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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xct | ||||||
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タイトル | Porcine pepsin in complex with amprenavir | ||||||
要素 | Pepsin A | ||||||
キーワード | HYDROLASE/INHIBITOR / PEPSIN / INHIBITOR / HIV / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Surfactant metabolism / pepsin A / digestion / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Porcine pepsin in complex with amprenavir 著者: Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6xct.cif.gz | 161.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6xct.ent.gz | 102.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6xct.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6xct_validation.pdf.gz | 761.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6xct_full_validation.pdf.gz | 761.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6xct_validation.xml.gz | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6xct_validation.cif.gz | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/6xct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xc/6xct | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4pepS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34593.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00791, pepsin A |
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#2: 化合物 | ChemComp-478 / { |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.63 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 3.5 M Ammonium Chloride, 0.1 M sodium acetate pH 4.6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→72.02 Å / Num. obs: 26876 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.4 % / Biso Wilson estimate: 17.73 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.06 / Net I/σ(I): 31.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.099 / Mean I/σ(I) obs: 18.8 / Num. unique all: 1807 / Num. unique obs: 2580 / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.11 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PEP 解像度: 1.99→57.27 Å / SU ML: 0.1423 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 16.7985 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→57.27 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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