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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xns | ||||||
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タイトル | C3_crown-05 | ||||||
![]() | C3_crown-05 | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / HELICAL BUNDLE REPEAT PROTEIN | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bick, M.J. / Hsia, Y. / Sankaran, B. / Baker, D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Design of multi-scale protein complexes by hierarchical building block fusion. 著者: Yang Hsia / Rubul Mout / William Sheffler / Natasha I Edman / Ivan Vulovic / Young-Jun Park / Rachel L Redler / Matthew J Bick / Asim K Bera / Alexis Courbet / Alex Kang / T J Brunette / Una ...著者: Yang Hsia / Rubul Mout / William Sheffler / Natasha I Edman / Ivan Vulovic / Young-Jun Park / Rachel L Redler / Matthew J Bick / Asim K Bera / Alexis Courbet / Alex Kang / T J Brunette / Una Nattermann / Evelyn Tsai / Ayesha Saleem / Cameron M Chow / Damian Ekiert / Gira Bhabha / David Veesler / David Baker / ![]() 要旨: A systematic and robust approach to generating complex protein nanomaterials would have broad utility. We develop a hierarchical approach to designing multi-component protein assemblies from two ...A systematic and robust approach to generating complex protein nanomaterials would have broad utility. We develop a hierarchical approach to designing multi-component protein assemblies from two classes of modular building blocks: designed helical repeat proteins (DHRs) and helical bundle oligomers (HBs). We first rigidly fuse DHRs to HBs to generate a large library of oligomeric building blocks. We then generate assemblies with cyclic, dihedral, and point group symmetries from these building blocks using architecture guided rigid helical fusion with new software named WORMS. X-ray crystallography and cryo-electron microscopy characterization show that the hierarchical design approach can accurately generate a wide range of assemblies, including a 43 nm diameter icosahedral nanocage. The computational methods and building block sets described here provide a very general route to de novo designed protein nanomaterials. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 872.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 739.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 473 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 60.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 82.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38155.633 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.28 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: JCSG core I condition E11 (0.1M MES pH 5.0, 20% MPD) plus an additional 20% MPD as a cryoprotectant. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid nitrogen vapor stream / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) and multilayer プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.19→48.69 Å / Num. obs: 44776 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.105 / Net I/σ(I): 12.2 / Num. measured all: 396324 / Scaling rejects: 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Computational design model 解像度: 3.19→48.627 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.98 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 315.51 Å2 / Biso mean: 140.2386 Å2 / Biso min: 59.72 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.19→48.627 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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