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- PDB-7abv: Structure of the S1-cleaved mouse Notch1 Negative Regulatory Regi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7abv
タイトルStructure of the S1-cleaved mouse Notch1 Negative Regulatory Region (NRR)
要素Neurogenic locus notch homolog protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Type I transmembrane protein / Developmental protein / Calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Pre-NOTCH Processing in Golgi / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / osteoblast fate commitment / venous blood vessel morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis ...Pre-NOTCH Processing in Golgi / regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / positive regulation of ephrin receptor signaling pathway / osteoblast fate commitment / venous blood vessel morphogenesis / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / coronary sinus valve morphogenesis / cardiac right atrium morphogenesis / cardiac right ventricle formation / growth involved in heart morphogenesis / Notch signaling pathway involved in regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / cell differentiation in spinal cord / venous endothelial cell differentiation / retinal cone cell differentiation / arterial endothelial cell differentiation / epithelial cell fate commitment / negative regulation of pro-B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / mitral valve formation / cell migration involved in endocardial cushion formation / negative regulation of photoreceptor cell differentiation / negative regulation of cell proliferation involved in heart valve morphogenesis / regulation of somitogenesis / endocardium morphogenesis / foregut morphogenesis / regulation of cell adhesion involved in heart morphogenesis / distal tubule development / inhibition of neuroepithelial cell differentiation / MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex / regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / cardiac chamber formation / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / RUNX3 regulates NOTCH signaling / auditory receptor cell fate commitment / positive regulation of aorta morphogenesis / negative regulation of endothelial cell chemotaxis / atrioventricular node development / positive regulation of transcription of Notch receptor target / neuroendocrine cell differentiation / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / cellular response to tumor cell / Notch-HLH transcription pathway / collecting duct development / compartment pattern specification / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / endocardial cushion development / regulation of extracellular matrix assembly / T-helper 17 type immune response / endocardial cell differentiation / chemical synaptic transmission, postsynaptic / epithelial to mesenchymal transition involved in endocardial cushion formation / cardiac ventricle morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / mesenchymal cell development / epidermal cell fate specification / glomerular mesangial cell development / negative regulation of myotube differentiation / coronary vein morphogenesis / cardiac left ventricle morphogenesis / cardiac vascular smooth muscle cell development / left/right axis specification / somatic stem cell division / negative regulation of cell adhesion molecule production / tissue regeneration / negative regulation of catalytic activity / interleukin-17-mediated signaling pathway / regulation of Notch signaling pathway / endocardium development / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / positive regulation of endothelial cell differentiation / positive regulation of cardiac epithelial to mesenchymal transition / cardiac epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of collagen biosynthetic process / pericardium morphogenesis / cardiac atrium morphogenesis / neuron fate commitment / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / negative regulation of calcium ion-dependent exocytosis / glial cell differentiation / cardiac muscle cell myoblast differentiation / neuronal stem cell population maintenance / calcium-ion regulated exocytosis / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / pulmonary valve morphogenesis / heart trabecula morphogenesis / regulation of stem cell proliferation / coronary artery morphogenesis / luteolysis / prostate gland epithelium morphogenesis / negative regulation of biomineral tissue development / endoderm development / negative regulation of myoblast differentiation / negative regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / ventricular trabecula myocardium morphogenesis / tube formation
類似検索 - 分子機能
Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD ...Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch, C-terminal / Domain of unknown function / : / Notch / Notch, NOD domain / Notch, NODP domain / NOTCH protein / NOTCH protein / NOD / NODP / Notch-like domain superfamily / LNR domain / LNR (Lin-12/Notch) repeat profile. / Notch domain / Domain found in Notch and Lin-12 / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / Ankyrin repeat / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurogenic locus notch homolog protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.065 Å
データ登録者Zeronian, M.R. / Janssen, B.J.C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Notch-Jagged signaling complex defined by an interaction mosaic.
著者: Zeronian, M.R. / Klykov, O. / Portell I de Montserrat, J. / Konijnenberg, M.J. / Gaur, A. / Scheltema, R.A. / Janssen, B.J.C.
履歴
登録2020年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurogenic locus notch homolog protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0616
ポリマ－31,4981
非ポリマー5635
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area430 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area11960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.724, 65.724, 161.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-3176-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Neurogenic locus notch homolog protein 1 / Notch 1 / Motch A / mT14 / p300


分子量: 31497.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Notch1, Motch / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q01705
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.0 M sodium chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1.06998 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.065→60.886 Å / Num. obs: 15144 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.065→2.296 Å / 冗長度: 11.8 % / Rmerge(I) obs: 1.431 / Num. unique obs: 757 / CC1/2: 0.77 / Rpim(I) all: 0.43 / Rrim(I) all: 1.496 / % possible all: 64.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0266精密化
MOLREP位相決定
STARANISOデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
autoPROCdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ETO

3eto


解像度: 2.065→60.885 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.208
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2375 795 5.25 %
Rwork0.196 14348 -
all0.198 --
obs-15143 66.922 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 57.792 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.597 Å20 Å20 Å2
2---0.597 Å2-0 Å2
3---1.194 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.065→60.885 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1796 0 31 77 1904
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0121877
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.6432557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3895230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.7424.857105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.26815283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.636156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2234
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.2889
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.21305
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1420.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1290.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.20.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1490.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6233.144926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.724.7061154
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1963.424948
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4615.0581400
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.21844.1482880
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.065-2.1190.19940.306940.30116440.8330.8275.96110.3
2.119-2.1770.363150.2811740.28815750.8670.862120.276
2.177-2.240.31120.2842430.28515410.8660.85316.54770.276
2.24-2.3080.278180.2552880.25715010.8490.88820.38640.246
2.308-2.3840.251370.2645870.26314610.8680.87942.71050.246
2.384-2.4680.306410.2537600.25614200.8430.89456.40850.225
2.468-2.5610.279570.2610950.26113800.8730.8883.47830.236
2.561-2.6650.3590.24712610.2513330.8840.88799.02480.223
2.665-2.7830.287650.2411970.24212620.9030.8971000.209
2.783-2.9190.265670.21111590.21412260.9150.9241000.186
2.919-3.0760.234670.20110960.20311640.9140.93599.91410.178
3.076-3.2620.25630.21210440.21411070.9130.9361000.193
3.262-3.4870.226500.1949970.19510470.9340.9531000.178
3.487-3.7650.191450.1877680.1879820.9480.96282.79020.175
3.765-4.1230.19340.1566870.1589130.9590.9778.97040.153
4.123-4.6070.213530.1617740.1648270.9560.9661000.161
4.607-5.3140.248290.1757160.1787450.9460.9591000.181
5.314-6.4970.238370.1926060.1956430.9290.9531000.199
6.497-9.1360.262260.1734940.1775210.9460.9699.80810.193
9.136-60.8850.225160.2013070.2033290.9510.95998.17630.238
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.9 Å / Origin y: 17.619 Å / Origin z: -21.405 Å
111213212223313233
T0.3832 Å2-0.0061 Å20.0541 Å2-0.0562 Å2-0.0428 Å2--0.0636 Å2
L2.7443 °20.9533 °2-1.3979 °2-2.6715 °2-1.3213 °2--2.3221 °2
S-0.1845 Å °0.239 Å °-0.3285 Å °-0.7653 Å °0.1718 Å °-0.1435 Å °0.3315 Å °-0.0202 Å °0.0127 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelectionAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1ALLAAA1448 - 1717
2X-RAY DIFFRACTION1ALLAaA3001
3X-RAY DIFFRACTION1ALLAbA3002
4X-RAY DIFFRACTION1ALLAcA3003
5X-RAY DIFFRACTION1ALLAdA3004

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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