PDB-6x27: Lon protease proteolytic domain complexed with bortezomib

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6x27

タイトル

Lon protease proteolytic domain complexed with bortezomib

要素

Lon protease homolog, mitochondrial

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / covalent inhibitor / proteolytic domain / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidation-dependent protein catabolic process / response to aluminum ion / PH domain binding / mitochondrial protein catabolic process / endopeptidase La / G-quadruplex DNA binding / mitochondrial DNA metabolic process / : / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Lee, C.C. / Spraggon, G.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Design of Selective LONP1 Inhibitors for Probing In Vitro Biology.
著者: Kingsley, L.J. / He, X. / McNeill, M. / Nelson, J. / Nikulin, V. / Ma, Z. / Lu, W. / Zhou, V.W. / Manuia, M. / Kreusch, A. / Gao, M.Y. / Witmer, D. / Vaillancourt, M.T. / Lu, M. / Greenblatt, ...

履歴

登録	2020年5月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/6x27 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/6x27	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6wysSC 6wzvC 6x1mC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2mwm-d 3wu6-7 6wys-1 5jia-12 6x1m-2 5jia-2 6wys-2 6ff0-d 2ho9-d 3hva-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lon protease homolog, mitochondrial

B: Lon protease homolog, mitochondrial

C: Lon protease homolog, mitochondrial

D: Lon protease homolog, mitochondrial

E: Lon protease homolog, mitochondrial

F: Lon protease homolog, mitochondrial

G: Lon protease homolog, mitochondrial

H: Lon protease homolog, mitochondrial

I: Lon protease homolog, mitochondrial

J: Lon protease homolog, mitochondrial

K: Lon protease homolog, mitochondrial

L: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

292 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
24.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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9

I: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
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10

J: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
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11

K: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
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12

L: Lon protease homolog, mitochondrial

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	175.373, 175.373, 206.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Lon protease homolog, mitochondrial / LONHs / Lon protease-like protein / LONP / Mitochondrial ATP-dependent protease Lon / Serine protease 15 分子量: 23788.221 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LONP1, PRSS15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36776, endopeptidase La
#2: 化合物	ChemComp-BO2 / N-[(1R)-1-(DIHYDROXYBORYL)-3-METHYLBUTYL]-N-(PYRAZIN-2-YLCARBONYL)-L-PHENYLALANINAMIDE / BORTEZOMIB / ボルテゾミブ分子量: 384.237 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₅BN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 抗がん剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1591 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 5.0% polyethylene glycol 6000, 0.1M citric acid

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月20日

放射

モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9765 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.12→50 Å / Num. obs: 180816 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / R_merge(I) obs: 0.215 / R_pim(I) all: 0.058 / R_rim(I) all: 0.223 / Χ²: 1.055 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 2654083

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.12-2.14	11.7	1.047	5914	0.794	0.318	1.095	0.721	99.7
2.14-2.17	13.1	1.048	5944	0.832	0.3	1.091	0.714	100
2.17-2.2	13.7	1.013	5984	0.847	0.283	1.052	0.732	100
2.2-2.22	14.8	0.994	5950	0.863	0.268	1.03	0.733	100
2.22-2.25	15	0.91	5971	0.892	0.243	0.942	0.768	100
2.25-2.28	15	0.781	5951	0.921	0.208	0.808	0.765	100
2.28-2.32	15	0.713	5983	0.93	0.19	0.738	0.764	100
2.32-2.35	15.1	0.635	5948	0.942	0.169	0.657	0.769	100
2.35-2.39	15.1	0.595	5959	0.947	0.158	0.616	0.775	100
2.39-2.43	15.1	0.589	5996	0.947	0.157	0.61	0.776	100
2.43-2.47	15.1	0.544	5953	0.955	0.145	0.563	0.78	100
2.47-2.51	15	0.535	5997	0.954	0.142	0.554	0.793	100
2.51-2.56	15.1	0.485	5970	0.959	0.129	0.502	0.791	100
2.56-2.61	15	0.443	5995	0.969	0.118	0.459	0.798	100
2.61-2.67	15.1	0.387	5975	0.975	0.103	0.401	0.832	100
2.67-2.73	15	0.349	6025	0.98	0.093	0.361	0.845	100
2.73-2.8	15	0.319	5976	0.983	0.085	0.33	0.865	100
2.8-2.88	15	0.27	6019	0.988	0.072	0.279	0.9	100
2.88-2.96	15	0.233	6011	0.99	0.062	0.241	0.942	100
2.96-3.06	15	0.205	5995	0.992	0.055	0.213	0.97	100
3.06-3.17	15	0.181	6027	0.994	0.048	0.187	1.025	100
3.17-3.29	15	0.165	6043	0.994	0.044	0.17	1.074	100
3.29-3.44	14.9	0.14	6055	0.996	0.037	0.145	1.151	100
3.44-3.62	14.9	0.119	6038	0.996	0.032	0.123	1.362	100
3.62-3.85	14.8	0.115	6065	0.997	0.031	0.119	1.712	100
3.85-4.15	14.6	0.116	6092	0.996	0.031	0.12	2.082	100
4.15-4.57	14.4	0.103	6108	0.997	0.028	0.107	2.495	100
4.57-5.23	14.4	0.094	6156	0.997	0.026	0.097	2.111	100
5.23-6.58	14.2	0.091	6212	0.998	0.025	0.094	1.214	100
6.58-50	14.2	0.051	6504	0.999	0.014	0.053	1.283	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.17_3644	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6WYS

6wys

解像度: 2.12→46.04 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.52 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1941	8832	4.89 %
R_work	0.1572	171844	-
obs	0.159	180676	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.13 Å² / B_iso mean: 26.2282 Å² / B_iso min: 3.56 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.12→46.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16771	0	526	1591	18888
B_iso mean	-	-	27.5	35.89	-
残基数	-	-	-	-	2249

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.12-2.14	0.2411	292	0.1937	5592	5884	99
2.14-2.17	0.2508	308	0.1857	5635	5943	100
2.17-2.2	0.2357	296	0.1814	5695	5991	100
2.2-2.22	0.2317	305	0.1801	5631	5936	100
2.22-2.25	0.2296	299	0.1762	5682	5981	100
2.25-2.28	0.2253	281	0.1716	5666	5947	100
2.28-2.32	0.2167	310	0.169	5658	5968	100
2.32-2.35	0.2292	278	0.1602	5688	5966	100
2.35-2.39	0.1916	266	0.156	5688	5954	100
2.39-2.43	0.2061	298	0.159	5695	5993	100
2.43-2.47	0.2163	306	0.1616	5644	5950	100
2.47-2.51	0.2051	310	0.1623	5695	6005	100
2.51-2.56	0.1856	291	0.1593	5676	5967	100
2.56-2.61	0.2201	270	0.1631	5718	5988	100
2.61-2.67	0.211	317	0.1588	5666	5983	100
2.67-2.73	0.2177	261	0.1657	5750	6011	100
2.73-2.8	0.2108	301	0.1605	5680	5981	100
2.8-2.88	0.1905	280	0.1542	5741	6021	100
2.88-2.96	0.1886	300	0.1486	5698	5998	100
2.96-3.06	0.1777	308	0.1525	5693	6001	100
3.06-3.17	0.2036	296	0.1614	5730	6026	100
3.17-3.29	0.2057	287	0.1606	5756	6043	100
3.29-3.44	0.2074	304	0.1563	5746	6050	100
3.44-3.63	0.1763	286	0.1507	5747	6033	100
3.63-3.85	0.1789	305	0.1428	5762	6067	100
3.85-4.15	0.1704	291	0.1336	5800	6091	100
4.15-4.57	0.1403	297	0.1206	5797	6094	100
4.57-5.23	0.1578	291	0.135	5865	6156	100
5.23-6.58	0.2002	300	0.1802	5903	6203	100
6.58-46.04	0.1896	298	0.188	6147	6445	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8938	-0.9763	3.5733	1.5448	-0.378	5.8112	-0.0401	0.1591	0.3235	0.08	-0.0064	-0.2986	-0.3149	0.3893	0.0075	0.122	-0.0021	0.0211	0.1522	-0.0154	0.1811	79.9599	-40.5323	-105.2008
2	2.2484	1.1993	1.4241	4.0504	1.3087	4.8706	-0.1821	-0.7393	-0.3386	0.6513	0.0268	-0.0827	-0.0152	0.0881	0.1056	0.1858	0.0311	0.0288	0.3584	0.069	0.1884	72.1731	-49.3235	-92.9375
3	2.6255	-3.1687	1.6959	6.0288	-1.3961	4.4583	-0.1873	-0.2441	-0.2172	0.3695	0.1357	-0.0547	0.251	-0.1081	0.0296	0.1373	-0.0299	0.0085	0.1383	0.0108	0.1376	74.6767	-57.6622	-100.7677
4	6.6236	-5.6276	-0.1914	6.8951	0.8247	2.1799	-0.3003	-0.4555	-0.4468	0.7026	0.2669	0.1047	0.3618	0.1913	0.062	0.1985	0.0257	-0.0381	0.2351	0.0044	0.1687	80.0665	-54.6776	-91.5281
5	1.341	-0.3077	0.0955	1.2724	0.0709	1.4236	-0.036	-0.0016	0.0488	-0.0123	0.0446	-0.1221	-0.0069	0.1773	0.0006	0.0922	-0.0135	0.0147	0.1284	-0.0138	0.1222	78.6164	-49.5059	-106.3831
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 754 through 785 )	A	754 - 785
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 808 through 828 )	A	808 - 828
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 829 through 843 )	A	829 - 843
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 844 through 894 )	A	844 - 894
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7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 909 through 948 )	A	909 - 948
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9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 786 through 828 )	B	786 - 828
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 829 through 843 )	B	829 - 843
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 844 through 894 )	B	844 - 894
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 895 through 908 )	B	895 - 908
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 909 through 948 )	B	909 - 948
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 755 through 785 )	C	755 - 785
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 786 through 807 )	C	786 - 807
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 808 through 828 )	C	808 - 828
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 829 through 844 )	C	829 - 844
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 845 through 894 )	C	845 - 894
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 895 through 908 )	C	895 - 908
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 909 through 946 )	C	909 - 946
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 947 through 957 )	C	947 - 957
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 755 through 785 )	D	755 - 785
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 786 through 828 )	D	786 - 828
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 829 through 844 )	D	829 - 844
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 845 through 908 )	D	845 - 908
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 909 through 949 )	D	909 - 949
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 755 through 785 )	E	755 - 785
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 786 through 828 )	E	786 - 828
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 829 through 869 )	E	829 - 869
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 870 through 894 )	E	870 - 894
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 895 through 908 )	E	895 - 908
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 909 through 949 )	E	909 - 949
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 754 through 785 )	F	754 - 785
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 786 through 828 )	F	786 - 828
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 829 through 843 )	F	829 - 843
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 844 through 894 )	F	844 - 894
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 895 through 908 )	F	895 - 908
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 909 through 948 )	F	909 - 948
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 755 through 785 )	G	755 - 785
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 786 through 828 )	G	786 - 828
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'G' and (resid 829 through 856 )	G	829 - 856
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 857 through 908 )	G	857 - 908
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resid 909 through 948 )	G	909 - 948
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 755 through 785 )	H	755 - 785
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 786 through 828 )	H	786 - 828
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 829 through 843 )	H	829 - 843
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'H' and (resid 844 through 908 )	H	844 - 908
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'H' and (resid 909 through 946 )	H	909 - 946
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'H' and (resid 947 through 957 )	H	947 - 957
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 754 through 785 )	I	754 - 785
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 786 through 807 )	I	786 - 807
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 808 through 828 )	I	808 - 828
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'I' and (resid 829 through 844 )	I	829 - 844
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'I' and (resid 845 through 856 )	I	845 - 856
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'I' and (resid 857 through 894 )	I	857 - 894
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'I' and (resid 895 through 908 )	I	895 - 908
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'I' and (resid 909 through 938 )	I	909 - 938
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'I' and (resid 939 through 949 )	I	939 - 949
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'J' and (resid 754 through 785 )	J	754 - 785
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'J' and (resid 786 through 828 )	J	786 - 828
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'J' and (resid 829 through 856 )	J	829 - 856
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'J' and (resid 857 through 908 )	J	857 - 908
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'J' and (resid 909 through 949 )	J	909 - 949
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'K' and (resid 754 through 785 )	K	754 - 785
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'K' and (resid 786 through 807 )	K	786 - 807
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'K' and (resid 808 through 828 )	K	808 - 828
67	X-RAY DIFFRACTION	67	chain 'K' and (resid 829 through 869 )	K	829 - 869
68	X-RAY DIFFRACTION	68	chain 'K' and (resid 870 through 879 )	K	870 - 879
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70	X-RAY DIFFRACTION	70	chain 'K' and (resid 909 through 938 )	K	909 - 938
71	X-RAY DIFFRACTION	71	chain 'K' and (resid 939 through 949 )	K	939 - 949
72	X-RAY DIFFRACTION	72	chain 'L' and (resid 754 through 785 )	L	754 - 785
73	X-RAY DIFFRACTION	73	chain 'L' and (resid 786 through 828 )	L	786 - 828
74	X-RAY DIFFRACTION	74	chain 'L' and (resid 829 through 844 )	L	829 - 844
75	X-RAY DIFFRACTION	75	chain 'L' and (resid 845 through 908 )	L	845 - 908
76	X-RAY DIFFRACTION	76	chain 'L' and (resid 909 through 946 )	L	909 - 946
77	X-RAY DIFFRACTION	77	chain 'L' and (resid 947 through 956 )	L	947 - 956

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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