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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xd2 | ||||||
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タイトル | Porcine pepsin in complex with darunavir | ||||||
![]() | Pepsin A | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / Pepsin / inhibitor / HIV / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() Surfactant metabolism / pepsin A / digestion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Porcine pepsin in complex with darunavir 著者: Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 103.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4pepS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34593.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-017 / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.01 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 3.5 M Ammonium Chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→49.34 Å / Num. obs: 30916 / % possible obs: 99.85 % / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 18.85 Å2 / CC1/2: 0.995 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08851 / Rpim(I) all: 0.02635 / Rrim(I) all: 0.09249 / Net I/σ(I): 35.71 |
反射 シェル | 解像度: 1.901→1.969 Å / Rmerge(I) obs: 0.2532 / Mean I/σ(I) obs: 10.34 / Num. unique obs: 2998 / CC1/2: 0.981 / CC star: 0.995 / Rpim(I) all: 0.07655 / Rrim(I) all: 0.2648 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4PEP 解像度: 1.9→49.34 Å / SU ML: 0.1469 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.7407 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.61 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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