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- PDB-6xrq: Structural descriptions of ligand interactions to DNA and RNA qua... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xrq
タイトルStructural descriptions of ligand interactions to DNA and RNA quadruplexes folded from the non-coding region of Pseudorabies virus
要素RNA (5' GP*GP*CP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A-3')
キーワードRNA / Quadruplex / PRV
機能・相同性: / Chem-V8A / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Pseudorabies virus Ea (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Zhang, Y.S. / Parkinson, G.N. / Wei, D.G.
引用ジャーナル: Biochimie / 年: 2024
タイトル: Structural descriptions of ligand interactions to RNA quadruplexes folded from the non-coding region of Pseudorabies virus.
著者: Zhang, Y. / Bux, K. / Attana, F. / Wei, D. / Haider, S. / Parkinson, G.N.
履歴
登録2020年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年6月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: RNA (5' GP*GP*CP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A-3')
A: RNA (5' GP*GP*CP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8737
ポリマ－9,1462
非ポリマー1,7275
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area5630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.177, 43.974, 30.781
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5' GP*GP*CP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*CP*GP*GP*A-3')


分子量: 4572.788 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudorabies virus Ea (ウイルス)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-V8A / 2,7-bis[3-(morpholin-4-yl)propyl]-4,9-bis{[3-(morpholin-4-yl)propyl]amino}benzo[lmn][3,8]phenanthroline-1,3,6,8(2H,7H)-tetrone


分子量: 804.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H60N8O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / Absorpt correction T max: 1 / Absorpt correction T min: 0.949905760669 / Absorpt correction type: empirical
Absorpt process details: CCP4 7.0.075: AIMLESS, version 0.7.4 : 13/12/18 Scaling & analysis of unmerged intensities, absorption correction using spherical harmonics
使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.97 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Potassium cacodylate, Potassium chloride, Sodium cacodylate, MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.96864 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月29日
放射モノクロメーター: si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96864 Å / 相対比: 1
ReflectionLimit h max: 20 / Limit h min: -21 / Limit k max: 28 / Limit k min: -29 / Limit l max: 23 / Limit l min: -21 / 数: 47094 / Theta max: 23.6140252043 ° / Theta min: 0.934183571367 °
反射解像度: 1.21→27.703 Å / Num. obs: 21248 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.21-1.233.10.5996280.8530.3870.71856.5
6.63-27.7036.20.0731510.9890.0320.0899.3
Cell measurementReflection used: 47094 / Theta max: 23.6140252043 ° / Theta min: 0.934183571367 °

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6JJH

6jjh


解像度: 1.21→27.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 0.926 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1025 4.829 %Random Selection
Rwork0.199 20202 --
all0.2 ---
obs0.1999 21227 93.879 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 17.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.412 Å2-0 Å2-0.107 Å2
2--1.5 Å2-0 Å2
3----0.833 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.21→27.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 606 119 97 822
Biso mean--18.26 27.65 -
残基数----28
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.012853
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0011.4891283
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.823696
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0320.02418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02168
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.2138
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2280.2342
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2740.2319
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0630.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.267
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0630.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1290.232
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2030.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0680.28
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9171.747853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8321.738724
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9432.6331283
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.8282.6471104
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.126.1793561
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other3.94727.3862942
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.21-1.2410.319560.337917X-RAY DIFFRACTION58.5792
1.241-1.2750.372490.3021127X-RAY DIFFRACTION72.5478
1.275-1.3120.329660.2851309X-RAY DIFFRACTION87.6354
1.312-1.3530.287690.2681420X-RAY DIFFRACTION96.4378
1.353-1.3970.31710.2351404X-RAY DIFFRACTION100
1.397-1.4460.308490.2351375X-RAY DIFFRACTION100
1.446-1.50.224500.2341315X-RAY DIFFRACTION100
1.5-1.5610.259480.2051318X-RAY DIFFRACTION99.9268
1.561-1.6310.179660.1821224X-RAY DIFFRACTION100
1.631-1.710.175630.1761157X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.8020.215610.1721097X-RAY DIFFRACTION100
1.802-1.9110.205640.1931039X-RAY DIFFRACTION100
1.911-2.0420.223560.188995X-RAY DIFFRACTION100
2.042-2.2050.191470.187925X-RAY DIFFRACTION100
2.205-2.4140.178500.204831X-RAY DIFFRACTION100
2.414-2.6970.232620.193759X-RAY DIFFRACTION100
2.697-3.1090.192420.202677X-RAY DIFFRACTION100
3.109-3.7970.208360.168574X-RAY DIFFRACTION100
3.797-5.3250.2160.164457X-RAY DIFFRACTION100
5.325-27.690.39240.255282X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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