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- PDB-6xno: Crystal structure of E99A mutant of human CEACAM1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xno
タイトルCrystal structure of E99A mutant of human CEACAM1
要素Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / CEACAM1
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / filamin binding / regulation of blood vessel remodeling ...regulation of endothelial cell differentiation / insulin receptor internalization / negative regulation of cytotoxic T cell degranulation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in invasion / granulocyte colony-stimulating factor signaling pathway / regulation of homophilic cell adhesion / negative regulation of hepatocyte proliferation / regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / filamin binding / regulation of blood vessel remodeling / regulation of sprouting angiogenesis / negative regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of T cell mediated cytotoxicity / regulation of endothelial cell migration / negative regulation of granulocyte differentiation / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / insulin catabolic process / Fibronectin matrix formation / common myeloid progenitor cell proliferation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / negative regulation of interleukin-1 production / negative regulation of fatty acid biosynthetic process / positive regulation of vasculogenesis / negative regulation of platelet aggregation / bile acid transmembrane transporter activity / negative regulation of vascular permeability / regulation of immune system process / wound healing, spreading of cells / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / transport vesicle membrane / bile acid and bile salt transport / microvillus membrane / blood vessel development / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / tertiary granule membrane / lateral plasma membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / specific granule membrane / negative regulation of protein kinase activity / basal plasma membrane / protein tyrosine kinase binding / regulation of cell migration / integrin-mediated signaling pathway / Cell surface interactions at the vascular wall / adherens junction / regulation of cell growth / kinase binding / cellular response to insulin stimulus / cell junction / cell migration / cell-cell junction / actin binding / angiogenesis / protein phosphatase binding / calmodulin binding / protein dimerization activity / cell adhesion / apical plasma membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / Cell adhesion molecule CEACAM1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gandhi, A.K. / Kim, W.M. / Sun, Z.-Y. / Huang, Y.H. / Bonsor, D. / Petsko, G.A. / Kuchroo, V. / Blumberg, R.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Library of Medicine (NIH/NLM) 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structural basis of the dynamic human CEACAM1 monomer-dimer equilibrium.
著者: Gandhi, A.K. / Sun, Z.J. / Kim, W.M. / Huang, Y.H. / Kondo, Y. / Bonsor, D.A. / Sundberg, E.J. / Wagner, G. / Kuchroo, V.K. / Petsko, G.A. / Blumberg, R.S.
履歴
登録2020年7月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
B: Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4756
ポリマ－23,6822
非ポリマー7934
水1,54986
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.820, 106.820, 62.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: タンパク質 Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 / Biliary glycoprotein 1 / BGP-1


分子量: 11841.134 Da / 分子数: 2 / 変異: E99A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEACAM1, BGP, BGP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13688
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.18 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 41% Tascimate with 0.5 % n-Octyl-D-glucoside pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→75.53 Å / Num. obs: 28973 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 393727 / Scaling rejects: 159
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.9413.31.4522452218430.7690.4071.5092.3100
9.11-75.5310.50.04534043230.9780.0160.04832.899

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.1データスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4QXW

4qxw


解像度: 1.9→75.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.929 / SU ML: 0.083 / SU R Cruickshank DPI: 0.1094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2232 1403 4.8 %RANDOM
Rwork0.1894 ---
obs0.191 27541 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 88.91 Å2 / Biso mean: 31.081 Å2 / Biso min: 16.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.09 Å2-0 Å2
3----2.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→75.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1674 0 54 86 1814
Biso mean--55.84 38.15 -
残基数----214
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0191762
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021642
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1521.9682394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02933772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0025212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.51525.58186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.11515266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.226156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02414
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 115 -
Rwork0.276 1968 -
all-2083 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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