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- PDB-6xri: MSMEG_2027 domain-swapped dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xri
タイトルMSMEG_2027 domain-swapped dimer
要素Uncharacterized protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / F420 / Quinone / Reductase
機能・相同性F420H(2)-dependent quinone reductase / F420H(2)-dependent quinone reductase / coenzyme F420 binding / FMN-binding split barrel / oxidoreductase activity / plasma membrane / Nitroreductase
機能・相同性情報
生物種Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Jackson, C.J. / Antoney, J.P. / Ahmed, F.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of F420-H2 dependent oxidoreductase MSMEG_2027 in dimeric apo form.
著者: Jackson, C.J. / Antoney, J.P.
履歴
登録2020年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein
I: Uncharacterized protein
J: Uncharacterized protein
K: Uncharacterized protein
L: Uncharacterized protein
M: Uncharacterized protein
N: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,39214
ポリマ－224,39214
非ポリマー00
水9,890549
1
A: Uncharacterized protein
F: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0562
ポリマ－32,0562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13590 Å2
手法PISA
2
B: Uncharacterized protein
C: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0562
ポリマ－32,0562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13550 Å2
手法PISA
3
D: Uncharacterized protein
E: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0562
ポリマ－32,0562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
4
G: Uncharacterized protein
H: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0562
ポリマ－32,0562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3710 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13460 Å2
手法PISA
5
I: Uncharacterized protein
J: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0562
ポリマ－32,0562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13220 Å2
手法PISA
6
K: Uncharacterized protein
L: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0562
ポリマ－32,0562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
7
M: Uncharacterized protein
N: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0562
ポリマ－32,0562
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3850 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.554, 110.228, 140.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.213, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein


分子量: 16028.034 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 遺伝子: MSMEG_2027 / プラスミド: pETMCSIII / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QU01
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 549 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.73 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 13% PEG 8000, 0.1 M Tris, 20% Isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月17日
放射モノクロメーター: Silicon Double Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→34.21 Å / Num. obs: 81362 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.205 / Rpim(I) all: 0.123 / Rrim(I) all: 0.239 / Χ2: 0.51 / Net I/av σ(I): 3.9 / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.37-2.423.81.7031780746700.521.0071.9810.698.3
12.31-34.213.40.03120586070.9990.020.03712.592.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
XDS20200417データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER5.8.0073位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4y9i

4y9i


解像度: 2.37→34.18 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.08 / 位相誤差: 33.5716
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3009 4039 4.97 %0
Rwork0.2416 77215 --
obs0.2494 81254 92.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→34.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15180 0 0 549 15729
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008715609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86121236
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04972276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00632749
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.30555879
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.410.33472420.2833991X-RAY DIFFRACTION92.49
2.41-2.450.29252140.28134118X-RAY DIFFRACTION93.85
2.45-2.50.32632390.27173983X-RAY DIFFRACTION93.21
2.5-2.550.28332250.26924143X-RAY DIFFRACTION93.75
2.55-2.610.3092150.2664062X-RAY DIFFRACTION93.64
2.61-2.650.2871380.26492840X-RAY DIFFRACTION65.39
2.68-2.740.26921850.24843260X-RAY DIFFRACTION74.5
2.74-2.810.31132490.25974082X-RAY DIFFRACTION93.2
2.81-2.890.311930.25094102X-RAY DIFFRACTION94.32
2.89-2.990.29262210.24734096X-RAY DIFFRACTION93.77
2.99-3.090.29042280.25144121X-RAY DIFFRACTION93.96
3.09-3.220.26731890.23894126X-RAY DIFFRACTION94.79
3.22-3.360.32371990.24474151X-RAY DIFFRACTION94.34
3.36-3.540.3842050.29684018X-RAY DIFFRACTION92.22
3.54-3.760.36441180.26192300X-RAY DIFFRACTION52.37
3.76-4.050.40951670.2683108X-RAY DIFFRACTION70.77
4.05-4.460.23142050.19874146X-RAY DIFFRACTION94.46
4.46-5.10.26931810.19074197X-RAY DIFFRACTION95.06
5.1-6.420.26572170.22594161X-RAY DIFFRACTION94.31
6.42-34.180.32321960.25054223X-RAY DIFFRACTION93.7
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.376766687776-0.01421440953380.1478158346550.220578332353-0.2852921449470.454050372675-0.0691244071808-0.2086698046250.1004324262820.269289095421-0.05888499973950.0853957386773-0.329963935236-0.111766951062-0.2449100225460.125970122857-0.02157463116870.07299721571530.109761143233-0.0681952962127-0.0220196093336-24.63194398234.54095509608-55.4738656306
20.369316725575-0.0645678767528-0.1158440742220.319847364510.4567214785180.659677057053-0.0002865965082590.04932375860810.0795430598051-0.237619891866-0.1610535731040.180730283214-0.136478844736-0.2654062663690.119241377510.9864470926260.0162548913045-0.1018436238330.338223650011-0.04568855975340.239746834778-60.92412981594.447595401382.97410361643
30.190520038186-0.00526981166760.124613498790.0914922202529-0.1068006048020.206601764133-0.07898839614070.0298968446205-0.0268452158815-0.198367708591-0.0196421259797-0.04259430140270.08770229180280.0666549166620.07673227993710.9998459593530.02736337562020.005822758658310.2070718166910.04667132220570.217105085052-49.4715642236-4.531212355951.36075215492
40.0881686883418-0.102428448892-0.04008044907570.2916460871480.3250738024260.4579099389980.00679218667763-0.0396189648713-0.002386226223540.113628201286-0.03943142128890.0797273134225-0.017461492057-0.1347662307580.06929550721341.39424129293-0.1959625970650.3024841357120.431548920991-0.07490063267970.388646505317-25.40971163534.5209388482721.0991216081
50.278080774287-0.2104889991780.203285558810.208537673582-0.2217842836270.259644288829-0.00791123234165-0.151031714283-0.06057098109920.178832725370.04513145107790.006207629644550.05963544310970.09442221085160.03234351514741.43945924545-0.164309845513-0.08877925305540.4436097423260.08746284453930.321428471166-13.8305151752-4.4711769619.3963154834
60.142803270286-0.04938611671430.07309681096240.0166182652342-0.006255035438070.104718528690.0226284341331-0.0936852892708-0.08123311477790.1319183843050.0528532568078-0.03374611720090.1199968472930.02685245969160.1575718476180.290688552922-0.00937068650232-0.1401209937990.03673237788980.0395056400639-0.160264828618-13.303314373-4.51246693568-57.3419824914
70.0749909931088-0.04143518354870.001479436790310.0500187391598-0.08097162755360.2078731127320.01137094457440.07208388340440.112715594374-0.241689528971-0.00680634286123-0.0657411100175-0.2378810266010.1580971454510.05120875108370.497563406074-0.1375620772580.03789783252260.1259528277040.0279337814341-0.102428666637-48.9691613234-4.2726417431541.4697856083
80.1391964364720.01285886151570.03009260593950.201463057312-0.1969139010780.686585297734-0.0374276968616-0.02206003295710.02433654232820.06993870282030.0322813160088-0.00569115080398-0.0905027707232-0.0616340601376-0.02596093980320.74434601728-0.0927953593959-0.03718326649910.1602653014010.02959724395440.042736319038-60.33632252994.7360668938439.5977753274
90.04879947636310.0151970813907-0.06351901245640.129115947791-0.1849044938520.3118150755560.0168975707294-0.04116460447070.02711451275270.101061232798-0.0703897577274-0.0383238716264-0.01605937952450.131862916985-0.01284453662560.796076276510.00649524658101-0.03630387745040.1174477914610.099366485832-0.094457546893-12.0942501728-3.94557280768-17.2646288509
100.1683955944070.083819869120.1110611943520.1400073332440.1339187555190.39285765657-0.0537769659394-0.08531064674980.05570568207820.130183574288-0.05017954046060.074658935444-0.0675081259695-0.08853169949890.02427575560190.8026623141370.02076294290840.01450680152270.13862429067-0.04769003779030.0679991315946-23.34577608854.72986663477-19.003005335
110.245755871243-0.4075658548710.2260533888420.692534497338-0.3875383365920.2175183234890.003320930921870.1281901698010.139783225025-0.322727235707-0.145158178438-0.407207344009-0.02486569076740.1577037671670.1305560949191.07754782554-0.08545689340470.03994315792490.4153966144270.03753459013160.38325288005-49.7784293932-4.39428901794-35.5650521143
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 6 through 140)AA6 - 1401 - 135
22(chain 'B' and resid 6 through 140)BB6 - 1401 - 135
33(chain 'C' and resid 7 through 140)CC7 - 1401 - 135
44(chain 'D' and resid 6 through 140)DD6 - 1401 - 135
55(chain 'E' and resid 7 through 140)EE7 - 1401 - 134
66(chain 'F' and resid 7 through 140)FF7 - 1401 - 134
77(chain 'G' and resid 6 through 140)GG6 - 1401 - 135
88(chain 'H' and resid 7 through 140)HH7 - 1401 - 134
99(chain 'I' and resid 6 through 140)II6 - 1401 - 136
1010(chain 'J' and resid 7 through 140)JJ7 - 1401 - 134
1111(chain 'K' and resid 6 through 140)KK6 - 1401 - 135
1212(chain 'L' and resid 12 through 140)LL12 - 1401 - 129
1313(chain 'M' and resid 6 through 140)MM6 - 1401 - 135
1414(chain 'N' and resid 9 through 140)NN9 - 1401 - 132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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