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- PDB-6x25: CRYSTAL STRUCTURE OF INOSITOL POLYPHOSPHATE 1-PHOSPHATASE INPP1 I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x25
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF INOSITOL POLYPHOSPHATE 1-PHOSPHATASE INPP1 IN COMPLEX GADOLINIUM AFTER ADDITION OF INOSITOL 1,3,4-TRISPHOSPHATE AND LITHIUM AT 3.2 ANGSTROM RESOLUTION
要素Inositol polyphosphate 1-phosphatase
キーワードSIGNALING PROTEIN / inositol phosphate / neurological disease / Bipolar disorder / manic depressive illness / phosphatase / lithium binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-1,3,4-trisphosphate 1-phosphatase activity / Synthesis of IP2, IP, and Ins in the cytosol / inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase / inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase activity / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Inositol polyphosphate 1-phosphatase, domain 1 / : / Inositol monophosphatase, conserved site / Inositol monophosphatase family signature 2. / Inositol monophosphatase, metal-binding site / Inositol monophosphatase family signature 1. / Inositol monophosphatase-like / Inositol monophosphatase family
類似検索 - ドメイン・相同性
GADOLINIUM ATOM / Inositol polyphosphate 1-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Dollins, D.E. / Endo-Streeter, S. / Ren, Y. / York, J.D.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL055672 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM124404 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)York Investigator 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A structural basis for lithium and substrate binding of an inositide phosphatase.
著者: Dollins, D.E. / Xiong, J.P. / Endo-Streeter, S. / Anderson, D.E. / Bansal, V.S. / Ponder, J.W. / Ren, Y. / York, J.D.
履歴
登録2020年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol polyphosphate 1-phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4845
ポリマ－43,9771
非ポリマー5074
水28816
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.640, 51.640, 143.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Inositol polyphosphate 1-phosphatase / IPPase


分子量: 43976.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: INPP1 / 発現宿主: Baculoviridae sp. (ウイルス)
参照: UniProt: P21327, inositol-1,4-bisphosphate 1-phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム


分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.25
詳細: Tetragonal shaped crystals amenable to diffraction studies were grown by the hanging drop vapor diffusion method on silanized glass covers slips at 20 C and grew with dimensions routinely ...詳細: Tetragonal shaped crystals amenable to diffraction studies were grown by the hanging drop vapor diffusion method on silanized glass covers slips at 20 C and grew with dimensions routinely exceeding 0.1 x 0.1 x 0.5mm. Gd3+, a competitive inhibitor of Mg2+, has a useful anomalous absorption edge at the CuK wavelength and therefore was used in the co-crystallization or soaking conditions. -Mg2+/+Li+/+Ins(1,3,4)P3/+Gd3+ (data=ip7r): Reservoir solution consisted of 10% PEG 8000, 80mM Bis-Tris, pH 5.25, 2mM Gd2(SO4)3, 1mM Ins(1,3,4)P3; 200mM Li2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: UCSD MARK II / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→10.22 Å / Num. obs: 11374 / % possible obs: 85 % / 冗長度: 2.1 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.45 Å / Num. unique obs: 950 / Rsym value: 0.193

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
UCSD-systemデータ削減
UCSD-systemデータスケーリング
SQUASH位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1INP

1inp


解像度: 3.2→10.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.88 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.87 / SU B: 53.751 / SU ML: 0.428 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.557 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24551 340 5.8 %RANDOM
Rwork0.19883 ---
obs0.20161 5527 94.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.415 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.76 Å20 Å20 Å2
2--0.76 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→10.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2536 0 12 16 2564
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0132592
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0172467
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.041.6283509
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.991.5735729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1245322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.07123.902123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.95215459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.4381511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0260.2343
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022841
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02500
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5473.7191300
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5473.7171299
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.0415.8341615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.0415.8371616
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.2213.8191292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.1983.7831285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.4715.9221882
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.66124.9332638
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.38824.9222636
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.275 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 15 -
Rwork0.274 291 -
obs--75.37 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.8069 Å / Origin y: 9.8218 Å / Origin z: 34.8989 Å
111213212223313233
T0.0663 Å20.0023 Å2-0.043 Å2-0.0532 Å2-0.0121 Å2--0.081 Å2
L1.278 °2-0.795 °20.3131 °2-0.8846 °20.0402 °2--2.5791 °2
S0.0984 Å °0.1247 Å °-0.1512 Å °0.069 Å °-0.0726 Å °0.0036 Å °-0.1068 Å °0.0871 Å °-0.0258 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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