PDB-6xf9: Crystal structure of KSHV ORF68

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xf9

タイトル

Crystal structure of KSHV ORF68

要素

Packaging protein UL32

キーワード

VIRAL PROTEIN / viral packaging / viral cleavage

機能・相同性

Herpesvirus major envelope glycoprotein / Herpesvirus putative major envelope glycoprotein / host cell cytoplasm / viral envelope / host cell nucleus / cytoplasm / Packaging protein UL32

機能・相同性情報

生物種

Human herpesvirus 8 type M (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Didychuk, A.L. / Gates, S.N. / Martin, A. / Glaunsinger, B.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: A pentameric protein ring with novel architecture is required for herpesviral packaging.
著者: Allison L Didychuk / Stephanie N Gates / Matthew R Gardner / Lisa M Strong / Andreas Martin / Britt A Glaunsinger /

要旨: Genome packaging in large double-stranded DNA viruses requires a powerful molecular motor to force the viral genome into nascent capsids, which involves essential accessory factors that are poorly ...

履歴

登録	2020年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xf9.cif.gz	922.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xf9.ent.gz	691 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xf9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6xf9_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6xf9_full_validation.pdf.gz	504.8 KB	表示
XML形式データ	6xf9_validation.xml.gz	72.8 KB	表示
CIF形式データ	6xf9_validation.cif.gz	98.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/6xf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xf/6xf9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	22167C 22168C 6xfaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6umx-d 3wfo-d 6lua-d 4qhs-d 10230 6luf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Packaging protein UL32

B: Packaging protein UL32

C: Packaging protein UL32

D: Packaging protein UL32

E: Packaging protein UL32

ヘテロ分子

261 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.987, 224.042, 192.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 15 or (resid 16...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 68 or resid 70...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 30 or (resid 31...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 2 through 30 or (resid 31...
d_5	ens_1	(chain "E" and (resid 2 through 30 or (resid 31...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	PHE	PRO	A	1 - 63
d_1	2	ens_1	GLY	PRO	A	65 - 81
d_1	3	ens_1	CYS	PRO	A	85 - 105
d_1	4	ens_1	GLU	GLU	A	107
d_1	5	ens_1	ALA	TRP	A	109 - 169
d_1	6	ens_1	CYS	CYS	A	173 - 174
d_1	7	ens_1	ILE	THR	A	176 - 179
d_1	8	ens_1	THR	THR	A	181
d_1	9	ens_1	PRO	PRO	A	183 - 188
d_1	10	ens_1	LEU	ALA	A	190 - 191
d_1	11	ens_1	ALA	LEU	A	193 - 221
d_1	12	ens_1	PRO	PRO	A	223 - 269
d_1	13	ens_1	ALA	ARG	A	271 - 350
d_1	14	ens_1	GLN	LYS	A	352 - 355
d_1	15	ens_1	LEU	GLY	A	357 - 394
d_1	16	ens_1	THR	ILE	A	396 - 402
d_1	17	ens_1	GLU	LEU	A	404 - 409
d_1	18	ens_1	ARG	ALA	A	411 - 427
d_2	1	ens_1	PHE	PRO	B	1 - 63
d_2	2	ens_1	GLY	PRO	B	65 - 81
d_2	3	ens_1	CYS	PRO	B	85 - 105
d_2	4	ens_1	GLU	GLU	B	107
d_2	5	ens_1	ALA	ILE	B	109 - 164
d_2	6	ens_1	PHE	TRP	B	166 - 170
d_2	7	ens_1	CYS	CYS	B	172 - 173
d_2	8	ens_1	ILE	THR	B	175 - 178
d_2	9	ens_1	THR	THR	B	180
d_2	10	ens_1	PRO	PRO	B	182 - 187
d_2	11	ens_1	LEU	ALA	B	189 - 190
d_2	12	ens_1	ALA	LEU	B	192 - 220
d_2	13	ens_1	PRO	PRO	B	222 - 268
d_2	14	ens_1	ALA	ARG	B	270 - 349
d_2	15	ens_1	GLN	LYS	B	351 - 354
d_2	16	ens_1	LEU	GLY	B	356 - 393
d_2	17	ens_1	THR	ILE	B	395 - 401
d_2	18	ens_1	GLU	LEU	B	403 - 408
d_2	19	ens_1	ARG	ALA	B	410 - 426
d_3	1	ens_1	PHE	PRO	C	1 - 63
d_3	2	ens_1	GLY	PRO	C	65 - 81
d_3	3	ens_1	CYS	PRO	C	84 - 104
d_3	4	ens_1	GLU	GLU	C	106
d_3	5	ens_1	ALA	ILE	C	108 - 163
d_3	6	ens_1	PHE	TRP	C	165 - 169
d_3	7	ens_1	CYS	CYS	C	172 - 173
d_3	8	ens_1	ILE	THR	C	175 - 178
d_3	9	ens_1	THR	THR	C	180
d_3	10	ens_1	PRO	PRO	C	182 - 187
d_3	11	ens_1	LEU	ALA	C	189 - 190
d_3	12	ens_1	ALA	PRO	C	192 - 267
d_3	13	ens_1	ALA	ARG	C	269 - 348
d_3	14	ens_1	GLN	LYS	C	350 - 353
d_3	15	ens_1	LEU	GLY	C	355 - 392
d_3	16	ens_1	THR	ILE	C	394 - 400
d_3	17	ens_1	GLU	LEU	C	402 - 407
d_3	18	ens_1	ARG	ALA	C	409 - 425
d_4	1	ens_1	PHE	PRO	D	1 - 63
d_4	2	ens_1	GLY	PRO	D	65 - 81
d_4	3	ens_1	CYS	PRO	D	85 - 105
d_4	4	ens_1	GLU	GLU	D	107
d_4	5	ens_1	ALA	ILE	D	109 - 164
d_4	6	ens_1	PHE	TRP	D	166 - 170
d_4	7	ens_1	CYS	CYS	D	174 - 175
d_4	8	ens_1	ILE	THR	D	177 - 180
d_4	9	ens_1	THR	THR	D	182
d_4	10	ens_1	PRO	PRO	D	184 - 189
d_4	11	ens_1	LEU	ALA	D	191 - 192
d_4	12	ens_1	ALA	LEU	D	194 - 222
d_4	13	ens_1	PRO	PRO	D	224 - 270
d_4	14	ens_1	ALA	ARG	D	272 - 351
d_4	15	ens_1	GLN	LYS	D	353 - 356
d_4	16	ens_1	LEU	GLY	D	358 - 395
d_4	17	ens_1	THR	ILE	D	397 - 403
d_4	18	ens_1	GLU	LEU	D	405 - 410
d_4	19	ens_1	ARG	ALA	D	412 - 428
d_5	1	ens_1	PHE	PRO	E	1 - 63
d_5	2	ens_1	GLY	PRO	E	65 - 81
d_5	3	ens_1	CYS	PRO	E	83 - 103
d_5	4	ens_1	GLU	GLU	E	105
d_5	5	ens_1	ALA	ILE	E	107 - 162
d_5	6	ens_1	PHE	TRP	E	164 - 168
d_5	7	ens_1	CYS	CYS	E	171 - 172
d_5	8	ens_1	ILE	THR	E	174 - 177
d_5	9	ens_1	THR	THR	E	179
d_5	10	ens_1	PRO	PRO	E	181 - 186
d_5	11	ens_1	LEU	ALA	E	188 - 189
d_5	12	ens_1	ALA	LEU	E	191 - 219
d_5	13	ens_1	PRO	PRO	E	221 - 267
d_5	14	ens_1	ALA	ARG	E	269 - 348
d_5	15	ens_1	GLN	LYS	E	350 - 353
d_5	16	ens_1	LEU	GLY	E	355 - 392
d_5	17	ens_1	THR	ILE	E	394 - 400
d_5	18	ens_1	GLU	LEU	E	402 - 407
d_5	19	ens_1	ARG	ALA	E	409 - 425

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.319696500035, 0.947421894461, -0.0136345796112), (-0.947249891014, 0.319915840701, 0.0192743052633), (0.0226228168059, 0.00675342611747, 0.99972126085)	-109.840137153, -17.3133169346, 1.54260402811
2	given	(-0.808430505086, 0.588574546283, -0.00448574568269), (-0.588553786628, -0.808268605692, 0.0175014656293), (0.00667522978361, 0.0167888213058, 0.999836775072)	-161.755225666, 82.26642366, -0.277724785901
3	given	(-0.809492156889, -0.587041995264, -0.0102050836258), (0.587097065669, -0.809509535331, -0.00336863342807), (-0.00628358321505, -0.0087182569911, 0.999942252621)	-82.9812489198, 160.966826163, -0.00720836811348
4	given	(0.303583603352, -0.952802231016, -0.0022145757771), (0.952706911936, 0.303584909577, -0.0136287426866), (0.0136578082247, 0.0020276211641, 0.99990467197)	16.7416567304, 110.447460519, 1.1520118631

#1: タンパク質	Packaging protein UL32 分子量: 51967.977 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 type M (ヘルペスウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P88958
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.03 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 310 mM CaCl2, 95 mM HEPES pH 7.5, 26.6% PEG-400, 5% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11589 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.11589 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→49.543 Å / Num. obs: 189934 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 13.3 % / B_iso Wilson estimate: 54.83 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 19.4
反射シェル	解像度: 2.22→2.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 4570 / CC_1/2: 0.565

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.1_3865	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ORF68-polyA

解像度: 2.22→49.54 Å / SU ML: 0.3051 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 37.8445
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2479	3866	2.19 %
R_work	0.2221	173023	-
obs	0.2227	176889	63.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→49.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16342	0	15	3	16360

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0134	16774
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.3799	22826
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0748	2666
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2910
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.857	6072

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.624954067273
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.519494272197
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.600694485085
ens_1	d_5	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.581131574385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.22-2.24	0	0	0.3538	39	X-RAY DIFFRACTION	0.4
2.24-2.27	0.3319	8	0.4162	149	X-RAY DIFFRACTION	1.59
2.27-2.3	0.3678	10	0.3657	284	X-RAY DIFFRACTION	2.95
2.3-2.33	0.3059	8	0.3439	676	X-RAY DIFFRACTION	6.9
2.33-2.37	0.2928	37	0.3591	1361	X-RAY DIFFRACTION	14.02
2.37-2.4	0.4146	39	0.3508	1791	X-RAY DIFFRACTION	18.47
2.4-2.44	0.3276	39	0.3507	2070	X-RAY DIFFRACTION	21.22
2.44-2.48	0.2874	61	0.3528	2278	X-RAY DIFFRACTION	23.54
2.48-2.52	0.3172	67	0.342	2690	X-RAY DIFFRACTION	27.52
2.52-2.57	0.3836	60	0.34	3228	X-RAY DIFFRACTION	32.95
2.57-2.62	0.3267	85	0.3411	3995	X-RAY DIFFRACTION	41.05
2.62-2.67	0.348	104	0.3419	5262	X-RAY DIFFRACTION	53.57
2.67-2.73	0.3104	156	0.3512	6514	X-RAY DIFFRACTION	67.2
2.73-2.79	0.3202	178	0.3315	7691	X-RAY DIFFRACTION	79.36
2.79-2.86	0.3577	202	0.3243	8581	X-RAY DIFFRACTION	87.83
2.86-2.94	0.3732	199	0.315	9396	X-RAY DIFFRACTION	96.41
2.94-3.03	0.3353	219	0.3104	9759	X-RAY DIFFRACTION	100
3.03-3.13	0.2969	224	0.2998	9754	X-RAY DIFFRACTION	100
3.13-3.24	0.348	213	0.2838	9742	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.24-3.37	0.2919	209	0.2501	9785	X-RAY DIFFRACTION	100
3.37-3.52	0.272	213	0.2375	9746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.71	0.2632	216	0.2069	9729	X-RAY DIFFRACTION	99.99
3.71-3.94	0.2073	226	0.1962	9766	X-RAY DIFFRACTION	100
3.94-4.24	0.2025	216	0.1748	9743	X-RAY DIFFRACTION	100
4.24-4.67	0.1987	222	0.1761	9771	X-RAY DIFFRACTION	100
4.67-5.34	0.2094	214	0.1746	9734	X-RAY DIFFRACTION	99.99
5.34-6.73	0.2345	224	0.215	9747	X-RAY DIFFRACTION	100
6.73-49.54	0.2038	217	0.1758	9742	X-RAY DIFFRACTION	99.74

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.46984249296	-1.37006904085	-0.880319346181	1.80781810377	-0.520501178628	1.65577610182	0.0598871050957	0.355696386308	-0.0128216509583	-0.222337607219	0.00492265801946	-0.127600667291	-0.412364631157	0.0547833850447	-0.103732979361	0.62493847902	-0.120147374489	0.0419023445176	0.384100953566	-0.0502768523263	0.206804926226	-49.4314350066	108.239387759	-36.983311225
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22	1.59301265776	0.679742330008	0.103940973487	2.93537986279	-0.480804118958	1.42334007744	0.025346872379	0.0787956294223	-0.0355375527779	0.282434286157	0.123523636065	0.620041935258	-0.102896724561	-0.473196291709	-0.0170168906936	0.323875135174	0.166088409796	0.182439432017	0.541597959531	0.0321403144541	0.470584080593	-104.970014717	80.4794934897	-23.7799432104

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 2 through 52 )	A	A	2 - 52	1 - 51
2	2	chain 'A' and (resid 53 through 88 )	A	A	53 - 88	52 - 85
3	3	chain 'A' and (resid 89 through 141 )	A	A	89 - 141	86 - 138
4	4	chain 'A' and (resid 142 through 199 )	A	A	142 - 199	139 - 181
5	5	chain 'A' and (resid 200 through 285 )	A	A	200 - 285	182 - 245
6	6	chain 'A' and (resid 286 through 379 )	A	A	286 - 379	246 - 339
7	7	chain 'A' and (resid 380 through 434 )	A	A	380 - 434	340 - 394
8	8	chain 'A' and (resid 435 through 467 )	A	A	435 - 467	395 - 427
9	9	chain 'B' and (resid 2 through 70 )	B	B	2 - 70	1 - 65
10	10	chain 'B' and (resid 71 through 467 )	B	B	71 - 467	66 - 426
11	11	chain 'C' and (resid 2 through 36 )	C	C	2 - 36	1 - 35
12	12	chain 'C' and (resid 37 through 69 )	C	C	37 - 69	36 - 64
13	13	chain 'C' and (resid 70 through 141 )	C	C	70 - 141	65 - 137
14	14	chain 'C' and (resid 142 through 199 )	C	C	142 - 199	138 - 180
15	15	chain 'C' and (resid 200 through 296 )	C	C	200 - 296	181 - 254
16	16	chain 'C' and (resid 297 through 379 )	C	C	297 - 379	255 - 337
17	17	chain 'C' and (resid 380 through 434 )	C	C	380 - 434	338 - 392
18	18	chain 'C' and (resid 435 through 467 )	C	C	435 - 467	393 - 425
19	19	chain 'D' and (resid 2 through 164 )	D	D	2 - 164	1 - 161
20	20	chain 'D' and (resid 165 through 467 )	D	D	165 - 467	162 - 428
21	21	chain 'E' and (resid 2 through 224 )	E	E	2 - 224	1 - 204
22	22	chain 'E' and (resid 225 through 467 )	E	E	225 - 467	205 - 425

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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