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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6xa7 | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Human Scribble PDZ2:Vangl2 complex | |||||||||
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![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / Cell polarity / Scribble | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cell migration involved in kidney development / extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / establishment of planar polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex ...cell migration involved in kidney development / extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / establishment of planar polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation / protein localization to adherens junction / myelin sheath abaxonal region / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / apical protein localization / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / post-anal tail morphogenesis / non-motile cilium assembly / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / PCP/CE pathway / auditory receptor cell stereocilium organization / RND1 GTPase cycle / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of receptor recycling / positive chemotaxis / RHOJ GTPase cycle / heart looping / RHOQ GTPase cycle / receptor clustering / negative regulation of activated T cell proliferation / CDC42 GTPase cycle / immunological synapse / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of mitotic cell cycle / lateral plasma membrane / signaling adaptor activity / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / adherens junction / wound healing / cell-cell adhesion / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / cell migration / presynapse / cell junction / lamellipodium / basolateral plasma membrane / cell population proliferation / membrane => GO:0016020 / postsynaptic density / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / apical plasma membrane / glutamatergic synapse / protein kinase binding / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | How, J.Y. / Kvansakul, M. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of the human Scribble-Vangl2 association in health and disease. 著者: How, J.Y. / Stephens, R.K. / Lim, K.Y.B. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 175.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 115.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 488.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 495.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9772.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 920.000 Da / 分子数: 4 / Fragment: C-terminal residues 514-521 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.1 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Potassium thiocyanate, 20% (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→47.174 Å / Num. obs: 13826 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 30.84 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.425 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 1396 / CC1/2: 0.856 / % possible all: 93.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDZ3-Vangl2 解像度: 2.5→47.17 Å / SU ML: 0.3466 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.1462 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.17 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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