PDB-6xad: Structure of the formate-bound form of ArrX from Chrysiogenes ars...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6xad

タイトル

Structure of the formate-bound form of ArrX from Chrysiogenes arsenatis

要素

ArrX

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Periplasmic binding protein

機能・相同性

FORMIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Chrysiogenes arsenatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.893 Å

データ登録者

Maher, M.J. / Poddar, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Investigation of the Periplasmic Arsenate-Binding Protein ArrX from Chrysiogenes arsenatis .
著者: Poddar, N. / Badilla, C. / Maghool, S. / Osborne, T.H. / Santini, J.M. / Maher, M.J.

履歴

登録	2020年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6xad.cif.gz	71.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6xad.ent.gz	48.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6xad.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/6xad ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xa/6xad	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x6bSC 6x8wC 6x9gC 6xabC 6xl2C 7l22C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xab-d 7l22-d 5uxv-2 1amf-d 6eu7-1 3cg6-4 6x8w-d 6x9g-d 4i84-2 6x6b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ArrX

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.357, 53.071, 54.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 107.963, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	ArrX 分子量: 34338.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chrysiogenes arsenatis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.15 M magnesium formate dihydrate, 18% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.0781 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0781 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.89→44.1 Å / Num. obs: 20100 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 1.89→1.94 Å / Num. unique obs: 1215 / CC_1/2: 0.514

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6X6B

6x6b

解像度: 1.893→44.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 3.795 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2219	975	4.854 %
R_work	0.1814	19111	-
all	0.183	-	-
obs	-	19111	98.698 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.547 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.65 Å²	0 Å²	0.032 Å²
2-	-	-0.106 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.467 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.893→44.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2019	0	3	115	2137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1969
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.308	1.646	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.237	1.568	4550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.266	5	266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.198	20.569	123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.813	15	353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.568	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	274
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	485
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	422
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	1961
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	948
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.245	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.237	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.366	2.398	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.365	2.399	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.167	3.585	1293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.167	3.59	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.013	2.751	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.011	2.754	1076
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.309	3.998	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.308	3.999	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.867	29.53	2376
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.578	29.363	2352

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.893-1.942	0.301	61	0.277	1337	X-RAY DIFFRACTION	93.5117
1.942-1.995	0.23	81	0.254	1383	X-RAY DIFFRACTION	99.8636
1.995-2.053	0.3	61	0.234	1357	X-RAY DIFFRACTION	99.6486
2.053-2.116	0.245	74	0.224	1281	X-RAY DIFFRACTION	99.5591
2.116-2.185	0.235	77	0.202	1234	X-RAY DIFFRACTION	99.0181
2.185-2.262	0.271	41	0.196	1212	X-RAY DIFFRACTION	97.8142
2.262-2.347	0.236	61	0.187	1173	X-RAY DIFFRACTION	98.1702
2.347-2.443	0.234	58	0.179	1129	X-RAY DIFFRACTION	98.1803
2.443-2.551	0.222	51	0.189	1083	X-RAY DIFFRACTION	98.6087
2.551-2.675	0.303	50	0.187	1036	X-RAY DIFFRACTION	99.633
2.675-2.82	0.218	52	0.173	1010	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.99	0.189	46	0.166	942	X-RAY DIFFRACTION	99.798
2.99-3.196	0.199	50	0.165	890	X-RAY DIFFRACTION	99.8937
3.196-3.451	0.212	56	0.169	807	X-RAY DIFFRACTION	99.424
3.451-3.779	0.234	32	0.15	774	X-RAY DIFFRACTION	99.8761
3.779-4.222	0.149	27	0.146	701	X-RAY DIFFRACTION	98.3784
4.222-4.87	0.16	35	0.142	596	X-RAY DIFFRACTION	98.5938
4.87-5.951	0.224	26	0.178	531	X-RAY DIFFRACTION	99.6422
5.951-8.362	0.254	24	0.211	395	X-RAY DIFFRACTION	98.5882
8.362-44.1	0.231	12	0.187	240	X-RAY DIFFRACTION	96.5517

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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