[日本語] English
万見
- PDB-6xwm: Mechanism of substrate release in neurotransmitter:sodium symport... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xwm
タイトルMechanism of substrate release in neurotransmitter:sodium symporters: the structure of LeuT in an inward-facing occluded conformation
要素Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Neurotransmitter:sodium symporters (NSS)
機能・相同性Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / plasma membrane / PHENYLALANINE / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
機能・相同性情報
生物種Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Boesen, T. / Nissen, P. / Gotfryd, K. / Loland, C.J. / Gether, U.
資金援助 デンマーク, 米国, European Union, 9件
組織認可番号国
LundbeckfondenR133-A12689 デンマーク
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)P01 DA012408 米国
Lundbeckfonden2009-4585 デンマーク
LundbeckfondenDANDRITE-R248-2016-2518 デンマーク
The Carlsberg FoundationCF17-0171 デンマーク
Danish Council for Independent ResearchSapere Aude 0602-02100B デンマーク
Danish Council for Independent ResearchFP1 0602-02100B デンマーク
Danish Council for Independent Research4183-00581 デンマーク
European Communitys Seventh Framework ProgrammeFP7/2007-2013 HEALTH-F4-2007- 201924European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: X-ray structure of LeuT in an inward-facing occluded conformation reveals mechanism of substrate release.
著者: Gotfryd, K. / Boesen, T. / Mortensen, J.S. / Khelashvili, G. / Quick, M. / Terry, D.S. / Missel, J.W. / LeVine, M.V. / Gourdon, P. / Blanchard, S.C. / Javitch, J.A. / Weinstein, H. / Loland, ...著者: Gotfryd, K. / Boesen, T. / Mortensen, J.S. / Khelashvili, G. / Quick, M. / Terry, D.S. / Missel, J.W. / LeVine, M.V. / Gourdon, P. / Blanchard, S.C. / Javitch, J.A. / Weinstein, H. / Loland, C.J. / Nissen, P. / Gether, U.
履歴
登録2020年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_conn
Item: _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id ..._struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
B: Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3478
ポリマ－115,9252
非ポリマー4226
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2620 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area37310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.848, 83.985, 86.939
Angle α, β, γ (deg.)65.380, 89.770, 64.560
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family)


分子量: 57962.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)
遺伝子: snf, aq_2077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67854
#2: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES-NaOH, sodium formate, PEG 3350, glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.62 Å / Num. obs: 53681 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.087 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 332230 / Scaling rejects: 230
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 98.2

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs
2.6-2.6861.0672810946510.7220.4651.1661.4
10.72-46.626.40.03448747600.9990.0140.03734.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
Aimless0.5.8データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSVERSION Oct 15, 2015 BUILT=20151231データ削減
PHENIX1.16_3549位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TT3

3tt3


解像度: 2.6→45.046 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 2689 5.01 %
Rwork0.2109 50962 -
obs0.212 53651 98.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 171.77 Å2 / Biso mean: 81.2031 Å2 / Biso min: 37.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→45.046 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7875 0 28 22 7925
Biso mean--63.9 58.27 -
残基数----993
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6-2.64730.31851490.3139267898
2.6473-2.69820.29441500.2832268298
2.6982-2.75330.30231510.2637259998
2.7533-2.81310.26141550.2396266898
2.8131-2.87860.26891520.2286270398
2.8786-2.95060.24281370.2203263898
2.9506-3.03030.23421240.2241268398
3.0303-3.11950.27071490.227269099
3.1195-3.22010.26951360.2383271399
3.2201-3.33520.24751350.2337266299
3.3352-3.46870.28311380.2334267999
3.4687-3.62650.21781510.2116268399
3.6265-3.81760.24841270.2123269799
3.8176-4.05660.25711290.2203270799
4.0566-4.36960.22051350.2057269799
4.3696-4.80890.20981320.1762271299
4.8089-5.50360.22751350.1957269299
5.5036-6.930.22841510.21782697100
6.93-45.0460.19221530.1882268299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.5239 Å / Origin y: -4.7879 Å / Origin z: -139.3409 Å
111213212223313233
T0.3868 Å20.0727 Å20.0938 Å2-0.4117 Å2-0.0005 Å2--0.4018 Å2
L1.5355 °20.7536 °20.3936 °2-1.8524 °20.074 °2--0.8328 °2
S0.04 Å °0.1679 Å °-0.2121 Å °-0.0619 Å °0.0515 Å °-0.1419 Å °-0.0907 Å °0.1058 Å °-0.103 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA13 - 510
2X-RAY DIFFRACTION1allA601 - 752
3X-RAY DIFFRACTION1allB13 - 507
4X-RAY DIFFRACTION1allB601 - 752
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 23

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る