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万見
- PDB-6x64: Legionella pneumophila Dot T4SS PR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x64
タイトルLegionella pneumophila Dot T4SS PR
要素Type IV secretion system unknown protein fragment
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Secretion / Dot
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Durie, C.L. / Sheedlo, M.J. / Chung, J.M. / Byrne, B.G. / Su, M. / Knight, T. / Swanson, M.S. / Lacy, D.B. / Ohi, M.D.
資金援助 米国, 7件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150027-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)2T32DK007673 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020011 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM129539 米国
Other privateSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI095755-10 米国
Other government1I01BX004447 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the Dot/Icm type IV secretion system core complex.
著者: Clarissa L Durie / Michael J Sheedlo / Jeong Min Chung / Brenda G Byrne / Min Su / Thomas Knight / Michele Swanson / D Borden Lacy / Melanie D Ohi /
要旨: is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia Legionnaires' Disease. This infection and subsequent pathology require the Dot/Icm Type IV Secretion System (T4SS) to deliver ... is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia Legionnaires' Disease. This infection and subsequent pathology require the Dot/Icm Type IV Secretion System (T4SS) to deliver effector proteins into host cells. Compared to prototypical T4SSs, the Dot/Icm assembly is much larger, containing ~27 different components including a core complex reported to be composed of five proteins: DotC, DotD, DotF, DotG, and DotH. Using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), we report reconstructions of the core complex of the Dot/Icm T4SS that includes a symmetry mismatch between distinct structural features of the outer membrane cap (OMC) and periplasmic ring (PR). We present models of known core complex proteins, DotC, DotD, and DotH, and two structurally similar proteins within the core complex, DotK and Lpg0657. This analysis reveals the stoichiometry and contact interfaces between the key proteins of the Dot/Icm T4SS core complex and provides a framework for understanding a complex molecular machine.
履歴
登録2020年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-22069
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-22069
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AV: Type IV secretion system unknown protein fragment
AW: Type IV secretion system unknown protein fragment
BV: Type IV secretion system unknown protein fragment
BW: Type IV secretion system unknown protein fragment
CV: Type IV secretion system unknown protein fragment
CW: Type IV secretion system unknown protein fragment
DV: Type IV secretion system unknown protein fragment
DW: Type IV secretion system unknown protein fragment
EV: Type IV secretion system unknown protein fragment
EW: Type IV secretion system unknown protein fragment
FV: Type IV secretion system unknown protein fragment
FW: Type IV secretion system unknown protein fragment
GV: Type IV secretion system unknown protein fragment
GW: Type IV secretion system unknown protein fragment
HV: Type IV secretion system unknown protein fragment
HW: Type IV secretion system unknown protein fragment
IV: Type IV secretion system unknown protein fragment
IW: Type IV secretion system unknown protein fragment
JV: Type IV secretion system unknown protein fragment
JW: Type IV secretion system unknown protein fragment
KV: Type IV secretion system unknown protein fragment
KW: Type IV secretion system unknown protein fragment
LV: Type IV secretion system unknown protein fragment
LW: Type IV secretion system unknown protein fragment
MV: Type IV secretion system unknown protein fragment
MW: Type IV secretion system unknown protein fragment
NV: Type IV secretion system unknown protein fragment
NW: Type IV secretion system unknown protein fragment
OV: Type IV secretion system unknown protein fragment
OW: Type IV secretion system unknown protein fragment
PV: Type IV secretion system unknown protein fragment
PW: Type IV secretion system unknown protein fragment
QV: Type IV secretion system unknown protein fragment
QW: Type IV secretion system unknown protein fragment
RV: Type IV secretion system unknown protein fragment
RW: Type IV secretion system unknown protein fragment


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,011,69036
ポリマ－1,011,69036
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area45440 Å2
ΔGint-490 kcal/mol
Surface area163260 Å2

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要素

#1: タンパク質 ...
Type IV secretion system unknown protein fragment / T4SS


分子量: 28102.492 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Legionella pneumophila (バクテリア)
配列の詳細The authors state that the sequences are unknown. The sample was imaged from a purification that ...The authors state that the sequences are unknown. The sample was imaged from a purification that was derived directly from L. pneumophila and the polymer chains could not be identified.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Legionella pneumophila Dot T4SS PR / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 58.1 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 771806
対称性点対称性: C18 (18回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 6850 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 60.71 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00715804
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.996222068
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04243168
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00713132
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.32163132

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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