PDB-6xwv: Crystal structure of drosophila melanogaster CENP-C bound to CAL1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xwv

タイトル

Crystal structure of drosophila melanogaster CENP-C bound to CAL1

要素

Calmodulin
Ryanodine Receptor 2

キーワード

CELL CYCLE / Centromere / Kinetochore / Cell Division

機能・相同性

機能・相同性情報

CENP-A containing chromatin assembly / : / female meiosis chromosome segregation / kinetochore assembly / protein localization to chromosome, centromeric region / condensed chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore / chromatin-protein adaptor activity / regulation of stem cell differentiation / mitotic metaphase chromosome alignment ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

Jeyaprakash, A.A. / Medina-Pritchard, B. / Lazou, V. / Zou, J. / Byron, O. / Abad, M.A. / Rappsilber, J. / Heun, P.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2020
タイトル: Structural basis for centromere maintenance by Drosophila CENP-A chaperone CAL1.
著者: Medina-Pritchard, B. / Lazou, V. / Zou, J. / Byron, O. / Abad, M.A. / Rappsilber, J. / Heun, P. / Jeyaprakash, A.A.

履歴

登録	2020年1月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xwv.cif.gz	380.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xwv.ent.gz	210.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xwv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6xwv_validation.pdf.gz	519.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xwv_full_validation.pdf.gz	534.1 KB	表示
XML形式データ	6xwv_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	6xwv_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/6xwv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xwsC 6xwtC 6xwuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ym1-d 1rq7-d 2v27-d 2v28-d 1s95-d 3buu-d 1tw5-d 2q1y-d 1rlu-d 5zqv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calmodulin

E: Ryanodine Receptor 2

B: Calmodulin

C: Calmodulin

D: Calmodulin

742 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, SEC-MALS and AUC

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.273, 86.444, 88.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain 'A' and (resid 1274 through 1281 or (resid 1282...	A	A	1274 - 1289	1274 - 1289
1	2	VAL	VAL	ILE	ILE	(chain 'A' and (resid 1274 through 1281 or (resid 1282...	A	A	1306 - 1409	1306 - 1409
2	3	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain 'B' and (resid 1274 through 1281 or (resid 1282...	B	C	1274 - 1289	1274 - 1289
2	4	VAL	VAL	ILE	ILE	(chain 'B' and (resid 1274 through 1281 or (resid 1282...	B	C	1306 - 1409	1306 - 1409
3	5	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain 'C' and (resid 1274 through 1281 or (resid 1282...	C	D	1274 - 1289	1274 - 1289
3	6	VAL	VAL	ILE	ILE	(chain 'C' and (resid 1274 through 1281 or (resid 1282...	C	D	1306 - 1409	1306 - 1409
4	7	ASP	ASP	GLY	GLY	(chain 'D' and (resid 1274 through 1327 or (resid 1328...	D	E	1274 - 1289	1274 - 1289
4	8	VAL	VAL	ILE	ILE	(chain 'D' and (resid 1274 through 1327 or (resid 1328...	D	E	1306 - 1409	1306 - 1409

#1: タンパク質	Calmodulin 分子量: 157987.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG31258 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8WHM0, UniProt: Q9VHP9*PLUS
#2: タンパク質	Ryanodine Receptor 2 分子量: 109717.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: cal1, CAL1, Cal1, CLD2, Dmel\CG5148, CG5148, Dmel_CG5148 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VEN2
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M Na Cacodylate, pH 6.5, 18% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→29.08 Å / Num. obs: 30957 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 45.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 21.2
反射シェル	解像度: 2.27→2.35 Å / R_merge(I) obs: 0.66 / Num. unique obs: 2932

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS	1.17.1_3660	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: dmCENP-C cupin

解像度: 2.27→29.08 Å / SU ML: 0.2985 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.4926

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2655	1961	6.38 %
R_work	0.2371	-	-
obs	0.2389	30725	98.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→29.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4211	0	0	18	4229

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4279
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.187	5760
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0635	642
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0072	735
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.0915	580

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.27-2.33	0.4187	134	0.35	1909	X-RAY DIFFRACTION	92.65
2.33-2.39	0.3569	143	0.3253	1997	X-RAY DIFFRACTION	97.67
2.39-2.46	0.3306	144	0.3031	1997	X-RAY DIFFRACTION	98.39
2.46-2.54	0.3456	141	0.3004	2027	X-RAY DIFFRACTION	97.7
2.54-2.63	0.2999	133	0.2854	2036	X-RAY DIFFRACTION	98.73
2.63-2.74	0.3057	135	0.2824	2037	X-RAY DIFFRACTION	98.24
2.74-2.86	0.3479	146	0.2722	2012	X-RAY DIFFRACTION	98
2.86-3.01	0.2892	132	0.2674	2049	X-RAY DIFFRACTION	98.87
3.01-3.2	0.2855	137	0.2612	2073	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.2-3.44	0.2909	136	0.2416	2083	X-RAY DIFFRACTION	99.42
3.44-3.79	0.2722	148	0.2252	2076	X-RAY DIFFRACTION	99.29
3.79-4.34	0.2232	134	0.2099	2106	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.34-5.46	0.204	143	0.1882	2132	X-RAY DIFFRACTION	99.74
5.46-29.08	0.2437	155	0.226	2230	X-RAY DIFFRACTION	99.79

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.19414062108	-1.59684436973	-1.84766006685	4.02416156192	-0.259603306099	2.38826190419	-0.751403275041	-1.19285123826	-0.622488430909	0.287982042732	0.492660964691	-0.445216655769	0.0592461641097	0.601487020312	0.0716465999462	0.467471176478	0.0776462791319	-0.000869173976766	0.661369693875	0.135477897962	0.510260945582	28.0823363314	-0.503059955536	31.7728999489
2	5.24852522262	1.16893571039	0.370545622675	2.77204144589	-0.257825139319	2.5492552701	-0.0358461788508	-0.109697200628	-0.0622723421015	-0.123893419889	-0.0886122106657	0.316708873536	0.0204547863	-0.0370114855506	0.0518506344005	0.393526595324	0.0490836656213	-0.0348321645011	0.318579367878	-0.00321214790601	0.39789558064	20.6717374479	11.0131571425	23.8663774182
3	6.16626223778	0.237949962182	0.0681616174084	0.202734880621	-1.26880189161	2.37370918515	-0.0275559290432	0.463771473669	-0.759961043813	0.300697748023	0.301305208243	0.139252687135	-0.274201415464	-0.36745609956	-0.0896957497932	0.476247943238	-0.0128542179889	0.0148594738462	0.447530371985	0.00979170011616	0.569193361146	8.37489403912	2.02239284842	19.7085508976
4	3.19409885747	0.525272079557	-1.36875182012	1.96185137112	1.05742415858	4.06368719063	0.74250691563	1.69645471864	-2.03541744453	-0.353471347687	-0.618595282489	0.786489469053	1.1612499323	-1.57573569114	0.23701648851	0.494242424256	-0.116660471657	-0.0750542625873	1.25727705395	-0.45842452613	0.835303207267	1.93809838218	-3.11577594752	12.5177140815
5	4.99616505455	1.27613698059	0.641680342908	1.87544728316	-0.330555244693	5.03441377704	-0.035291400719	0.570944883624	-0.468496690291	-0.20457090716	0.581098010652	0.450746156223	-0.00252462717593	-0.432602888373	-0.287089069955	0.414021359442	0.000747777423224	-0.0660780179109	0.529489688207	-0.0643459243551	0.609937988147	10.5663788949	0.946500808886	18.379234371
6	7.37156841049	1.59512804115	-3.34839512501	4.03985769734	-2.60294646703	3.41825163456	0.252324787459	0.155425069982	0.891851130738	0.0118032323525	0.229401966181	0.623976771996	-0.218708067245	-0.161370860759	-0.248639488026	0.549439008394	-0.00492835801304	-0.0308064912092	0.365842738742	-0.138681953994	0.523589989273	22.7808579186	22.1395197264	23.2001452577
7	7.5060464975	-1.10751982462	-0.631225264737	5.11505115771	-0.466302864914	4.44579767071	-0.829885302181	-0.207465777468	-1.884739986	0.601834209811	0.099118205292	0.219341967712	0.111802439775	-0.384392863561	0.55494378966	0.685800149846	-0.0439008531592	0.168536750044	0.509131269002	-0.0799386391447	1.20814035438	22.2154664758	-12.2079418417	21.5985963698
8	3.78983556292	0.0353887010278	0.741792940446	2.60775690376	0.262739991647	2.137391892	-0.253962528083	1.09047308137	-0.0722136234029	-0.752277812917	0.190330546038	-0.490288825801	0.102960192042	-0.147562336239	0.224950929548	0.652907761477	-0.0777198237764	0.0229808606628	0.695290944968	-0.279211418568	0.749663315395	26.3740237574	-6.3518513757	7.36991596353
9	4.36623231272	-1.8553647336	0.500414862542	6.4647420929	-4.50404706867	3.29052110963	0.00522706777297	1.49668386226	-0.534820994156	-0.777137466062	-0.504964981363	0.0590154832991	1.10005863097	-0.0571090192418	0.179386111862	0.476321882482	0.0126770487254	-0.0479679808562	0.72044647968	-0.0864113693064	0.37479146016	37.1471136172	1.28175104225	7.10426233599
10	3.58278658415	1.68813498191	-1.27023860495	5.59415576158	-2.74625387405	3.45679853146	-0.147239878541	-0.177929664178	-0.458826760436	-0.0458698976022	0.10890897366	-0.415656643551	0.0863570190723	0.071339812264	0.2448804594	0.409862095824	0.0115642745516	0.0212646082762	0.349547413735	0.00134119685539	0.55940410202	34.7461267316	3.50692395294	15.7313285632
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25	4.40022696738	1.63545846089	2.99193725519	3.2335559123	0.0224472282067	2.28261825939	-0.120437250305	0.862571070547	1.41018590864	-0.442534281035	-0.0272394676744	-0.341983987439	-0.626182277965	0.0570285451314	0.423221855085	0.58257823844	-0.0420872795364	-0.038470672923	0.493397213675	0.1077798532	0.706101518665	10.5015873786	45.823121178	10.3519636775

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1274 through 1297 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 1302 through 1338 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 1339 through 1368 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 1369 through 1381 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 1382 through 1410 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 890 through 913 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1274 through 1308 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 1309 through 1338 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 1339 through 1353 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1354 through 1368 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1369 through 1380 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 1381 through 1388 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 1389 through 1398 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1399 through 1411 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1274 through 1287 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1288 through 1338 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 1339 through 1353 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 1354 through 1368 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 1369 through 1388 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 1389 through 1411 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 1274 through 1288 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 1289 through 1338 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 1339 through 1368 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 1369 through 1398 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 1399 through 1411 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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実験情報

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実験

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)