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- PDB-5zg4: Crystal Structure of Triosephosphate isomerase SAD deletion mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5zg4
タイトルCrystal Structure of Triosephosphate isomerase SAD deletion mutant from Opisthorchis viverrini
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Tim-barrel / Triosephosphate isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Opisthorchis viverrini (タイ肝吸虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.746 Å
データ登録者Son, J. / Kim, S. / Kim, S.E. / Lee, H. / Lee, M.R. / Hwang, K.Y.
引用ジャーナル: Sci Rep / : 2018
タイトル: Structural Analysis of an Epitope Candidate of Triosephosphate Isomerase in Opisthorchis viverrini.
著者: Son, J. / Kim, S. / Kim, S.E. / Lee, H. / Lee, M.R. / Hwang, K.Y.
履歴
登録2018年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
C: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,9404
ポリマ-118,9404
非ポリマー00
21,4381190
1
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4702
ポリマ-59,4702
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19550 Å2
手法PISA
2
C: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,4702
ポリマ-59,4702
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.742, 91.924, 75.775
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.130, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))
21(chain B and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))
31(chain C and (resid 5 through 152 or resid 160 through 249))
41(chain D and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGARGARG(chain A and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))AA5 - 15225 - 172
12HISHISALAALA(chain A and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))AA160 - 170180 - 190
13LYSLYSALAALA(chain A and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))AA175 - 249195 - 269
21ARGARGARGARG(chain B and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))BB5 - 15225 - 172
22HISHISALAALA(chain B and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))BB160 - 170180 - 190
23LYSLYSALAALA(chain B and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))BB175 - 249195 - 269
31ARGARGARGARG(chain C and (resid 5 through 152 or resid 160 through 249))CC5 - 15225 - 172
32HISHISALAALA(chain C and (resid 5 through 152 or resid 160 through 249))CC160 - 249180 - 269
41ARGARGARGARG(chain D and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))DD5 - 15225 - 172
42HISHISALAALA(chain D and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))DD160 - 170180 - 190
43LYSLYSALAALA(chain D and (resid 5 through 152 or resid 160 through 170 or resid 175 through 249))DD175 - 249195 - 269

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要素

#1: タンパク質
Triosephosphate isomerase


分子量: 29735.094 Da / 分子数: 4 / 変異: SAD deletion / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Opisthorchis viverrini (タイ肝吸虫)
遺伝子: T265_10017 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A074Z863, triose-phosphate isomerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1190 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
配列の詳細The sequence conflicts may be resulted from the difference of subspecies of the source organism.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→45.96 Å / Num. obs: 96733 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 14.51 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 410025 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.75-1.784.10.4951921947110.840.2760.5682.897.8
9.56-45.963.90.02324296150.9990.0130.02736.898.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
autoXDSdata processing
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZFX
解像度: 1.746→36.36 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1926 4776 4.94 %
Rwork0.1601 91905 -
obs0.1616 96681 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 69.18 Å2 / Biso mean: 19.0053 Å2 / Biso min: 5.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.746→36.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7530 0 0 1190 8720
Biso mean---28.69 -
残基数----971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11210375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641163
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071338
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.0014655
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDRmsタイプ
11A4477X-RAY DIFFRACTION9.207TORSIONAL
12B4477X-RAY DIFFRACTION9.207TORSIONAL
13C4477X-RAY DIFFRACTION9.207TORSIONAL
14D4477X-RAY DIFFRACTION9.207TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7459-1.76580.27161670.21912984315197
1.7658-1.78650.28351560.209530373193100
1.7865-1.80830.22771690.200330703239100
1.8083-1.83120.25651330.18830903223100
1.8312-1.85530.20271830.185130183201100
1.8553-1.88070.23311580.181530303188100
1.8807-1.90760.23721850.175430453230100
1.9076-1.93610.19941530.173930683221100
1.9361-1.96630.19761500.166530553205100
1.9663-1.99850.21151670.164730793246100
1.9985-2.0330.21751410.157830383179100
2.033-2.070.19061780.158730473225100
2.07-2.10980.1881770.154130543231100
2.1098-2.15280.20761480.153830333181100
2.1528-2.19960.21161740.157130463220100
2.1996-2.25080.21191790.156330643243100
2.2508-2.30710.22031590.15830763235100
2.3071-2.36950.18161490.160430543203100
2.3695-2.43920.19961420.162330813223100
2.4392-2.51790.20431610.16530543215100
2.5179-2.60780.18681420.161730813223100
2.6078-2.71220.1831530.164730893242100
2.7122-2.83560.18621470.166730763223100
2.8356-2.9850.19591650.168830553220100
2.985-3.1720.18571470.168330933240100
3.172-3.41670.17251450.153930763221100
3.4167-3.76020.16581610.146630883249100
3.7602-4.30360.14821760.135430683244100
4.3036-5.41920.16911630.136431153278100
5.4192-36.36820.19381480.15963141328999
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0003-0.0026-0.00030.0027-0.0033-0.00080.00170.00820.0010.02920.0287-0.03620.00840.035-00.02860.0368-0.01320.00830.05020.0066-10.8051-35.282910.8737
20.0003-0.0009-00.0017-0.00090.0006-0.0167-0.00210.00720.00520.0007-0.0236-0.00150.0191-00.11520.0410.00360.13150.03770.10880.9281-41.9046.4783
30.0001-0.0067-0.00090.002-0.00120.0006-0.0225-0.0078-0.03940.00750.0093-0.030.03310.005600.02630.0888-0.0497-0.1290.1475-0.0722-8.6186-43.07037.6874
4-0.0012-0.00210.00060.00160.00360.0026-0.0256-0.01520.0107-0.0067-0.00280.02730.02290.0183-0-0.01920.1069-0.0517-0.16370.1042-0.0383-15.9957-38.72241.5284
50.0106-0.00760.00020.0118-0.02480.0219-0.00140.02940.03260.03570.0132-0.01910.0351-0.013200.03240.00410.00180.0128-0.00570.025-20.0752-27.65152.7761
60.00060.00140.00020.0012-0.00040.00130.0070.0101-0.00950.00710.0045-0.0018-0.0079-0.0201-00.03330.0071-00.0333-0.00150.0405-28.3806-21.280412.0265
70.0028-0.0043-0.00240.00460.00070.0033-0.0084-0.0141-0.0038-0.01970.02960.0081-0.0054-0.019200.03610.0019-0.0070.0362-0.0060.0432-24.498-29.775411.0999
80.00050.00320.0050.002-0.00240.00570.0049-0.01480.03430.08060.0673-0.0281-0.00610.046200.08040.03230.06740.0799-0.0188-0.1365-22.375-24.870121.4556
9-0.0002-0.0020.00430.0041-0.0020.00040.0041-0.02190.00070.08650.0796-0.03-0.00810.00730-0.00460.0394-0.0575-0.01060.0403-0.0667-21.0997-32.470319.0514
10-0.0009-0.00720.0003-0.0085-0.00710.0002-0.0151-0.0183-0.00280.1335-0.0017-0.01220.00870.0170-0.15510.175-0.3412-0.04180.2268-0.4087-10.2077-34.863421.0321
110.001-0.0030.00020.00380.00280.002-0.00870.042-0.0023-0.00050.01540.00310.01260.050900.043-0.00580.00360.07550.00250.0256-7.1856-29.1693-25.3955
1200.0001-0.0007-0.0001-0.00040.0008-0.0067-0.0058-0.005-0.0139-0.0079-0.00280.010.001-00.1776-0.00330.04240.0583-0.02050.0638-11.5298-45.2203-21.6658
130.0021-0.0009-0.0020.0004-0.00070.00040.00220.0374-0.0233-0.0104-0.0004-0.01130.01360.0269-00.01620.04330.10470.0514-0.032-0.095-4.927-37.6502-21.0211
140.00530.0055-0.0046-0.0001-0.00790.00360.0429-0.03160.0233-0.074-0.00340.00730.04510.0698-0-0.36760.24620.2214-0.1204-0.1229-0.0899-5.8552-27.2043-10.8964
150.001300.00020.0009-0.00030.0003-0.02520.00110.01890.001-0.01790.0023-0.00160.0202-00.0348-0.002-0.00190.02590.0020.0417-1.7946-17.5916-9.6083
16-0.00030.0038-0.0040.0064-0.00370.0058-0.04820.00070.0487-0.0005-0.01170.017-0.01920.04910-0.13560.1486-0.0957-0.11710.07950.0443-9.1835-12.2415-20.3897
170.00060.00090.00060.0030.0050.00070.0049-0.00070.0154-0.00460.0266-0.0097-0.00020.0015-00.0418-0.0246-0.00240.06390.04330.0827-16.7447-17.9862-26.0054
180.0015-0-0.00110.0016-0.00140.0030.01130.01060.0113-0.01190.0222-0.0122-0.0171-0.0111-00.0845-0.0754-0.00520.12070.06820.0816-6.3708-11.1087-30.7613
190.0001-0.00310.00140.0062-0.0080.00460.00950.00140.0001-0.04770.01640.023-0.00380.0158-0-0.0689-0.09540.01690.08470.01220.045-5.1789-20.1031-29.6092
20-0.0018-0.0018-0.0005-0.00010.00130.0012-0.00680.00260.031-0.0530.00280.01720.0197-0.0059-00.0622-0.0397-0.04520.14140.005-0.2686-11.0318-29.2622-32.7363
210.0031-0.00480.00170.0008-0.00330.00060.0305-0.00660.00160.01420.0453-0.01530.0093-0.002700.00590.0015-0.01390.05020.01980.0490.00238.5529-46.4203
22-0.0007-0.0008-0.00140.0015-0.00040.00030.01290.00510.00340.00130.0089-0.01230.01180.011800.12230.0231-0.02750.03050.01090.120710.8424-0.2081-50.5467
230.0014-0.0018-0.00040.002-0.00020.0003-0.00820.0071-0.03370.01560.0184-0.00750.01940.0086-00.04630.01940.0001-0.05810.05490.04680.9791.0351-50.1918
240.0093-0.0037-0.0129-0.00010.00240.0181-0.00130.03840.00560.02090.0051-0.02040.0211-0.01600.024-0.0019-0.00750.01350.00430.028-7.76112.2976-57.6163
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260.0026-0.0051-0.00170.0038-0.00240.0047-0.0203-0.0047-0.03180.0264-0.02890.017-0.02090.0073-00.0133-0.0457-0.0368-0.0058-0.0406-0.0046-10.794617.013-44.1168
270.00120.0009-0.00110.00060.00010.00130.0076-0.01260.00790.02030.0167-0.0115-0.0309-0.006600.08470.00890.00380.0928-0.00130.0441-14.749419.2699-35.0393
280.0026-0.00690.00650.0045-0.0030.00970.0237-0.0260.02830.15170.0075-0.020.0345-0.024-00.00880.0118-0.08160.07410.0217-0.0318-3.28129.9535-37.0345
290.0041-0.00080.00580.00160.00230.0046-0.02480.0380.0184-0.0106-0.0122-0.0184-0.01810.031800.0317-0.02020.01540.07270.01250.02024.331715.0738-82.5259
30-0.00040.0003-0.00050.0010.00110.00080.003-0.0022-0.006-0.0156-0.00830.01280.0123-0.0043-00.12230.0065-0.00360.0435-0.01970.0603-1.6584-0.6167-79.0434
31-0.0013-0.0032-0.002-0.00270.00210.00050.01120.01650.0041-0.03-0.0116-0.04490.02710.0083-0-0.11790.09970.179-0.0274-0.1034-0.13145.66066.2876-78.2444
320.00620.0108-0.00350.0086-0.01230.00640.0361-0.00890.0439-0.0139-0.0115-0.00720.03690.0494-00.02490.00180.00630.0301-0.00420.04295.727616.5138-68.0551
330.00170.00120.00060.00080.00030.00040.01110.00170.0130.01370.0140.00440.01190.0328-0-0.0058-0.03520.01340.072-0.02860.107110.531226.0046-66.5693
340.00070.00410.00630.00510.00630.00440.03150.01450.01770.00790.06-0.0016-0.00970.000800.04730.01690.014-0.00780.03690.1391-0.712230.9629-77.9057
350.00040.00170.00010.0012-0.001-0.00020.0173-0.0038-0.00340.0030.011-0.0042-0.00740.006700.0905-0.030.0051-0.00270.03990.27445.855935.6694-76.626
360.00130.0024-0.0036-0.0003-0.00210.0015-0.0170.00260.0088-0.0009-0.0372-0.0115-0.0230.0078-0-0.0714-0.09490.0709-0.02950.0980.0248-1.671626.8911-81.657
370.00020.0021-0.0004-0.0006-0.00190.00010.0233-0.00170.0025-0.01440.010.0057-0.01750.005200.0341-0.07450.09390.07760.17910.18016.893233.0793-87.4816
380.003-0.0044-0.0010.00530.00330.0030.02470.06420.0325-0.0884-0.00220.02050.0286-0.0269-00.0363-0.01770.04050.10730.01660.01943.034718.723-88.5978
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 18 )A5 - 18
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 19 through 30 )A19 - 30
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 55 )A31 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 56 through 72 )A56 - 72
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 73 through 139 )A73 - 139
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 140 through 152 )A140 - 152
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 153 through 170 )A153 - 170
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 171 through 196 )A171 - 196
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 197 through 217 )A197 - 217
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 218 through 249 )A218 - 249
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 2 through 18 )B2 - 18
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 19 through 31 )B19 - 31
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 32 through 55 )B32 - 55
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 56 through 106 )B56 - 106
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 107 through 120 )B107 - 120
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 121 through 160 )B121 - 160
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 161 through 178 )B161 - 178
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 179 through 196 )B179 - 196
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 197 through 217 )B197 - 217
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 218 through 249 )B218 - 249
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 5 through 18 )C5 - 18
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 19 through 31 )C19 - 31
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 32 through 55 )C32 - 55
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 56 through 119 )C56 - 119
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 120 through 152 )C120 - 152
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 153 through 178 )C153 - 178
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 179 through 196 )C179 - 196
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 197 through 249 )C197 - 249
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 2 through 18 )D2 - 18
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 19 through 31 )D19 - 31
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 32 through 55 )D32 - 55
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 56 through 106 )D56 - 106
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 107 through 120 )D107 - 120
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 121 through 139 )D121 - 139
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 140 through 152 )D140 - 152
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 153 through 178 )D153 - 178
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 179 through 196 )D179 - 196
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 197 through 249 )D197 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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