1289 through 1338 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 1339 through 1368 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 1369 through 1398 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 1399 through 1411 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る