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- EMDB-22068: Legionella pneumophila Dot T4SS OMC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22068
タイトルLegionella pneumophila Dot T4SS OMC
マップデータCryo-EM Reconstruction of WT OMC from L. pneumophila
試料
  • 複合体: Legionella pneumophila Dot T4SS OMC
    • タンパク質・ペプチド: DotC
    • タンパク質・ペプチド: Type IV secretion protein IcmK
    • タンパク質・ペプチド: Inner membrane lipoprotein YiaD
    • タンパク質・ペプチド: Type IV secretion system unknown protein fragment
    • タンパク質・ペプチド: DotD
キーワードSecretion / T4SS / Dot / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Putative type IV secretory system protein / Type IV secretory system, conjugal DNA-protein transfer / DotD protein / DotD superfamily / DotD protein / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily ...Putative type IV secretory system protein / Type IV secretory system, conjugal DNA-protein transfer / DotD protein / DotD superfamily / DotD protein / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / Putative outer membrane core complex of type IVb secretion / : / OmpA-like domain profile. / OmpA-like domain superfamily / OmpA family / OmpA-like domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Type IV secretion protein IcmK / DotD / DotC / LphA (DotK)
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Durie CL / Sheedlo MJ
資金援助 米国, 7件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI150027-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)2T32DK007673 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD020011 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM129539 米国
Other privateSF349247 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5R01AI095755-10 米国
Other government1I01BX004447 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the Dot/Icm type IV secretion system core complex.
著者: Clarissa L Durie / Michael J Sheedlo / Jeong Min Chung / Brenda G Byrne / Min Su / Thomas Knight / Michele Swanson / D Borden Lacy / Melanie D Ohi /
要旨: is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia Legionnaires' Disease. This infection and subsequent pathology require the Dot/Icm Type IV Secretion System (T4SS) to deliver ... is an opportunistic pathogen that causes the potentially fatal pneumonia Legionnaires' Disease. This infection and subsequent pathology require the Dot/Icm Type IV Secretion System (T4SS) to deliver effector proteins into host cells. Compared to prototypical T4SSs, the Dot/Icm assembly is much larger, containing ~27 different components including a core complex reported to be composed of five proteins: DotC, DotD, DotF, DotG, and DotH. Using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM), we report reconstructions of the core complex of the Dot/Icm T4SS that includes a symmetry mismatch between distinct structural features of the outer membrane cap (OMC) and periplasmic ring (PR). We present models of known core complex proteins, DotC, DotD, and DotH, and two structurally similar proteins within the core complex, DotK and Lpg0657. This analysis reveals the stoichiometry and contact interfaces between the key proteins of the Dot/Icm T4SS core complex and provides a framework for understanding a complex molecular machine.
履歴
登録2020年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月30日-
マップ公開2020年9月30日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6x62
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6x62
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22068.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22068.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 506 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM Reconstruction of WT OMC from L. pneumophila
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.64 Å/pix.
x 510 pix.
= 836.4 Å		1.64 Å/pix.
x 510 pix.
= 836.4 Å		1.64 Å/pix.
x 510 pix.
= 836.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.64 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.06147541 - 0.13617761
平均 (標準偏差)0.00010733995 (±0.0040485547)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ510510510
Spacing510510510
セルA=B=C: 836.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.641.641.64
M x/y/z510510510
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z836.400836.400836.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ212211153
NX/NY/NZ80102186
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS510510510
D min/max/mean-0.0610.1360.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Legionella pneumophila Dot T4SS OMC

全体名称: Legionella pneumophila Dot T4SS OMC
要素
  • 複合体: Legionella pneumophila Dot T4SS OMC
    • タンパク質・ペプチド: DotC
    • タンパク質・ペプチド: Type IV secretion protein IcmK
    • タンパク質・ペプチド: Inner membrane lipoprotein YiaD
    • タンパク質・ペプチド: Type IV secretion system unknown protein fragment
    • タンパク質・ペプチド: DotD

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超分子 #1: Legionella pneumophila Dot T4SS OMC

超分子名称: Legionella pneumophila Dot T4SS OMC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)

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分子 #1: DotC

分子名称: DotC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 34.162441 KDa
配列文字列: MRKFILSLSI LLSALLVACS SRNHYGDTGS LAGLQAMADS KYTRAQKKQK MGKIREMALK ETALSVGAQA GLAWRAKIID EQLNKQARN LDAIYDFNSL VLEHNILPPV LLEGRNTLNL ADAQSIRISD RTYKVAKQAH FITTPPTWRQ YLWMDYVKPE A PNVTLLPK ...文字列:
MRKFILSLSI LLSALLVACS SRNHYGDTGS LAGLQAMADS KYTRAQKKQK MGKIREMALK ETALSVGAQA GLAWRAKIID EQLNKQARN LDAIYDFNSL VLEHNILPPV LLEGRNTLNL ADAQSIRISD RTYKVAKQAH FITTPPTWRQ YLWMDYVKPE A PNVTLLPK TKAEKEIWCI YTERGWKNGI DQANTILEEN IARIKEDFGG MILYRKLLAM NMVSPPYVSH TDLGVTGDGS EI HIDDRVL RITALPELNV NSAEWRAAVA KDENALERFK NMEKLANQAK IVITNKSWQP IIAPVS

UniProtKB: DotC

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分子 #2: Type IV secretion protein IcmK

分子名称: Type IV secretion protein IcmK / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 38.958926 KDa
配列文字列: MMKKYDQLCK YCLVIGLTFS MSCSIYAADQ SDDAQQALQQ LRMLQQKLSQ NPSPDAQSGA GDGGDNAASD STQQPNQSGQ ANAPAANQT ATAGGDGQII SQDDAEVIDK KAFKDMTRNL YPLNPEQVVK LKQIYETSEY AKAATPGTPP KPTATSQFVN L SPGSTPPV ...文字列:
MMKKYDQLCK YCLVIGLTFS MSCSIYAADQ SDDAQQALQQ LRMLQQKLSQ NPSPDAQSGA GDGGDNAASD STQQPNQSGQ ANAPAANQT ATAGGDGQII SQDDAEVIDK KAFKDMTRNL YPLNPEQVVK LKQIYETSEY AKAATPGTPP KPTATSQFVN L SPGSTPPV IRLSQGFVSS LVFLDSTGAP WPIAAYDLGD PSSFNIQWDK TSNTLMIQAT KLYNYGNLAV RLRGLNTPVM LT LIPGQKA VDYRVDLRVQ GYGPNAKSMP TEEGIPPSAN DLLLHVLEGV PPPGSRRLVV SGGDARAWLS NEKMYVRTNL TIL SPGWLA SMTSADGTHA YEMQKSPVLL VSWHGKVMQL KVEGL

UniProtKB: Type IV secretion protein IcmK

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分子 #3: Inner membrane lipoprotein YiaD

分子名称: Inner membrane lipoprotein YiaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 21.096492 KDa
配列文字列: MRSLRTNYIY VLFKTTGLLF LLLLSACNRS GYIPENEVPK LPCRVDGACD ATIIKMMTDL NKKGIKVASV GQNYLISIPA SALFADQSP RLNWASYSLL NEIAAFLKQF RKIAITVTSY SSKYVSVKRE RALTLARSRV VSEYLWSQGV DSRIIFTQGL G SDKPITSY ...文字列:
MRSLRTNYIY VLFKTTGLLF LLLLSACNRS GYIPENEVPK LPCRVDGACD ATIIKMMTDL NKKGIKVASV GQNYLISIPA SALFADQSP RLNWASYSLL NEIAAFLKQF RKIAITVTSY SSKYVSVKRE RALTLARSRV VSEYLWSQGV DSRIIFTQGL G SDKPITSY TLGGDRSPNA RVEITFRRAV A

UniProtKB: LphA (DotK)

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分子 #4: Type IV secretion system unknown protein fragment

分子名称: Type IV secretion system unknown protein fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 52 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 51.037672 KDa
配列文字列: AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA A AAAAAAAA ...文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA A AAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AA AAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAA AAAAAA AAAAMRNLMR CLIMIKSLIK GVDMSRKLAK TRILGYGLMI CFLAGCFHPP YNNFQPDRRA VKRVGVDTGI GAVA GAIAS GTASGTLIGA AAGGTVGLVA SIYRDSKRKI IRDLQKQDIQ YVEYGDTRTL IIPTDKYFMF SSPRLNEICY PGLNN VIRL LNFYPQSTIY VAGFTDNVGS RSHKRKLSQA QAETMMTFLW ANGIAAKRLK AEGYGDKNAI SDNAIIHGSA QNRRIE IQW FTSPAQPPQP QMAYVK

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分子 #5: DotD

分子名称: DotD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 26 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 17.860678 KDa
配列文字列:
MNNNKIVIMF IFSALLAGCA GTMKFKKPPI NNPSDDATIK LAEAAVSVSD SMLEMAKVEK VITPPSKDNT LTIPNAYNLQ ARASVDWSG PIEELTARIA KAAHFRFRVL GKSPSVPVLI SISTKDESLA EILRDIDYQA GKKASIHVYP NSQVVELRYA K IYS

UniProtKB: DotD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 58.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 771806
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C13 (13回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 12200
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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