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- PDB-6xqw: Crystal Structure of MaliM03 Fab in complex with Pfmsp1-19 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xqw
タイトルCrystal Structure of MaliM03 Fab in complex with Pfmsp1-19
要素
  • MaliM03 Fab Heavy Chain
  • MaliM03 Fab Light Chain
  • Pfmsp1-19
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fragment binding antigen in complex with protein
機能・相同性
機能・相同性情報


vacuolar membrane / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Merozoite surface 1, C-terminal / Merozoite surface protein, EGF domain 1 / Merozoite surface protein 1 (MSP1) C-terminus / MSP1 EGF domain 1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Merozoite surface protein 1 / Merozoite surface protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.991 Å
データ登録者Singh, S. / Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01A1118803 米国
引用ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2021
タイトル: Multimeric antibodies from antigen-specific human IgM+ memory B cells restrict Plasmodium parasites.
著者: Thouvenel, C.D. / Fontana, M.F. / Netland, J. / Krishnamurty, A.T. / Takehara, K.K. / Chen, Y. / Singh, S. / Miura, K. / Keitany, G.J. / Lynch, E.M. / Portugal, S. / Miranda, M.C. / King, N.P. ...著者: Thouvenel, C.D. / Fontana, M.F. / Netland, J. / Krishnamurty, A.T. / Takehara, K.K. / Chen, Y. / Singh, S. / Miura, K. / Keitany, G.J. / Lynch, E.M. / Portugal, S. / Miranda, M.C. / King, N.P. / Kollman, J.M. / Crompton, P.D. / Long, C.A. / Pancera, M. / Rawlings, D.J. / Pepper, M.
履歴
登録2020年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: MaliM03 Fab Heavy Chain
L: MaliM03 Fab Light Chain
E: Pfmsp1-19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9673
ポリマ－57,9673
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)119.737, 69.451, 65.834
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.240, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 MaliM03 Fab Heavy Chain


分子量: 23798.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 MaliM03 Fab Light Chain


分子量: 22983.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Pfmsp1-19 / Merozoite surface protein 1


分子量: 11185.328 Da / 分子数: 1 / Fragment: C-terminal fragment of MSP1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: MSP-1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: E5FKY3, UniProt: A0A345FAI3*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20% w/v PEG 8K, 40% v/v PEG 400, 0.5M NaCl and 0.1 M acetate buffer pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→47.016 Å / Num. obs: 10456 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / Num. unique obs: 498 / CC1/2: 0.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OB1

1ob1


解像度: 2.991→47.016 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 35.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3092 511 4.89 %
Rwork0.2516 9942 -
obs0.2545 10453 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 181.82 Å2 / Biso mean: 64.7759 Å2 / Biso min: 23.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.991→47.016 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3629 0 0 0 3629
残基数----507
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6595134
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.4642506
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005666
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.991-3.29170.42961190.3176244899
3.2917-3.76780.37311390.27732441100
3.7678-4.74630.26461250.22512501100
4.7016-4.74630.27211280.23652552100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.8658 Å / Origin y: -19.4836 Å / Origin z: 14.1809 Å
111213212223313233
T0.2697 Å2-0.0268 Å20.1483 Å2-0.2769 Å20.0292 Å2--0.3952 Å2
L2.4199 °2-0.2349 °22.0955 °2-1.0491 °2-0.2236 °2--2.1467 °2
S0.0224 Å °0.4165 Å °0.141 Å °0.0753 Å °-0.0845 Å °-0.0703 Å °-0.0391 Å °0.4084 Å °0.0577 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 214
2X-RAY DIFFRACTION1allL3 - 215
3X-RAY DIFFRACTION1allE5 - 93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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