PDB-7l22: Structure of chloride soak form of ArrX from Chrysiogenes arsenatis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7l22

タイトル

Structure of chloride soak form of ArrX from Chrysiogenes arsenatis

要素

ArrX

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Periplasmic binding protein

生物種

Chrysiogenes arsenatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.925 Å

データ登録者

Maher, M.J. / Poddar, N.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2021
タイトル: Structural and Functional Investigation of the Periplasmic Arsenate-Binding Protein ArrX from Chrysiogenes arsenatis .
著者: Poddar, N. / Badilla, C. / Maghool, S. / Osborne, T.H. / Santini, J.M. / Maher, M.J.

履歴

登録	2020年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7l22.cif.gz	71.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7l22.ent.gz	49.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7l22.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7l22_validation.pdf.gz	872.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7l22_full_validation.pdf.gz	874.1 KB	表示
XML形式データ	7l22_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	7l22_validation.cif.gz	16.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/7l22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/7l22	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6x6bSC 6x8wC 6x9gC 6xabC 6xadC 6xl2C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6x8w-d 6x9g-d 6x6b-d 3daj-d 5lq1-1 6eu7-1 4zjr-3 1ol6-d 6xab-d 5aaf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ArrX

ヘテロ分子

34.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.896, 54.477, 90.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ArrX 分子量: 34338.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chrysiogenes arsenatis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 27% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95372 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→46.72 Å / Num. obs: 20389 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 20
反射シェル	解像度: 1.92→1.97 Å / Num. unique obs: 1173 / CC_1/2: 0.857

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6X6B

6x6b

解像度: 1.925→46.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 4.21 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.141 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	1002	4.926 %
R_work	0.1685	19340	-
all	0.171	-	-
obs	-	20342	98.983 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.424 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.997 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.497 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.925→46.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2023	0	5	98	2126

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.483	1.645	2937
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.326	1.566	4671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.792	5	277
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.82	20.645	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.171	15	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.763	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	281
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2443
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.17	0.2	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	957
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.213	0.2	107
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.136	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.544	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.679	3.856	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.676	3.854	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.603	5.77	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.602	5.774	1316
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.173	4.43	1103
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.171	4.434	1100
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.335	6.442	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.343	6.448	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.371	46.524	2422
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.335	46.307	2400

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.925-1.974	0.278	71	0.267	1223	0.268	1495	0.759	0.743	86.5552	0.231
1.974-2.028	0.289	72	0.246	1384	0.248	1456	0.772	0.766	100	0.213
2.028-2.087	0.234	63	0.228	1336	0.229	1400	0.791	0.83	99.9286	0.202
2.087-2.151	0.213	71	0.192	1313	0.193	1384	0.9	0.9	100	0.166
2.151-2.222	0.217	77	0.183	1247	0.185	1324	0.911	0.921	100	0.161
2.222-2.299	0.245	55	0.18	1252	0.183	1307	0.916	0.924	100	0.159
2.299-2.386	0.197	54	0.168	1193	0.17	1247	0.938	0.941	100	0.148
2.386-2.483	0.247	68	0.154	1129	0.158	1198	0.923	0.955	99.9165	0.136
2.483-2.593	0.207	66	0.154	1097	0.157	1163	0.939	0.958	100	0.136
2.593-2.719	0.189	42	0.17	1068	0.171	1111	0.952	0.953	99.91	0.152
2.719-2.866	0.226	55	0.16	996	0.163	1051	0.942	0.957	100	0.146
2.866-3.039	0.222	51	0.152	964	0.155	1017	0.936	0.963	99.8033	0.141
3.039-3.248	0.17	51	0.166	882	0.166	933	0.953	0.959	100	0.155
3.248-3.507	0.195	40	0.161	860	0.162	900	0.96	0.96	100	0.151
3.507-3.839	0.23	47	0.158	773	0.162	820	0.943	0.961	100	0.152
3.839-4.289	0.211	37	0.147	707	0.15	744	0.955	0.972	100	0.145
4.289-4.945	0.178	24	0.136	652	0.137	676	0.969	0.979	100	0.135
4.945-6.04	0.3	24	0.187	551	0.191	576	0.956	0.967	99.8264	0.186
6.04-8.471	0.196	18	0.189	442	0.19	460	0.96	0.963	100	0.19
8.471-46.72	0.167	16	0.183	271	0.182	289	0.971	0.966	99.308	0.193

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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