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万見
- PDB-6xwi: Solution NMR structure of the S0_2.126 designed protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xwi
タイトルSolution NMR structure of the S0_2.126 designed protein
要素S0_2.126
キーワードDE NOVO PROTEIN / designed protein
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Abriata, L.A.
資金援助 スイス, 3件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation2015/333 スイス
European Research Council (ERC)716058 スイス
Swiss National Science Foundation310030-163139 スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: De novo protein design enables the precise induction of RSV-neutralizing antibodies.
著者: Sesterhenn, F. / Yang, C. / Bonet, J. / Cramer, J.T. / Wen, X. / Wang, Y. / Chiang, C.I. / Abriata, L.A. / Kucharska, I. / Castoro, G. / Vollers, S.S. / Galloux, M. / Dheilly, E. / Rosset, S. ...著者: Sesterhenn, F. / Yang, C. / Bonet, J. / Cramer, J.T. / Wen, X. / Wang, Y. / Chiang, C.I. / Abriata, L.A. / Kucharska, I. / Castoro, G. / Vollers, S.S. / Galloux, M. / Dheilly, E. / Rosset, S. / Corthesy, P. / Georgeon, S. / Villard, M. / Richard, C.A. / Descamps, D. / Delgado, T. / Oricchio, E. / Rameix-Welti, M.A. / Mas, V. / Ervin, S. / Eleouet, J.F. / Riffault, S. / Bates, J.T. / Julien, J.P. / Li, Y. / Jardetzky, T. / Krey, T. / Correia, B.E.
履歴
登録2020年1月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S0_2.126


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2091
ポリマ－8,2091
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Monomer by SEC-MALS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4760 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 S0_2.126


分子量: 8209.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
113isotropic13D HNCO
123isotropic13D HNCA
133isotropic13D CBCA(CO)NH
143isotropic13D HN(CA)CB
153isotropic13D HN(CO)CA
1123isotropic13D HN(CA)CO
1113isotropic12D 1H-15N HSQC
1102isotropic12D 1H-15N HSQC
192isotropic13D 1H-15N NOESY
182isotropic13D 1H-15N TOCSY
172isotropic13D HNHA
1173isotropic13D (H)CCH-TOCSY
163isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1141isotropic12D 1H-1H NOESY
1131isotropic12D 1H-1H TOCSY
1164isotropic12D 1H-1H NOESY
1154isotropic12D 1H-1H TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1500 uM protein 3hb_126543, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O3hb_126543_unlabeled90% H2O/10% D2O
solution2500 uM [U-99% 15N] protein 3hb_126543, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O3hb_126543 15N labeled90% H2O/10% D2O
solution3400 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein 3hb_126543, 20 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2O3hb_126543 13C, 15N90% H2O/10% D2O
solution4500 uM protein 3hb_126543, 20 mM sodium phosphate, 100% D2O3hb_126543 unlabeled in D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMprotein 3hb_126543none1
20 mMsodium phosphatenone1
500 uMprotein 3hb_126543[U-99% 15N]2
20 mMsodium phosphatenone2
400 uMprotein 3hb_126543[U-99% 13C; U-99% 15N]3
20 mMsodium phosphatenone3
500 uMprotein 3hb_126543none4
20 mMsodium phosphatenone4
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
UNIOT. Herrmannstructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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