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万見
- PDB-6xmn: Solution NMR CXCL8-CXCR1 N-domain complex structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xmn
タイトルSolution NMR CXCL8-CXCR1 N-domain complex structure
要素
  • C-X-C chemokine receptor type 1
  • Interleukin-8
キーワードCYTOKINE / Chemokine / CXCL8 / CXCR1 / CXCL8-CXCR1 N-domain complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of entry of bacterium into host cell / interleukin-8 receptor binding / interleukin-8 receptor activity / interleukin-8 binding / chemokine receptor activity / negative regulation of cell adhesion molecule production / CXCR chemokine receptor binding / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / embryonic digestive tract development ...regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of entry of bacterium into host cell / interleukin-8 receptor binding / interleukin-8 receptor activity / interleukin-8 binding / chemokine receptor activity / negative regulation of cell adhesion molecule production / CXCR chemokine receptor binding / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / embryonic digestive tract development / neutrophil activation / induction of positive chemotaxis / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / chemokine activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Interleukin-10 signaling / cellular response to interleukin-1 / regulation of cell adhesion / neutrophil chemotaxis / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / secretory granule membrane / response to endoplasmic reticulum stress / Peptide ligand-binding receptors / calcium-mediated signaling / response to molecule of bacterial origin / receptor internalization / G protein-coupled receptor activity / cellular response to tumor necrosis factor / chemotaxis / positive regulation of angiogenesis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to lipopolysaccharide / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / angiogenesis / G alpha (i) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / intracellular signal transduction / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / Neutrophil degranulation / positive regulation of gene expression / signal transduction / : / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 1 / CXC chemokine receptor 1/2 / CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily ...CXC chemokine receptor 1 / CXC chemokine receptor 1/2 / CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / : / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-8 / C-X-C chemokine receptor type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sepuru, K.M. / Rajarathnam, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 HL107152 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR CXCL8-CXCR1 N-domain complex structure
著者: Sepuru, K.M. / Rajarathnam, K.
履歴
登録2020年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-8
B: C-X-C chemokine receptor type 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0652
ポリマ－11,0652
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1940 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6980 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-8 / IL-8 / CXCL8 / C-X-C motif chemokine 8 / Chemokine (C-X-C motif) ligand 8 / Emoctakin / Granulocyte ...IL-8 / CXCL8 / C-X-C motif chemokine 8 / Chemokine (C-X-C motif) ligand 8 / Emoctakin / Granulocyte chemotactic protein 1 / GCP-1 / Monocyte-derived neutrophil chemotactic factor / MDNCF / Monocyte-derived neutrophil-activating peptide / MONAP / Neutrophil-activating protein 1 / NAP-1 / Protein 3-10C / T-cell chemotactic factor


分子量: 7714.061 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 28-93 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL8, IL8 / プラスミド: pET32 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P10145
#2: タンパク質・ペプチド C-X-C chemokine receptor type 1 / CXCR-1 / CDw128a / High affinity interleukin-8 receptor A / IL-8R A / IL-8 receptor type 1


分子量: 3350.576 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal residues 1-29 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCR1, CMKAR1, IL8RA / プラスミド: pET32 Xa/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P25024
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic12D 1H-13C HSQC
131isotropic13D CBCA(CO)NH
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D C(CO)NH
161isotropic23D HBHA(CO)NH
171isotropic23D (H)CCH-TOCSY
181isotropic13D 1H-15N NOESY
191isotropic23D 1H-13C NOESY
1101isotropic13D 13C-filter NOESY
1112isotropic12D 1H-15N HSQC
1122isotropic12D 1H-13C HSQC
1132isotropic13D CBCA(CO)NH
1142isotropic13D HN(CA)CB
1152isotropic13D C(CO)NH
1162isotropic23D HBHA(CO)NH
1172isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1182isotropic13D 1H-15N NOESY
1192isotropic23D 1H-13C NOESY
1202isotropic13D 13C-filter NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.4 mM [U-13C; U-15N] CXCL8, 1.2 mM CXCR1, 50 mM sodium phosphate, 0.01 % sodium azide, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2OCXCL8-CXCR1 complex sample Labeled CXCL8 mixed with unlabeled CXCR1 N-domainCXCL8-CXCR1_complex_sample_190% H2O/10% D2O
solution21.2 mM CXCL8, 0.5 mM [U-13C; U-15N] CXCR1, 50 mM sodium phosphate, 0.01 % sodium azide, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2OCXCL8-CXCR1 complex sample Labeled CXCR1 N-domain mixed with unlabeled CXCL8CXCL8-CXCR1_complex_sample_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMCXCL8[U-13C; U-15N]1
1.2 mMCXCR1natural abundance1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.01 %sodium azidenatural abundance1
10 %D2O[U-100% 2H]1
1.2 mMCXCL8natural abundance2
0.5 mMCXCR1[U-13C; U-15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
0.01 %sodium azidenatural abundance2
10 %D2O[U-100% 2H]2
試料状態詳細: CXCL8-CXCR1 complex sample Labeled CXCL8 mixed with unlabeled CXCR1 N-domain
イオン強度: 50 mM / Label: CXCL8-CXCR1_complex_sample_1 / pH: 6 / 圧: 1 bar / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8001TCI cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7502TCI cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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