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Yorodumi- PDB-6whf: class C beta-lactamase from Escherichia coli in complex with ceph... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6whf | ||||||
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Title | class C beta-lactamase from Escherichia coli in complex with cephalothin | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE/INHIBITOR / class C beta-lactamase / Escherichia coli / cephalothin / structural genomic / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.4 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: class C beta-lactamase from Escherichia coli in complex with Cephalothin Authors: Chang, C. / Maltseva, N. / Endres, M. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6whf.cif.gz | 363.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6whf.ent.gz | 245.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6whf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/6whf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wh/6whf | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6wa7 S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 39658.121 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: class C beta-lactamase / Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: A35218R Gene: bla(ampc-EC31), blaEC, AJ318_17250, AZZ83_002790, D7Y10_20755, D7Y10_27165, D9L99_20655, D9L99_27090, DJ487_18405, DW236_18485, ELT23_15185 Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: Q104Z6, UniProt: P00811*PLUS, beta-lactamase #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.21 Å3/Da / Density % sol: 44.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 20% PEG4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 X 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 19, 2019 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.4→50 Å / Num. obs: 133142 / % possible obs: 97.5 % / Redundancy: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 16.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.325 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 839925 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 6wa7 6wa7 Resolution: 1.4→48.67 Å / SU ML: 0.1206 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 16.9979 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.36 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.4→48.67 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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