PDB-5zg4: Crystal Structure of Triosephosphate isomerase SAD deletion mutan...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5zg4

タイトル

Crystal Structure of Triosephosphate isomerase SAD deletion mutant from Opisthorchis viverrini

要素

Triosephosphate isomerase

キーワード

ISOMERASE / Tim-barrel / Triosephosphate isomerase

機能・相同性

機能・相同性情報

triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / glycolytic process / gluconeogenesis / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Opisthorchis viverrini (タイ肝吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.746 Å

データ登録者

Son, J. / Kim, S. / Kim, S.E. / Lee, H. / Lee, M.R. / Hwang, K.Y.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural Analysis of an Epitope Candidate of Triosephosphate Isomerase in Opisthorchis viverrini.
著者: Son, J. / Kim, S. / Kim, S.E. / Lee, H. / Lee, M.R. / Hwang, K.Y.

履歴

登録	2018年3月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5zg4.cif.gz	393.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5zg4.ent.gz	320.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5zg4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/5zg4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zg/5zg4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zfxSC 5zg5C 5zgaC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5zga-1 2vom-2 5zga-2 1wyi-d 1su5-d 2vfh-d 3ypi-d 6nxw-2 1mo0-d 3bit-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

C: Triosephosphate isomerase

D: Triosephosphate isomerase

119 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Triosephosphate isomerase

B: Triosephosphate isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
59.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Triosephosphate isomerase

D: Triosephosphate isomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.742, 91.924, 75.775
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.130, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))
2	1	(chain B and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))
3	1	(chain C and (resid 5 through 152 or resid 160 through 249))
4	1	(chain D and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain A and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))	A	A	5 - 152	25 - 172
1	2	HIS	HIS	ALA	ALA	(chain A and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))	A	A	160 - 170	180 - 190
1	3	LYS	LYS	ALA	ALA	(chain A and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))	A	A	175 - 249	195 - 269
2	1	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain B and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))	B	B	5 - 152	25 - 172
2	2	HIS	HIS	ALA	ALA	(chain B and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))	B	B	160 - 170	180 - 190
2	3	LYS	LYS	ALA	ALA	(chain B and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))	B	B	175 - 249	195 - 269
3	1	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain C and (resid 5 through 152 or resid 160 through 249))	C	C	5 - 152	25 - 172
3	2	HIS	HIS	ALA	ALA	(chain C and (resid 5 through 152 or resid 160 through 249))	C	C	160 - 249	180 - 269
4	1	ARG	ARG	ARG	ARG	(chain D and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))	D	D	5 - 152	25 - 172
4	2	HIS	HIS	ALA	ALA	(chain D and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))	D	D	160 - 170	180 - 190
4	3	LYS	LYS	ALA	ALA	(chain D and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))	D	D	175 - 249	195 - 269

#1: タンパク質	Triosephosphate isomerase 分子量: 29735.094 Da / 分子数: 4 / 変異: SAD deletion / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Opisthorchis viverrini (タイ肝吸虫) 遺伝子: T265_10017 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A074Z863, triose-phosphate isomerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	The sequence conflicts may be resulted from the difference of subspecies of the source organism.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.75→45.96 Å / Num. obs: 96733 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 14.51 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 410025 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.75-1.78	4.1	0.495	19219	4711	0.84	0.276	0.568	2.8	97.8
9.56-45.96	3.9	0.023	2429	615	0.999	0.013	0.027	36.8	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.12_2829	精密化
autoXDS		data processing
Aimless		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZFX

5zfx

解像度: 1.746→36.36 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1926	4776	4.94 %
R_work	0.1601	91905	-
obs	0.1616	96681	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 69.18 Å² / B_iso mean: 19.0053 Å² / B_iso min: 5.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.746→36.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7530	0	0	1190	8720
B_iso mean	-	-	-	28.69	-
残基数	-	-	-	-	971

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7675
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.112	10375
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1338
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.001	4655

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4477	X-RAY DIFFRACTION	9.207	TORSIONAL
1	2	B	4477	X-RAY DIFFRACTION	9.207	TORSIONAL
1	3	C	4477	X-RAY DIFFRACTION	9.207	TORSIONAL
1	4	D	4477	X-RAY DIFFRACTION	9.207	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7459-1.7658	0.2716	167	0.2191	2984	3151	97
1.7658-1.7865	0.2835	156	0.2095	3037	3193	100
1.7865-1.8083	0.2277	169	0.2003	3070	3239	100
1.8083-1.8312	0.2565	133	0.188	3090	3223	100
1.8312-1.8553	0.2027	183	0.1851	3018	3201	100
1.8553-1.8807	0.2331	158	0.1815	3030	3188	100
1.8807-1.9076	0.2372	185	0.1754	3045	3230	100
1.9076-1.9361	0.1994	153	0.1739	3068	3221	100
1.9361-1.9663	0.1976	150	0.1665	3055	3205	100
1.9663-1.9985	0.2115	167	0.1647	3079	3246	100
1.9985-2.033	0.2175	141	0.1578	3038	3179	100
2.033-2.07	0.1906	178	0.1587	3047	3225	100
2.07-2.1098	0.188	177	0.1541	3054	3231	100
2.1098-2.1528	0.2076	148	0.1538	3033	3181	100
2.1528-2.1996	0.2116	174	0.1571	3046	3220	100
2.1996-2.2508	0.2119	179	0.1563	3064	3243	100
2.2508-2.3071	0.2203	159	0.158	3076	3235	100
2.3071-2.3695	0.1816	149	0.1604	3054	3203	100
2.3695-2.4392	0.1996	142	0.1623	3081	3223	100
2.4392-2.5179	0.2043	161	0.165	3054	3215	100
2.5179-2.6078	0.1868	142	0.1617	3081	3223	100
2.6078-2.7122	0.183	153	0.1647	3089	3242	100
2.7122-2.8356	0.1862	147	0.1667	3076	3223	100
2.8356-2.985	0.1959	165	0.1688	3055	3220	100
2.985-3.172	0.1857	147	0.1683	3093	3240	100
3.172-3.4167	0.1725	145	0.1539	3076	3221	100
3.4167-3.7602	0.1658	161	0.1466	3088	3249	100
3.7602-4.3036	0.1482	176	0.1354	3068	3244	100
4.3036-5.4192	0.1691	163	0.1364	3115	3278	100
5.4192-36.3682	0.1938	148	0.1596	3141	3289	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0003	-0.0026	-0.0003	0.0027	-0.0033	-0.0008	0.0017	0.0082	0.001	0.0292	0.0287	-0.0362	0.0084	0.035	-0	0.0286	0.0368	-0.0132	0.0083	0.0502	0.0066	-10.8051	-35.2829	10.8737
2	0.0003	-0.0009	-0	0.0017	-0.0009	0.0006	-0.0167	-0.0021	0.0072	0.0052	0.0007	-0.0236	-0.0015	0.0191	-0	0.1152	0.041	0.0036	0.1315	0.0377	0.1088	0.9281	-41.904	6.4783
3	0.0001	-0.0067	-0.0009	0.002	-0.0012	0.0006	-0.0225	-0.0078	-0.0394	0.0075	0.0093	-0.03	0.0331	0.0056	0	0.0263	0.0888	-0.0497	-0.129	0.1475	-0.0722	-8.6186	-43.0703	7.6874
4	-0.0012	-0.0021	0.0006	0.0016	0.0036	0.0026	-0.0256	-0.0152	0.0107	-0.0067	-0.0028	0.0273	0.0229	0.0183	-0	-0.0192	0.1069	-0.0517	-0.1637	0.1042	-0.0383	-15.9957	-38.7224	1.5284
5	0.0106	-0.0076	0.0002	0.0118	-0.0248	0.0219	-0.0014	0.0294	0.0326	0.0357	0.0132	-0.0191	0.0351	-0.0132	0	0.0324	0.0041	0.0018	0.0128	-0.0057	0.025	-20.0752	-27.6515	2.7761
6	0.0006	0.0014	0.0002	0.0012	-0.0004	0.0013	0.007	0.0101	-0.0095	0.0071	0.0045	-0.0018	-0.0079	-0.0201	-0	0.0333	0.0071	-0	0.0333	-0.0015	0.0405	-28.3806	-21.2804	12.0265
7	0.0028	-0.0043	-0.0024	0.0046	0.0007	0.0033	-0.0084	-0.0141	-0.0038	-0.0197	0.0296	0.0081	-0.0054	-0.0192	0	0.0361	0.0019	-0.007	0.0362	-0.006	0.0432	-24.498	-29.7754	11.0999
8	0.0005	0.0032	0.005	0.002	-0.0024	0.0057	0.0049	-0.0148	0.0343	0.0806	0.0673	-0.0281	-0.0061	0.0462	0	0.0804	0.0323	0.0674	0.0799	-0.0188	-0.1365	-22.375	-24.8701	21.4556
9	-0.0002	-0.002	0.0043	0.0041	-0.002	0.0004	0.0041	-0.0219	0.0007	0.0865	0.0796	-0.03	-0.0081	0.0073	0	-0.0046	0.0394	-0.0575	-0.0106	0.0403	-0.0667	-21.0997	-32.4703	19.0514
10	-0.0009	-0.0072	0.0003	-0.0085	-0.0071	0.0002	-0.0151	-0.0183	-0.0028	0.1335	-0.0017	-0.0122	0.0087	0.017	0	-0.1551	0.175	-0.3412	-0.0418	0.2268	-0.4087	-10.2077	-34.8634	21.0321
11	0.001	-0.003	0.0002	0.0038	0.0028	0.002	-0.0087	0.042	-0.0023	-0.0005	0.0154	0.0031	0.0126	0.0509	0	0.043	-0.0058	0.0036	0.0755	0.0025	0.0256	-7.1856	-29.1693	-25.3955
12	0	0.0001	-0.0007	-0.0001	-0.0004	0.0008	-0.0067	-0.0058	-0.005	-0.0139	-0.0079	-0.0028	0.01	0.001	-0	0.1776	-0.0033	0.0424	0.0583	-0.0205	0.0638	-11.5298	-45.2203	-21.6658
13	0.0021	-0.0009	-0.002	0.0004	-0.0007	0.0004	0.0022	0.0374	-0.0233	-0.0104	-0.0004	-0.0113	0.0136	0.0269	-0	0.0162	0.0433	0.1047	0.0514	-0.032	-0.095	-4.927	-37.6502	-21.0211
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24	0.0093	-0.0037	-0.0129	-0.0001	0.0024	0.0181	-0.0013	0.0384	0.0056	0.0209	0.0051	-0.0204	0.0211	-0.016	0	0.024	-0.0019	-0.0075	0.0135	0.0043	0.028	-7.761	12.2976	-57.6163
25	0.005	-0.0057	0.0039	0.0027	-0.0029	0.0069	0.0465	-0.0149	0.0006	-0.0051	0.0212	0.0126	-0.0348	-0.0129	0	0.0444	-0.0041	-0.002	0.0366	-0.0044	0.0399	-11.8083	23.863	-45.0243
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30	-0.0004	0.0003	-0.0005	0.001	0.0011	0.0008	0.003	-0.0022	-0.006	-0.0156	-0.0083	0.0128	0.0123	-0.0043	-0	0.1223	0.0065	-0.0036	0.0435	-0.0197	0.0603	-1.6584	-0.6167	-79.0434
31	-0.0013	-0.0032	-0.002	-0.0027	0.0021	0.0005	0.0112	0.0165	0.0041	-0.03	-0.0116	-0.0449	0.0271	0.0083	-0	-0.1179	0.0997	0.179	-0.0274	-0.1034	-0.1314	5.6606	6.2876	-78.2444
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37	0.0002	0.0021	-0.0004	-0.0006	-0.0019	0.0001	0.0233	-0.0017	0.0025	-0.0144	0.01	0.0057	-0.0175	0.0052	0	0.0341	-0.0745	0.0939	0.0776	0.1791	0.1801	6.8932	33.0793	-87.4816
38	0.003	-0.0044	-0.001	0.0053	0.0033	0.003	0.0247	0.0642	0.0325	-0.0884	-0.0022	0.0205	0.0286	-0.0269	-0	0.0363	-0.0177	0.0405	0.1073	0.0166	0.0194	3.0347	18.723	-88.5978

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 18 )	A	5 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 30 )	A	19 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 55 )	A	31 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 72 )	A	56 - 72
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 73 through 139 )	A	73 - 139
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 140 through 152 )	A	140 - 152
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 153 through 170 )	A	153 - 170
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 171 through 196 )	A	171 - 196
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 197 through 217 )	A	197 - 217
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 218 through 249 )	A	218 - 249
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 2 through 18 )	B	2 - 18
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 19 through 31 )	B	19 - 31
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 32 through 55 )	B	32 - 55
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 56 through 106 )	B	56 - 106
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 107 through 120 )	B	107 - 120
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 121 through 160 )	B	121 - 160
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 161 through 178 )	B	161 - 178
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 179 through 196 )	B	179 - 196
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 197 through 217 )	B	197 - 217
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 218 through 249 )	B	218 - 249
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 5 through 18 )	C	5 - 18
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 19 through 31 )	C	19 - 31
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 32 through 55 )	C	32 - 55
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 56 through 119 )	C	56 - 119
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 120 through 152 )	C	120 - 152
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 153 through 178 )	C	153 - 178
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 179 through 196 )	C	179 - 196
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'C' and (resid 197 through 249 )	C	197 - 249
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 2 through 18 )	D	2 - 18
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 19 through 31 )	D	19 - 31
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 32 through 55 )	D	32 - 55
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 56 through 106 )	D	56 - 106
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 107 through 120 )	D	107 - 120
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 121 through 139 )	D	121 - 139
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 140 through 152 )	D	140 - 152
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 153 through 178 )	D	153 - 178
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'D' and (resid 179 through 196 )	D	179 - 196
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'D' and (resid 197 through 249 )	D	197 - 249

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新型コロナ情報

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