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- PDB-3cg6: Crystal structure of Gadd45 gamma -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cg6
タイトルCrystal structure of Gadd45 gamma
要素Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma
キーワードCELL CYCLE / alpha/beta
機能・相同性
機能・相同性情報


T-helper 1 cell differentiation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / positive regulation of MAPK cascade / regulation of cell cycle / apoptotic process / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Growth arrest and DNA damage-inducible protein GADD45 / Ribosomal protein L30/S12 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma / Growth arrest and DNA damage-inducible protein GADD45 gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Schrag, J.D. / Jiralerspong, S. / Banville, M. / Jaramillo, M.L. / O'Connor-McCourt, M.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: The crystal structure and dimerization interface of GADD45gamma.
著者: Schrag, J.D. / Jiralerspong, S. / Banville, M. / Jaramillo, M.L. / O'Connor-McCourt, M.D.
履歴
登録2008年3月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma
B: Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6012
ポリマ－31,6012
非ポリマー00
水4,197233
1
A: Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma

B: Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6012
ポリマ－31,6012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
2
A: Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma

A: Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma

B: Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma

B: Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2024
ポリマ－63,2024
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z+1/21
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area6710 Å2
ΔGint-41.2 kcal/mol
Surface area22220 Å2
手法PISA
3
A: Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma

A: Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6012
ポリマ－31,6012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area2550 Å2
ΔGint-8.8 kcal/mol
Surface area12110 Å2
手法PISA
4
B: Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma

B: Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6012
ポリマ－31,6012
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area1980 Å2
ΔGint-11.4 kcal/mol
Surface area12300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.024, 122.468, 105.421
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-160-

HOH

21A-224-

HOH

31B-160-

HOH

41B-202-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: A) / NCSドメイン領域: (Refine code: 6 )

-
要素

#1: タンパク質 Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 gamma


分子量: 15800.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gadd45g / プラスミド: pGEX derivative / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99M58, UniProt: Q9Z111*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM HEPES, 1.9 M NaH2PO4 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.4 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月1日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.4 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35.1 Å / Num. all: 31130 / Num. obs: 30674 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.74 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.73 % / Rmerge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3063 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→35.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 5.959 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27169 1547 5 %RANDOM
Rwork0.2238 ---
obs0.22617 29092 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å20 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2035 0 0 235 2270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222070
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.451.9632817
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5325265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.94925.6797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.17915349
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.31510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21077
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1440.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2130.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.223
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9751.51358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.55422134
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3793788
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5414.5683
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 934 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.595
loose thermal1.6810
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 103 -
Rwork0.353 2174 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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