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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xpg | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vulgatus by Serial Crystallography | ||||||
要素 | Lysophospholipase L1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Sialate O-acetylesterase / alpha-beta fold / Serial Crystallography / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / PSI-Biology / MCSG | ||||||
機能・相同性 | : / SGNH hydrolase-type esterase domain / GDSL-like Lipase/Acylhydrolase family / lysophospholipase activity / SGNH hydrolase superfamily / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding / SGNH/GDSL hydrolase family protein / Sialate O-acetylesterase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides vulgatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Sherrell, D.A. / Owen, R. / Axford, D. / Ebrahim, A. / Johnson, J. / Welk, L. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal Structure of Sialate O-acetylesterase from Bacteroides vulgatus by Serial Crystallography 著者: Kim, Y. / Sherrell, D.A. / Owen, R. / Axford, D. / Ebrahim, A. / Johnson, J. / Welk, L. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xpg.cif.gz | 113.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xpg.ent.gz | 71.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xpg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/6xpg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6njcS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23158.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア) 遺伝子: DW857_02595, DW869_04095, DWX04_04065, DWZ06_04430, DXA04_10705, EAJ12_11850, ERS852457_01148, ERS852509_00617, ERS852556_01195, SAMN04487923_100221 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold 参照: UniProt: A0A174J845, UniProt: A6L7S9*PLUS, 加水分解酵素 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.85 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 4.5 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M acetate, pH 4.5, 2.5 M sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→45.91 Å / Num. obs: 25754 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 97.3 % / Biso Wilson estimate: 15.29 Å2 / CC1/2: 0.982 / Net I/σ(I): 2.22 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.85 % / Mean I/σ(I) obs: 0.45 / Num. unique obs: 1256 / CC1/2: 0.288 / % possible all: 99.3 |
Serial crystallography sample delivery | 解説: Silicon nitride chips / 手法: fixed target |
Serial crystallography sample delivery fixed target | 解説: Silicon nitride chips / Motion control: GeoBrick / SmarAct / Sample dehydration prevention: 6um Mylar / Sample holding: Diamond/Hamburg holder |
Serial crystallography data reduction | Crystal hits: 10846 / Frame hits: 10846 / Frames indexed: 10846 / Frames total: 51200 / Lattices indexed: 10608 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 6NJC 解像度: 1.9→45.9 Å / SU ML: 0.2563 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.3666 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 23.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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