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- PDB-6xkn: Class III PreQ1 riboswitch mutant A52G -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xkn
タイトルClass III PreQ1 riboswitch mutant A52G
要素Class III PreQ1 riboswitch
キーワードRNA / PREQ1 / QUEUOSINE / THREE-WAY HELICAL JUNCTION / APTAMER / METABOLITE / TRANSLATIONAL REGULATION / HL(OUT)-TYPE PSEUDOKNOT / RIBOSWITCH
機能・相同性7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Faecalibacterium prausnitzii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Srivastava, K.Y. / Jenkins, J.L. / Wedekind, J.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM63162-14 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Two riboswitch classes that share a common ligand-binding fold show major differences in the ability to accommodate mutations.
著者: Srivastava, Y. / Akinyemi, O. / Rohe, T.C. / Pritchett, E.M. / Baker, C.D. / Sharma, A. / Jenkins, J.L. / Mathews, D.H. / Wedekind, J.E.
履歴
登録2020年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年6月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_contact_author / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_refine_tls / pdbx_refine_tls_group / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] ..._atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest / _pdbx_validate_close_contact.dist / _refine.B_iso_max / _refine.B_iso_mean / _refine.B_iso_min / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand / _refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_residues_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_free_error / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.number_reflns_all / _refine_ls_shell.pdbx_total_number_of_bins_used / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _software.classification / _software.name / _software.version
解説: Model orientation/position
詳細: We conducted a structural and functional analysis of the riboswitch and noticed that one of the bases (C83) was modeled in a highly unlikely syn conformation. We chose to correct this ...詳細: We conducted a structural and functional analysis of the riboswitch and noticed that one of the bases (C83) was modeled in a highly unlikely syn conformation. We chose to correct this conformation using the same dataset already deposited in the PDB. We refined the structure with the new anti-conformation and took the opportunity to improve the geometry and clash score.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12024年12月11日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class III PreQ1 riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8342
ポリマ－32,6551
非ポリマー1791
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.137, 80.137, 281.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: RNA鎖 Class III PreQ1 riboswitch


分子量: 32655.254 Da / 分子数: 1 / 変異: A52G / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Faecalibacterium prausnitzii (バクテリア)
#2: 化合物 ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン


分子量: 179.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H9N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.21 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 85% Tacsimate pH 7.0, 10 mM magnesium acetate, 6 mM cobalt haxammine, 1 mM spermine
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.6279 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.6279 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→24.71 Å / Num. obs: 15078 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 8.4 % / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.73→2.83 Å / 冗長度: 8.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1473 / Rpim(I) all: 0.357 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000v708cデータ削減
HKL-2000v708cデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX1.17.1_3660位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4RZD

4rzd


解像度: 2.73→24.71 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 1467 9.98 %
Rwork0.2357 --
obs0.2368 14702 97.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 94.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→24.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2055 13 7 2075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0012306
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4683589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6281159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.022479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00298
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.73-2.830.41221560.43341280X-RAY DIFFRACTION98
2.83-2.940.43241400.41091293X-RAY DIFFRACTION98
2.94-3.070.30391360.33331293X-RAY DIFFRACTION97
3.07-3.230.2851430.27951245X-RAY DIFFRACTION94
3.23-3.440.26571350.28971278X-RAY DIFFRACTION96
3.44-3.70.28891530.26321273X-RAY DIFFRACTION95
3.7-4.070.21721390.21811334X-RAY DIFFRACTION97
4.07-4.660.211430.18951355X-RAY DIFFRACTION99
4.66-5.850.22411550.19541392X-RAY DIFFRACTION99
5.85-24.710.21191670.19651492X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.0632-0.32512.83242.6221-1.17855.82450.19680.01330.3256-0.04070.1359-0.0548-0.44770.2117-0.12661.14980.08850.04590.7270.06040.37233.98531.5316115.0622
21.72860.55243.32821.5089-0.38587.8869-0.1190.00040.4722-0.05590.67830.2759-0.11630.6318-0.26241.06050.14430.06431.0206-0.05240.380533.468631.2465111.5749
39.1029-1.2745-2.3236.3492-4.25725.12750.9377-1.383-0.03770.68071.15021.1883-0.0009-1.3042-1.90691.2643-0.05050.04411.4450.07220.611825.277631.5537140.458
45.21454.68823.32134.5242.54672.66051.06580.5438-1.80592.12350.9973-1.4175-0.4070.1067-2.12082.00940.1325-0.08682.0347-0.04191.024528.504322.6563155.1274
57.29691.66943.68563.0819-2.46495.9184-1.0757-1.26881.14280.77391.52380.72280.2117-1.0884-0.61011.3130.1833-0.02572.0785-0.10590.894427.858927.8882146.6809
63.71731.6189-3.04495.5061-3.46739.15151.231-0.0267-0.51270.7737-0.19510.81380.2958-0.2178-0.62241.42620.1743-0.00671.33510.0390.574821.545533.7719129.2637
72.493-0.8324-0.31848.95331.38211.27210.7172-0.8357-1.0961-0.1212-0.93020.3424-0.27280.05720.41411.29470.2196-0.02891.20340.02330.411516.952734.8619109.8776
81.6943-0.88980.92520.9222-0.58993.0703-0.18760.25840.267-0.9793-0.01440.5408-0.5803-0.64980.13240.97350.1125-0.02310.5804-0.02440.44566.330548.4296109.5258
94.46390.96675.15663.28111.64488.1725-1.0678-0.3690.90930.18350.44490.7709-1.196-0.45690.53141.10970.224-0.09570.7724-0.01610.6223-0.841954.9297101.0562
109.11780.10690.84682.5058-3.116.9588-0.11540.1929-1.29770.90620.41750.18470.21531.12060.09211.14780.3824-0.0590.7615-0.17240.057312.48743.943112.5179
113.0737-0.39050.68247.8651.85967.80030.0864-0.7538-0.19961.93921.1061-0.20240.8309-0.7609-0.95691.33820.27460.19260.84330.31491.25999.947229.11111.7183
128.92520.8659-6.44941.7338-1.13765.70640.83220.27660.82430.2606-0.25190.4725-1.29790.4995-0.47251.18910.0649-0.0141.09380.05760.400734.067435.019499.005
137.8299-3.062.322.7855-0.37810.9345-1.4825-0.6450.58660.71780.42-1.3519-0.05853.32210.86081.108-0.034-0.17011.98950.30931.109161.165621.898493.8485
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 22 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 23 through 30 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 31 through 33 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 39 through 46 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 47 through 51 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 52 through 56 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 57 through 63 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 64 through 72 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 73 through 79 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 80 through 83 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 84 through 94 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 95 through 101 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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