PDB-8vpv: Class III PreQ1 riboswitch mutant delta84

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8vpv

タイトル

Class III PreQ1 riboswitch mutant delta84

要素

RNA (101-MER)

キーワード

RNA / PREQ1 / QUEUOSINE / THREE-WAY HELICAL JUNCTION / APTAMER / METABOLITE / TRANSLATIONAL REGULATION / HL(OUT)-TYPE PSEUDOKNOT / RIBOSWITCH

機能・相同性

7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)

機能・相同性情報

生物種

Faecalibacterium prausnitzii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 3.04 Å

データ登録者

Srivastava, Y. / Jenkins, J.L. / Wedekind, J.E.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2024
タイトル: Two riboswitch classes that share a common ligand-binding fold show major differences in the ability to accommodate mutations.
著者: Srivastava, Y. / Akinyemi, O. / Rohe, T.C. / Pritchett, E.M. / Baker, C.D. / Sharma, A. / Jenkins, J.L. / Mathews, D.H. / Wedekind, J.E.

履歴

登録	2024年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年12月11日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb8vpv.ent.gz	120.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/8vpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vp/8vpv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6xknC 6xkoC 8tozC C: 同じ文献を引用 (文献)
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類似性 (1)
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伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
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アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (101-MER)

ヘテロ分子

32.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.685, 82.685, 282.007
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: RNA鎖	RNA (101-MER) 分子量: 32310.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Faecalibacterium prausnitzii (バクテリア) 参照: GenBank: 2094528044
#2: 化合物	ChemComp-PRF / 7-DEAZA-7-AMINOMETHYL-GUANINE / 2-アミノ-5-(アミノメチル)-7H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-4(3H)-オン分子量: 179.179 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₉N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.42 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 3.5 M Sodium Malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-1 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.04→39.29 Å / Num. obs: 11152 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.1 % / CC_1/2: 0.911 / R_merge(I) obs: 0.113 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.124 / Χ²: 0.98 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 3.04→3.31 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1954 / CC_1/2: 0.991 / R_pim(I) all: 0.327 / Χ²: 1.01 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 3.04→39.29 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 42.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2997	1121	10.07 %
R_work	0.2476	-	-
obs	0.2527	11127	94.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.04→39.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2131	0	1	2132

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	2376
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.333	3699
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.575	1187
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.018	494
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.001	100

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.04-3.18	0.4127	134	0.4432	1185	X-RAY DIFFRACTION	93
3.18-3.35	0.4297	131	0.3841	1179	X-RAY DIFFRACTION	94
3.35-3.56	0.4431	135	0.4039	1181	X-RAY DIFFRACTION	92
3.56-3.83	0.4355	139	0.3591	1214	X-RAY DIFFRACTION	94
3.83-4.22	0.3328	142	0.2951	1258	X-RAY DIFFRACTION	97
4.22-4.83	0.3057	144	0.2647	1298	X-RAY DIFFRACTION	98
4.83-6.07	0.3081	146	0.2623	1307	X-RAY DIFFRACTION	97
6.08-39.29	0.241	150	0.1824	1384	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7857	0.1212	1.8821	3.0321	-3.0485	4.1483	-0.3959	0.786	-0.3235	-1.6032	0.7543	-0.2266	-1.2033	1.4671	1.0304	2.0638	0.3849	-0.1739	1.262	-0.0408	0.8274	38.6947	31.9447	112.7623
2	4.3842	2.5628	-0.5472	4.2084	-3.2955	7.0461	-0.1964	0.9607	0.4948	-0.1449	0.3635	0.5852	-0.7938	0.3294	0.1924	1.3739	0.4547	-0.0247	1.3306	-0.0744	0.7497	37.0323	33.313	111.995
3	1.9124	-0.0155	-0.3649	8.937	-7.0009	5.5867	-0.6543	-0.398	0.6882	1.988	2.577	0.8063	-2.3711	-3.7629	8.1163	2.3147	0.677	-0.0924	2.6986	-0.4342	0.9253	28.8119	33.2027	139.9806
4	3.135	2.8045	-0.3254	4.2847	-3.9885	7.7599	1.1388	0.5783	0.3833	4.1286	0.6123	-1.4793	1.5497	-0.9009	-1.0883	3.1045	0.4315	0.0102	3.8343	0.0323	2.1715	28.6945	27.9799	158.1315
5	3.0206	-2.7979	-0.0861	7.7846	-4.3708	3.81	-1.9414	-1.9172	0.8349	-0.1192	0.3391	-1.6957	0.5408	0.2779	1.341	1.5836	0.446	-0.0291	1.4201	0.1256	1.0509	32.4007	27.0478	143.6616
6	0.045	0.6687	0.203	8.9347	2.6983	0.8171	0.0976	-0.1485	0.1891	3.6902	-1.1724	-0.53	1.0938	-0.7702	0.0627	1.9923	0.5169	-0.1476	2.6987	-0.186	0.8579	24.7077	35.4073	128.0716
7	0.0096	0.0312	-0.0779	0.1056	-0.2695	0.6532	-0.0314	0.3372	-0.1883	-0.2537	0.068	0.1104	0.0733	-0.4497	0.7336	1.6184	0.333	0.4895	2.5196	0.0734	0.563	19.3015	39.3724	106.3297
8	2.9609	-0.0836	0.5783	1.5179	3.0504	6.3167	-0.4974	-0.3608	0.6614	-0.9905	-0.0539	0.0318	-2.029	0.0583	-0.4634	1.4126	0.0377	-0.0807	1.1205	-0.1307	0.4262	7.725	51.8087	109.723
9	0.6745	0.0199	-0.1244	0.2734	-0.3864	2.3815	0.289	0.3054	0.3839	0.2202	0.1453	-0.2306	-1.184	-0.2464	0.4193	2.9282	0.1979	0.136	1.582	-0.1466	0.0188	0.2278	59.2637	101.9735
10	2.5287	-1.1896	-1.0241	2.0731	1.4307	4.068	-0.3692	0.192	-0.4105	0.068	0.6426	-0.1149	0.4282	0.2038	2.1562	1.9807	0.4468	0.2585	1.8938	-0.2658	-0.1598	14.6551	47.4	111.6901
11	4.6901	6.7113	-3.2322	9.6159	-4.9636	9.4305	-2.9573	-2.3882	-1.1743	-1.907	2.811	1.5808	1.9896	-1.0819	-0.0175	2.6436	0.0073	-0.7299	2.0414	0.7168	1.6586	14.0779	31.9943	109.7817
12	7.5499	-0.3296	-2.4696	6.4037	2.7876	2.8139	-0.2561	-0.4143	1.6153	-1.6038	0.7564	0.2161	-2.6085	-0.0852	-0.4827	2.0913	0.3643	0.199	1.7161	0.1027	0.8696	42.139	38.1613	97.1426
13	0.4139	-0.1782	-0.9629	3.1513	-2.2196	4.1294	-0.7664	0.4161	-0.3957	-1.4055	-0.8129	-0.9547	1.6326	2.5422	-0.1502	2.4208	-0.5314	0.424	3.3995	0.2681	0.8506	63.7774	25.8668	93.7691

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 10 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 22 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 23 through 30 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 31 through 40 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 41 through 46 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 47 through 51 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 52 through 56 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 57 through 63 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 64 through 72 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 73 through 79 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 80 through 83 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 85 through 94 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 95 through 101 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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