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- PDB-6xhs: Crystal structure of S. aureus TarI in complex with CTP (space gr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xhs
タイトルCrystal structure of S. aureus TarI in complex with CTP (space group P1211)
要素Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / cytidylyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase / D-ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase activity / poly(ribitol phosphate) teichoic acid biosynthetic process / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / cell wall organization
類似検索 - 分子機能
Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase / : / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase, conserved site / Cytidylyltransferase IspD/TarI / 2-C-methyl-D-erythritol 4-phosphate cytidylyltransferase / 4-diphosphocytidyl-2C-methyl-D-erythritol synthase signature. / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / THIOCYANATE ION / Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li, F.K.K. / Strynadka, N.C.J.
資金援助 カナダ, 3件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2021
タイトル: Crystallographic analysis of TarI and TarJ, a cytidylyltransferase and reductase pair for CDP-ribitol synthesis in Staphylococcus aureus wall teichoic acid biogenesis.
著者: Li, F.K.K. / Gale, R.T. / Petrotchenko, E.V. / Borchers, C.H. / Brown, E.D. / Strynadka, N.C.J.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
B: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
C: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
D: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
E: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
F: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,90011
ポリマ－174,7936
非ポリマー1,1075
水18010
1
A: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
B: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7483
ポリマ－58,2642
非ポリマー4831
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
2
C: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
D: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3233
ポリマ－58,2642
非ポリマー581
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3720 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area20130 Å2
手法PISA
3
E: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
F: Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8305
ポリマ－58,2642
非ポリマー5663
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4590 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area19400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.357, 138.521, 109.564
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 20...
21(chain B and (resid 1 or (resid 2 and (name...
31(chain C and (resid 1 through 11 or (resid 20...
41(chain D and (resid 1 or (resid 2 and (name...
51(chain E and (resid 1 through 11 or (resid 20...
61(chain F and (resid 1 through 11 or (resid 20...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETILEILE(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 20...AA1 - 111 - 11
12LEULEULEULEU(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 20...AA2020
13METMETGLYGLY(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 20...AA1 - 2341 - 234
14METMETGLYGLY(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 20...AA1 - 2341 - 234
15METMETGLYGLY(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 20...AA1 - 2341 - 234
16METMETGLYGLY(chain A and (resid 1 through 11 or (resid 20...AA1 - 2341 - 234
21METMETMETMET(chain B and (resid 1 or (resid 2 and (name...BB11
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 1 or (resid 2 and (name...BB22
23METMETILEILE(chain B and (resid 1 or (resid 2 and (name...BB1 - 2351 - 235
24METMETILEILE(chain B and (resid 1 or (resid 2 and (name...BB1 - 2351 - 235
25METMETILEILE(chain B and (resid 1 or (resid 2 and (name...BB1 - 2351 - 235
26METMETILEILE(chain B and (resid 1 or (resid 2 and (name...BB1 - 2351 - 235
31METMETILEILE(chain C and (resid 1 through 11 or (resid 20...CC1 - 111 - 11
32LEULEULEULEU(chain C and (resid 1 through 11 or (resid 20...CC2020
33METMETALAALA(chain C and (resid 1 through 11 or (resid 20...CC1 - 2361 - 236
34METMETALAALA(chain C and (resid 1 through 11 or (resid 20...CC1 - 2361 - 236
35METMETALAALA(chain C and (resid 1 through 11 or (resid 20...CC1 - 2361 - 236
41METMETMETMET(chain D and (resid 1 or (resid 2 and (name...DD11
42LYSLYSLYSLYS(chain D and (resid 1 or (resid 2 and (name...DD22
43METMETILEILE(chain D and (resid 1 or (resid 2 and (name...DD1 - 2351 - 235
44METMETILEILE(chain D and (resid 1 or (resid 2 and (name...DD1 - 2351 - 235
45METMETILEILE(chain D and (resid 1 or (resid 2 and (name...DD1 - 2351 - 235
46METMETILEILE(chain D and (resid 1 or (resid 2 and (name...DD1 - 2351 - 235
51METMETILEILE(chain E and (resid 1 through 11 or (resid 20...EE1 - 111 - 11
52LEULEULEULEU(chain E and (resid 1 through 11 or (resid 20...EE2020
53METMETARGARG(chain E and (resid 1 through 11 or (resid 20...EE1 - 2321 - 232
61METMETILEILE(chain F and (resid 1 through 11 or (resid 20...FF1 - 111 - 11
62LEULEULEULEU(chain F and (resid 1 through 11 or (resid 20...FF2020
63METMETILEILE(chain F and (resid 1 through 11 or (resid 20...FF1 - 2351 - 235

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要素

#1: タンパク質
Ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase 1


分子量: 29132.209 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: tarI, SAOUHSC_00225 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q2G1C0, D-ribitol-5-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.25 M sodium thiocyanate, 22.5% PEG3350, 20 mM CTP, 20 mM magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月10日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.044 Å / Num. obs: 32332 / % possible obs: 99.65 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.1079 / Net I/σ(I): 6.08
反射 シェル解像度: 2.9→3.004 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / Num. unique obs: 3173 / CC1/2: 0.539 / Rpim(I) all: 0.5925 / % possible all: 99.81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4JIS

4jis


解像度: 2.9→49.044 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 1617 5 %
Rwork0.2099 30694 -
obs0.2132 32311 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 160.21 Å2 / Biso mean: 60.94 Å2 / Biso min: 12.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→49.044 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10463 0 94 10 10567
Biso mean--61.66 27.58 -
残基数----1394
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3906X-RAY DIFFRACTION6.085TORSIONAL
12B3906X-RAY DIFFRACTION6.085TORSIONAL
13C3906X-RAY DIFFRACTION6.085TORSIONAL
14D3906X-RAY DIFFRACTION6.085TORSIONAL
15E3906X-RAY DIFFRACTION6.085TORSIONAL
16F3906X-RAY DIFFRACTION6.085TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9-2.98540.39631320.32572505100
2.9854-3.08170.35921360.31322570100
3.0817-3.19180.37781330.29792529100
3.1918-3.31960.3251350.27312575100
3.3196-3.47060.30221340.25572543100
3.4706-3.65360.30011350.23112565100
3.6536-3.88240.29141340.21282547100
3.8824-4.1820.22871360.18342571100
4.182-4.60260.23491340.159254599
4.6026-5.26790.20951340.15962555100
5.2679-6.63440.26271360.21282577100
6.6344-49.0440.2181380.173261299
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8441-2.12891.54583.2349-2.47868.778-0.3679-0.26560.54440.20880.1592-0.3871-0.06060.22720.16030.3041-0.00220.03370.2558-0.03140.45996.7913-0.285535.002
23.1433-0.6520.68152.7702-0.35153.6834-0.12120.04380.2611-0.0088-0.0189-0.0749-0.61470.08610.14970.3286-0.1148-0.00130.2834-0.01130.28532.62086.800827.5774
37.3859-4.3157-3.21493.9049-0.58536.19610.29320.8438-0.148-1.013-0.50320.1749-0.48491.23790.30530.7341-0.09150.01030.530.00460.31782.1764-2.287312.2275
40.7429-0.521-0.26655.82-1.77420.4136-0.1391-0.2932-0.3252-0.32970.1080.2579-0.07870.1244-0.00170.39780.00760.0040.3690.03610.3553-2.544-15.956624.1595
52.05182.4754-1.00029.4282.39822.4613-0.1086-0.55540.34860.6523-0.48540.99681.2444-0.50430.43770.4625-0.0759-0.03990.62150.09790.6648-13.7858-8.142630.6988
66.8383-0.86792.97754.16050.87731.953-0.20870.0747-0.268-0.26810.2476-0.1974-0.10760.1568-0.04160.4468-0.04650.03860.3230.10270.29156.1027-9.820924.8843
77.27571.1476-2.41668.4662-0.79234.24320.0389-0.3130.2888-0.3807-0.2512-0.8808-0.10080.56430.28260.22520.12860.11020.56920.01570.480524.2735-35.459930.3514
81.67361.1516-0.36164.22431.07472.2458-0.19921.0428-0.47580.07790.6394-1.0898-0.5588-0.223-0.44450.32110.08870.08340.7149-0.02150.876729.3461-40.289225.2054
90.9198-0.4621-0.5695.6583.03654.5673-0.0621-0.1549-0.08410.1623-0.0168-0.25310.4409-0.03490.07320.2711-0.01660.05920.3220.05730.360914.0765-40.542633.5987
102.9317-3.45333.54654.3393-5.5287.6468-0.26290.12090.2769-0.1972-0.0626-0.1337-0.46910.12780.33590.4063-0.0299-0.01950.35450.01370.40250.5965-22.06726.9364
112.4749-0.81232.02198.96263.23666.178-0.11960.7001-0.41880.13730.1241.6266-0.74960.01620.09050.4308-0.02390.18410.4386-0.01220.46126.0944-45.036229.833
128.12310.6879-5.99020.0885-0.84017.20470.00920.81060.8706-0.50380.04410.5758-0.3838-1.0306-0.18510.88190.0976-0.01810.44640.0920.3641.3164-39.37321.7855
135.03790.4289-1.06613.6524-2.46423.54660.07790.18230.98150.108-0.0839-0.16990.7176-0.04380.00270.05140.0641-0.02180.30950.02810.479714.8358-23.990831.4103
144.89821.3014-3.01565.5821.14947.2862-0.3542-0.2789-0.33420.30190.1808-0.41720.31710.38880.15730.3840.1186-0.01470.3017-0.04210.307810.5466-40.57962.3567
155.9121-1.0438-1.71165.71750.63386.6587-0.4833-0.0912-0.30130.77210.5254-0.20880.15-0.059-0.10440.44670.05320.01370.21150.010.26247.0211-48.378559.4597
160.8087-0.5309-0.7193.4221.69370.83560.0329-0.5312-0.17021.5020.20150.11480.3432-0.096-0.11770.70170.050.07460.45210.17230.41292.0617-40.230173.4074
173.1582-1.10041.89220.56690.50257.1542-0.5996-0.07420.50910.0246-0.1148-0.1316-0.37770.65120.55670.48380.03360.020.34120.05730.4767-2.6755-21.339966.018
185.896-0.4554-2.06668.3572-0.64596.0313-1.62290.1290.7016-0.06360.04210.61070.1338-0.69261.68320.73540.0469-0.30080.3277-0.10311.0111-7.648-13.619261.5488
196.91711.441.12917.99310.94774.55720.6269-0.1267-0.35991.19120.17620.91520.4226-0.3849-0.67830.34910.04410.13290.39410.19590.5814-5.5761-37.798968.0964
202.43321.3862.06055.5648-2.90655.90320.34392.09810.57860.14550.14440.3819-1.05990.2371-0.55150.5267-0.14910.00580.90870.04760.7265-12.0075-35.774860.1304
216.6985-0.33380.00474.8157-0.79243.713-0.3737-0.2970.50460.32590.42790.0472-0.6491-0.243-0.14390.57960.00810.01440.20930.02060.30991.5688-29.608269.8493
227.0006-2.2653-0.36444.858-5.40138.9906-0.9463-0.9110.832-1.0623-0.8282-1.29040.5711.69521.18170.47-0.02070.18780.5815-0.01220.779718.6988-25.428964.7548
234.0615-1.09721.66225.36810.0037.06690.107-0.00950.1286-0.0217-0.1498-0.3792-0.42460.32850.05180.4881-0.04840.0290.2989-0.0380.291812.6251-0.293467.3879
244.9837-0.6105-0.52131.5981.31734.4509-0.5854-0.50370.41370.55850.4061-0.0125-0.12590.19490.1770.8574-0.00470.03720.3582-0.0810.384915.15667.344271.4182
253.6255-1.51541.8985.2211-1.2824.4332-0.1167-0.13420.29630.4150.1369-0.1858-0.2461-0.65640.03130.7259-0.00610.05780.3553-0.00270.33273.80493.292958.7471
262.30122.7-3.72095.8506-5.2665.9196-0.1062-0.19080.03840.62510.01650.11880.04690.0890.09770.51830.00990.01780.3320.03370.4373-3.692-19.210563.2424
274.03772.2096-1.4825.9547-2.44022.0703-0.1515-0.19240.38290.84510.88351.1994-0.6519-1.2343-0.75710.70.14360.03920.65550.14840.6572-8.08951.590963.8438
284.42020.49792.28382.2638-1.91566.56930.091-0.4302-0.73470.28130.2640.20330.2748-0.3372-0.1890.54380.02270.01560.24250.06820.36092.9535-9.872658.7084
296.52831.8641-2.60335.6674-5.67586.4555-1.53490.5438-0.56020.11130.3052-1.27-0.3478-0.52631.20210.9313-0.04560.12730.3469-0.13510.662919.189-16.163365.9272
307.6673-1.93053.50594.42611.23612.6232-1.1676-0.0923-0.90370.53770.7384-0.5318-0.6918-0.86090.33810.4889-0.0430.09670.4971-0.12640.349517.7142-6.208108.5997
317.3711-2.67122.28249.2297-2.89079.6986-0.56380.2107-0.4050.95310.4662-0.6996-0.18970.56870.12060.49860.0737-0.12250.4373-0.13460.564524.6831-10.3953102.5851
324.5121-2.10921.06324.4626-2.11722.0812-0.23210.2554-0.05120.23850.1205-0.8782-1.29641.280.27730.6289-0.1922-0.04890.5080.00070.575325.0241-0.0684103.6211
334.8681-2.1475-0.74463.8828-1.13883.57150.2836-0.51260.2434-0.2666-0.64680.0626-0.95460.87330.28290.6127-0.1568-0.19220.62250.01730.475624.29342.0162103.1327
343.3384.0596-0.89855.913-0.72474.52730.2041-0.60440.95131.28450.08820.208-2.3197-0.6124-0.21081.02410.0682-0.24930.48060.00160.61312.57457.2597104.7715
355.65091.07331.85919.3468-2.0778.9294-0.82050.03460.70091.06920.5933-0.3157-1.5204-0.83040.22460.4469-0.0034-0.08680.5047-0.01880.311714.025-0.377896.4938
364.03751.628-3.79285.863-0.11238.10880.06710.16130.3989-1.62920.40110.3070.33080.1915-0.39360.6937-0.1273-0.11510.520.06360.450810.3292-3.498787.3821
373.99354.6249-3.65627.9003-4.50213.26380.1755-0.63160.38751.89020.03090.6605-0.90210.2989-0.34450.43280.00480.03980.5280.13790.4722-0.4529-15.60799.718
386.68820.57311.0110.33361.07354.24890.81671.38940.74211.31180.92951.78530.6304-0.7824-1.00861.00910.04740.20360.32920.42770.8675-3.8761-17.3289101.2656
397.9737-0.62531.3834.1162-4.10864.17480.43310.4070.55681.00130.34780.6784-1.3755-0.3043-0.17270.60770.0356-0.0690.62040.14060.60524.53466.094198.7065
408.3603-0.2967-4.50216.70751.71582.923-0.1998-3.58140.10291.70720.2170.41010.34010.4023-0.0251.32710.209-0.01331.83920.12120.7335-1.2240.7782108.4013
415.06151.74513.44683.8781-1.42748.1747-0.00880.13650.4999-0.17320.30451.5742-0.8332-0.8638-0.140.53460.1079-0.01120.61160.27340.6699-1.001-2.199595.6952
429.3775-5.50964.51445.6222-2.72359.59470.2904-0.1175-1.72750.6723-0.1125-0.177-0.17140.5663-0.21290.535-0.1007-0.11650.40180.09360.769616.3491-19.7646102.2698
433.9389-1.10970.02882.8050.37713.2862-0.1780.01880.05170.23190.131-0.3714-0.1834-0.12820.0640.6861-0.0043-0.03520.37240.01340.45462.2959-43.333197.3219
449.19452.66011.84446.07660.16871.543-0.20040.1072-0.3517-0.3350.17140.2570.3627-0.11050.08360.9728-0.0430.09440.4641-0.02330.4078-5.8751-44.5433102.5139
452.11081.14431.84333.6704-1.35522.70580.35520.155-0.09761.1312-0.33160.1599-0.2320.38980.06050.91160.05890.19090.50530.00720.4202-3.0645-22.9743107.0436
465.60532.03320.17076.5351.15364.01260.2598-0.3122-0.16670.50840.13890.447-0.2202-0.4238-0.33920.57680.04840.05690.40890.15030.4066-3.8596-31.4317103.7992
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 31 )A1 - 31
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 118 )A32 - 118
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 119 through 132 )A119 - 132
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 133 through 182 )A133 - 182
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 183 through 195 )A183 - 195
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 196 through 234 )A196 - 234
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 54 )B1 - 54
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 55 through 83 )B55 - 83
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 84 through 132 )B84 - 132
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 133 through 169 )B133 - 169
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 170 through 182 )B170 - 182
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 183 through 201 )B183 - 201
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 202 through 235 )B202 - 235
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 1 through 54 )C1 - 54
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 55 through 98 )C55 - 98
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 99 through 132 )C99 - 132
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 133 through 150 )C133 - 150
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 151 through 163 )C151 - 163
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 164 through 182 )C164 - 182
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 183 through 201 )C183 - 201
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 202 through 220 )C202 - 220
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 221 through 236 )C221 - 236
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 1 through 54 )D1 - 54
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 55 through 83 )D55 - 83
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 84 through 132 )D84 - 132
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 133 through 169 )D133 - 169
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 170 through 201 )D170 - 201
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 202 through 220 )D202 - 220
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 221 through 235 )D221 - 235
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 1 through 21 )E1 - 21
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 22 through 41 )E22 - 41
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 42 through 67 )E42 - 67
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 68 through 83 )E68 - 83
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 84 through 98 )E84 - 98
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 99 through 118 )E99 - 118
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 119 through 132 )E119 - 132
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 133 through 150 )E133 - 150
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 151 through 169 )E151 - 169
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'E' and (resid 170 through 182 )E170 - 182
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'E' and (resid 183 through 195 )E183 - 195
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'E' and (resid 196 through 210 )E196 - 210
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'E' and (resid 211 through 232 )E211 - 232
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 1 through 67 )F1 - 67
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'F' and (resid 68 through 118 )F68 - 118
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'F' and (resid 119 through 169 )F119 - 169
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'F' and (resid 170 through 235 )F170 - 235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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