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万見
- PDB-6xfs: Class C beta-lactamase from Escherichia coli in complex with Tazo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6xfs
タイトルClass C beta-lactamase from Escherichia coli in complex with Tazobactam
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / class C beta-lactamase / Tazobactam / structural genomic / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / TAZOBACTAM INTERMEDIATE / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chang, C. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Class C beta-lactamase from Escherichia coli in complex with Tazobactam
著者: Chang, C. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2020年6月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2020年7月15日ID: 6WA7
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,30115
ポリマ－159,4374
非ポリマー1,86411
水1,49583
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2864
ポリマ－39,8591
非ポリマー4263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3744
ポリマ－39,8591
非ポリマー5153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2683
ポリマ－39,8591
非ポリマー4082
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3744
ポリマ－39,8591
非ポリマー5153
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.915, 170.299, 89.947
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.980, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 39859.301 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla(ampc-EC31), blaEC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q104Z6, UniProt: P00811*PLUS, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 94分子

#2: 化合物
ChemComp-TBE / TAZOBACTAM INTERMEDIATE


分子量: 302.307 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N4O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 20% PEG4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 38507 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 43.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Rpim(I) all: 0.077 / Rrim(I) all: 0.178 / Χ2: 0.889 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 185370
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.754.70.94419880.6870.4591.0530.645100
2.75-2.84.70.76218820.7910.3710.850.654100
2.8-2.854.70.74618750.7920.3620.8320.657100
2.85-2.914.80.61319920.8110.2970.6830.692100
2.91-2.974.80.57318920.8310.2780.6390.685100
2.97-3.044.80.53419110.8430.2560.5940.70799.9
3.04-3.124.90.38519230.9150.1830.4280.75399.8
3.12-3.24.80.3719120.9210.1790.4120.79299.8
3.2-3.34.90.31119270.9380.1470.3450.845100
3.3-3.44.80.25219450.9580.120.280.92199.8
3.4-3.524.80.21518940.9590.1030.2390.919100
3.52-3.664.90.18319270.9780.0860.2031.076100
3.66-3.834.90.15819350.9790.0760.1761.07499.9
3.83-4.034.80.13618940.9850.0650.1511.15299.7
4.03-4.294.90.11819560.9850.0560.1311.172100
4.29-4.624.90.10219270.9870.0490.1141.10999.5
4.62-5.084.80.0919240.9910.0430.11.01499.9
5.08-5.814.90.08619320.9920.0410.0960.99199.8
5.81-7.324.80.07719280.9860.0380.0860.81199.8
7.32-504.60.06919430.9910.0340.0771.07398.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SCALEPACKデータスケーリング
SBC-Collectデータ収集
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DPZ

6dpz


解像度: 2.7→46.91 Å / SU ML: 0.3975 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.3112
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2486 1806 4.92 %
Rwork0.188 34868 -
obs0.1911 36674 95.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→46.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11190 0 123 83 11396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001611645
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.476815886
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04131720
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00382030
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.69054249
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7-2.780.30351060.24332100X-RAY DIFFRACTION73.95
2.78-2.860.33741300.25262358X-RAY DIFFRACTION85.09
2.86-2.950.38541260.25322627X-RAY DIFFRACTION91.89
2.95-3.050.32721470.24772641X-RAY DIFFRACTION95.28
3.06-3.180.28911360.23132751X-RAY DIFFRACTION97.21
3.18-3.320.28361330.23042819X-RAY DIFFRACTION99.03
3.32-3.50.27991270.20282798X-RAY DIFFRACTION99.52
3.5-3.720.25071470.18492810X-RAY DIFFRACTION99.9
3.72-40.25961400.17492789X-RAY DIFFRACTION99.09
4-4.410.19391770.15292796X-RAY DIFFRACTION99.43
4.41-5.040.20291420.14632782X-RAY DIFFRACTION98.58
5.04-6.350.24791350.17252824X-RAY DIFFRACTION99.3
6.35-46.910.19641600.16722773X-RAY DIFFRACTION97.15
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.480521348872-0.09379165340790.02161331430690.6850273159610.1790246326150.581036613074-0.0472721997107-0.009952811479830.01401665037670.0358275225188-0.0115574354022-0.0308924682183-0.0182399469859-0.00726918929989-0.3030579990650.06327761301770.003893052871660.02421994604070.0763578728692-0.03441951567510.061795715642614.43409435690.25176058326632.8397396705
20.876380093108-0.03991820737770.05664906896291.298590567090.2059298570430.4160502245590.0512815570804-0.05063559300970.02359064986280.0472615433569-0.109938987299-0.1190534961960.03470313146390.0126944544073-0.001358387702090.153491043663-0.0237469901033-0.02878392270880.1446259247580.004044876849870.132582357175-3.42371436767-5.6281523050173.3092784318
30.691936234624-0.0786523907815-0.1055114577170.929544742861-0.3018533183460.569394078657-0.0286402987036-0.0248436460982-0.04153508132940.0541534182514-0.01999116261340.04363229189570.02169343236320.0230602423255-0.01600528717510.09555673913060.0100777735856-0.03389523017660.1019343722380.03026395765170.06899270190689.05620995583-48.02256384977.7624587394
40.8788855237550.0349157863910.04857717216121.26810982334-0.1910643892820.2969950812540.0920865616588-0.0905672952608-0.04812832145660.00140322311715-0.1051171893970.101550614808-0.007115813674970.00802712473309-0.001481971983140.113877411622-0.02255615864940.03664998095410.1452750187230.009715168795230.10527433506426.8984670386-42.125638935828.3361754461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 32 through 388)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 31 through 388)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 32 through 388)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 31 through 388)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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