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- PDB-6xsw: Structure of the Notch3 NRR in complex with an antibody Fab Fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xsw
タイトルStructure of the Notch3 NRR in complex with an antibody Fab Fragment
要素
  • Anti-N3 Fab Heavy Chain
  • Anti-N3 Fab Light Chain
  • Neurogenic locus notch homolog protein 3
キーワードSIGNALING PROTEIN/Immune System / Notch3 / Antibody / SIGNALING PROTEIN / SIGNALING PROTEIN-Immune System complex
機能・相同性
機能・相同性情報


glomerular capillary formation / Defective LFNG causes SCDO3 / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / Noncanonical activation of NOTCH3 / neuroblast differentiation / Pre-NOTCH Processing in Golgi / neuron fate commitment / artery morphogenesis / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / Notch-HLH transcription pathway ...glomerular capillary formation / Defective LFNG causes SCDO3 / Pre-NOTCH Processing in the Endoplasmic Reticulum / Noncanonical activation of NOTCH3 / neuroblast differentiation / Pre-NOTCH Processing in Golgi / neuron fate commitment / artery morphogenesis / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / Notch-HLH transcription pathway / negative regulation of neuron differentiation / forebrain development / Notch signaling pathway / axon guidance / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of miRNA transcription / signaling receptor activity / receptor complex / cadherin binding / Golgi membrane / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neurogenic locus Notch 3 / : / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD ...Neurogenic locus Notch 3 / : / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurogenic locus notch homolog protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Bard, J.
引用ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2021
タイトル: NOTCH3-targeted antibody drug conjugates regress tumors by inducing apoptosis in receptor cells and through transendocytosis into ligand cells.
著者: Geles, K.G. / Gao, Y. / Giannakou, A. / Sridharan, L. / Yamin, T.T. / Zhang, J. / Karim, R. / Bard, J. / Piche-Nicholas, N. / Charati, M. / Maderna, A. / Lucas, J. / Golas, J. / Guffroy, M. / ...著者: Geles, K.G. / Gao, Y. / Giannakou, A. / Sridharan, L. / Yamin, T.T. / Zhang, J. / Karim, R. / Bard, J. / Piche-Nicholas, N. / Charati, M. / Maderna, A. / Lucas, J. / Golas, J. / Guffroy, M. / Pirie-Shepherd, S. / Roy, M. / Qian, J. / Franks, T. / Zhong, W. / O'Donnell, C.J. / Tchistiakova, L. / Gerber, H.P. / Sapra, P.
履歴
登録2020年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anti-N3 Fab Heavy Chain
B: Anti-N3 Fab Light Chain
C: Neurogenic locus notch homolog protein 3
D: Anti-N3 Fab Heavy Chain
E: Anti-N3 Fab Light Chain
F: Neurogenic locus notch homolog protein 3
G: Anti-N3 Fab Heavy Chain
H: Anti-N3 Fab Heavy Chain
I: Anti-N3 Fab Light Chain
J: Neurogenic locus notch homolog protein 3
L: Anti-N3 Fab Light Chain
X: Neurogenic locus notch homolog protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,97928
ポリマ－317,59112
非ポリマー1,38816
水18010
1
A: Anti-N3 Fab Heavy Chain
B: Anti-N3 Fab Light Chain
C: Neurogenic locus notch homolog protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7397
ポリマ－79,3983
非ポリマー3414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Anti-N3 Fab Heavy Chain
E: Anti-N3 Fab Light Chain
F: Neurogenic locus notch homolog protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7397
ポリマ－79,3983
非ポリマー3414
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
G: Anti-N3 Fab Heavy Chain
I: Anti-N3 Fab Light Chain
J: Neurogenic locus notch homolog protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5186
ポリマ－79,3983
非ポリマー1203
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
H: Anti-N3 Fab Heavy Chain
L: Anti-N3 Fab Light Chain
X: Neurogenic locus notch homolog protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9828
ポリマ－79,3983
非ポリマー5855
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.652, 158.951, 159.687
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 CFJX

#3: タンパク質
Neurogenic locus notch homolog protein 3 / Notch 3


分子量: 31174.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NOTCH3 / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UM47

-
抗体 , 2種, 8分子 ADGHBEIL

#1: 抗体
Anti-N3 Fab Heavy Chain


分子量: 24713.717 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: rat-human chimeric antibody / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Anti-N3 Fab Light Chain


分子量: 23509.107 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: rat human chimeric antibody / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 2種, 3分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 23分子

#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.94 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium Citrate pH 5.5, 12 % PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 170 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→159.69 Å / Num. obs: 70289 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 75.47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.98→3.14 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.099 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 10115 / Rpim(I) all: 0.456 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1xgp

1xgp


解像度: 2.98→112.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.834 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.385
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 3541 5.04 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.234 70204 99.9 %-
原子変位パラメータBiso max: 150.49 Å2 / Biso mean: 57.74 Å2 / Biso min: 15.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.2602 Å20 Å20 Å2
2--15.9061 Å20 Å2
3---3.354 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.98→112.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18838 0 69 10 18917
Biso mean--61.97 35.53 -
残基数----2508
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d6243SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes3318HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it19392HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd10SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion2524SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20382SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d19392HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg26458HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.39
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.74
LS精密化 シェル解像度: 2.98→3.05 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3293 249 4.86 %
Rwork0.2756 4871 -
all0.2781 5120 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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