PDB-6x9y: The crystal structure of a Beta-lactamase from Escherichia coli CFT073

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x9y

タイトル

The crystal structure of a Beta-lactamase from Escherichia coli CFT073

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / Beta-lactamase / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O6:H1 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of a Beta-lactamase from Escherichia coli CFT073
著者: Tan, K. / Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2020年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6x9y.cif.gz	356.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6x9y.ent.gz	241.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6x9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/6x9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x9/6x9y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1my8-2 4e3m-2 3gr2-1 3gvb-1 6n9k-2 4kg6-3 5ggw-1 1bls-1 4kz6-1 1kvm-2 2pu2-2 5ggw-2 3fkv-1 1fco-2 3bls-2 6dpy-2 1ke4-2 4okp-2 4kz3-1 4kz3-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
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「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

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#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
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#262 - 2021年10月
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類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

81 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
40.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	128.176, 128.176, 92.761
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	173
Space group name H-M	P6₃
Space group name Hall	P6c
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/2 #3: y,-x+y,z+1/2 #4: -y,x-y,z #5: -x+y,-x,z #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 39859.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli O6:H1 (strain CFT073 / ATCC 700928 / UPEC) (大腸菌) 株: CFT073 / ATCC 700928 / UPEC / 遺伝子: ampC, c5238 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0H2VDE7, UniProt: P00811*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.54 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M Sodium Acetate, 0.1 M HEPES: NaOH, 25 % (w/v) PEG 4000, 0.2 M Lithium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97927 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月13日
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97927 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→47.6 Å / Num. obs: 68159 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 31.5729232094 Å² / CC_1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.084 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.091 / Χ²: 1.086 / Net I/σ(I): 27.58
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.715 / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Num. unique obs: 3396 / CC_1/2: 0.851 / CC star: 0.959 / R_pim(I) all: 0.296 / R_rim(I) all: 0.77 / Χ²: 0.484 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→47.6 Å / SU ML: 0.178693821941 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.1759964247
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.198	3325	4.88 %	random
R_work	0.161	64790	-	-
obs	0.162	68115	99.28 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→47.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5579	0	77	240	5896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0121277172556	5813
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15432786212	7939
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0744872545217	860
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00771668142504	1014
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.8517800304	3404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9235	0.270951297248	137	0.21651246496	2265	X-RAY DIFFRACTION	83.986013986
1.9235-1.9522	0.280797376746	134	0.199492836696	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9522-1.9827	0.232044099822	141	0.183998358349	2689	X-RAY DIFFRACTION	99.8588567396
1.9827-2.0152	0.213546544803	144	0.185734100562	2699	X-RAY DIFFRACTION	99.9297012302
2.0152-2.0499	0.212337121419	136	0.172083073619	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0499-2.0872	0.254910304356	173	0.16823896028	2671	X-RAY DIFFRACTION	99.9648506151
2.0872-2.1274	0.20327125742	118	0.165545455557	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.9648135116
2.1274-2.1708	0.203453122477	134	0.160331214465	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1708-2.218	0.208209094594	126	0.155736493512	2686	X-RAY DIFFRACTION	99.9644507643
2.218-2.2696	0.193175811317	156	0.157059380975	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2696-2.3263	0.221186853472	145	0.159291962821	2732	X-RAY DIFFRACTION	99.9652536484
2.3263-2.3892	0.191267308474	143	0.16514435118	2697	X-RAY DIFFRACTION	99.9296270232
2.3892-2.4595	0.17728999315	127	0.167453498316	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.9647639183
2.4595-2.5389	0.204229116852	131	0.166525977059	2710	X-RAY DIFFRACTION	99.9648135116
2.5389-2.6296	0.230366106249	111	0.17419740099	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6296-2.7349	0.225474386362	152	0.177364389747	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7349-2.8594	0.218802870012	140	0.182535577238	2692	X-RAY DIFFRACTION	99.9294283698
2.8594-3.0101	0.24954340541	120	0.183511225722	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0101-3.1987	0.213346336096	132	0.177131221191	2737	X-RAY DIFFRACTION	99.8955431755
3.1987-3.4456	0.202904273944	152	0.182644745304	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4456-3.7922	0.183877685249	127	0.154533994872	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7922-4.3406	0.174209179528	148	0.140822467539	2733	X-RAY DIFFRACTION	99.9306278182
4.3406-5.4674	0.185099413221	150	0.131749743529	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.9655053467
5.4674-47.6	0.158535288406	148	0.145577934361	2773	X-RAY DIFFRACTION	99.5229982964

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.76834818891	1.21658300459	0.851149631178	3.27974763844	5.07789351725	8.21396378185	-0.272658919052	-0.689814166361	0.376171100366	1.05422655033	0.674151679406	-1.53995063032	-0.130326905808	0.820715866651	-0.372774617213	0.366062821172	0.00102654967143	-0.187778287348	0.575663957256	-0.0416768106126	0.69685384645	16.3753966503	-46.836998216	16.8821594071
2	2.84581649265	-1.37578254166	0.00741410700263	2.32845401893	0.0676227907419	0.609896990364	0.241136234443	0.154359003499	0.275490419287	-0.291014886294	-0.207973210429	-0.50855577055	-0.0419159529041	0.0446578043554	-0.0112640336572	0.277034141577	0.00154857034605	0.0915374642535	0.260999762515	0.0612742340536	0.307578796805	4.60377763494	-44.1947511239	-2.87828516589
3	3.13343028921	-0.26680115518	-0.439582987793	3.69009620617	0.380924780018	3.15860916315	0.187666692861	0.556528146909	-0.602521765242	-0.489523319772	-0.178874824044	0.333504094358	0.206112879713	-0.127500493311	0.0200149779443	0.257216938543	0.0543632401005	-0.0600294596957	0.312063157097	-0.0772530584311	0.296507921056	-13.2125847418	-54.4934495381	-9.13440381144
4	2.83891450629	-1.02308876883	0.0633124372714	2.38606570257	0.405003700028	0.624866764525	0.1191893777	0.0699048120526	0.22266161321	-0.123549418822	-0.0959463358703	-0.47326253988	-0.120631508767	0.0363720498078	-0.0220823998476	0.232748012747	-0.0140420413203	0.0375953657347	0.226767875576	0.0421832903994	0.25594949913	1.3133873586	-43.8265790163	1.6538788576
5	3.73861869702	3.71803190124	-4.22869443301	6.81733128794	-1.93110419839	8.7046115776	0.705619234176	1.29898613397	1.52259317365	-0.814057998498	-0.0932337822509	0.265254831554	-0.920454296751	0.00404661503494	-0.464422782255	0.590117120167	0.158815358891	0.0607485415737	0.437129231953	0.158981826469	0.670522052721	-46.8946653028	-10.0758623944	-16.634838058
6	3.03764607853	-0.909946185969	0.153817582751	1.59996914548	0.0115224022273	1.01071997128	0.0142425841739	-0.156682310218	0.959068505331	-0.0400232753329	0.0633338490377	-0.107836337803	-0.250929161139	-0.00549267078073	-0.083947557707	0.310740215996	-0.010012562775	0.0271872918741	0.235343351181	-0.0660336220229	0.547282426671	-43.3875041038	-12.7293890911	-1.23705993864
7	3.28525367819	-0.305058949217	-0.0109745857419	3.01214325207	0.54820363734	1.82343181062	-0.189483837096	-0.828073923394	-0.160047030852	0.458679255283	0.217791457694	0.23264450229	0.0113669689986	0.138257056104	0.00612846668685	0.280690255404	0.0710629128328	0.0237391291158	0.421271070397	0.0116111365516	0.191506731392	-37.0455849846	-36.9933543107	11.7344788403
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 31 through 50 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 51 through 125 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 126 through 189 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 190 through 388 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 30 through 50 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 51 through 106 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 107 through 204 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 205 through 236 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 237 through 388 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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