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- PDB-6x1m: Lon protease proteolytic domain complexed with covalent boronic a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6x1m
タイトルLon protease proteolytic domain complexed with covalent boronic acid inhibitor
要素Lon protease homolog, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / covalent inhibitor / proteolytic domain
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / mitochondrial protein catabolic process / G-quadruplex DNA binding / endopeptidase La / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid ...oxidation-dependent protein catabolic process / PH domain binding / mitochondrial protein catabolic process / G-quadruplex DNA binding / endopeptidase La / mitochondrial DNA metabolic process / mitochondrial genome maintenance / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / mitochondrial nucleoid / insulin receptor substrate binding / chaperone-mediated protein complex assembly / DNA polymerase binding / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Mitochondrial protein degradation / proteolysis involved in protein catabolic process / mitochondrion organization / ADP binding / protein catabolic process / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / single-stranded RNA binding / response to hypoxia / mitochondrial matrix / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lon protease homologue, chloroplastic/mitochondrial / Lon protease, bacterial/eukaryotic-type / Lon protease AAA+ ATPase lid domain / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Lon N-terminal domain profile. ...Lon protease homologue, chloroplastic/mitochondrial / Lon protease, bacterial/eukaryotic-type / Lon protease AAA+ ATPase lid domain / Peptidase S16, active site / ATP-dependent serine proteases, lon family, serine active site. / Lon proteolytic domain profile. / Peptidase S16, Lon proteolytic domain / Lon protease / Lon protease (S16) C-terminal proteolytic domain / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / PUA-like superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-UKS / Lon protease homolog, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Lee, C.C. / Spraggon, G.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Structure-Based Design of Selective LONP1 Inhibitors for Probing In Vitro Biology.
著者: Kingsley, L.J. / He, X. / McNeill, M. / Nelson, J. / Nikulin, V. / Ma, Z. / Lu, W. / Zhou, V.W. / Manuia, M. / Kreusch, A. / Gao, M.Y. / Witmer, D. / Vaillancourt, M.T. / Lu, M. / Greenblatt, ...著者: Kingsley, L.J. / He, X. / McNeill, M. / Nelson, J. / Nikulin, V. / Ma, Z. / Lu, W. / Zhou, V.W. / Manuia, M. / Kreusch, A. / Gao, M.Y. / Witmer, D. / Vaillancourt, M.T. / Lu, M. / Greenblatt, S. / Lee, C. / Vashisht, A. / Bender, S. / Spraggon, G. / Michellys, P.Y. / Jia, Y. / Haling, J.R. / Lelais, G.
履歴
登録2020年5月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年5月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lon protease homolog, mitochondrial
B: Lon protease homolog, mitochondrial
C: Lon protease homolog, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,1615
ポリマ－71,3653
非ポリマー7972
水00
1
A: Lon protease homolog, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1862
ポリマ－23,7881
非ポリマー3981
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lon protease homolog, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1862
ポリマ－23,7881
非ポリマー3981
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lon protease homolog, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7881
ポリマ－23,7881
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)185.769, 185.769, 159.773
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Lon protease homolog, mitochondrial / LONHs / Lon protease-like protein / LONP / Mitochondrial ATP-dependent protease Lon / Serine protease 15


分子量: 23788.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LONP1, PRSS15 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P36776, endopeptidase La
#2: 化合物 ChemComp-UKS / [(1R)-4-phenyl-1-{[N-(pyrazine-2-carbonyl)-D-norvalyl]amino}butyl]boronic acid


分子量: 398.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H27BN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 2% PEG 400; 2.0M (NH4)2SO4 0.1M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月9日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 16306 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Rpim(I) all: 0.207 / Rrim(I) all: 0.535 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 1.9 / Num. measured all: 104716
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.25-3.313.22.5366060.1471.332.8920.86672.7
3.31-3.373.52.1417000.1461.1342.4470.84787.4
3.37-3.434.12.1487940.1721.1112.4410.86593.6
3.43-3.54.91.7578030.3140.841.9590.88697.1
3.5-3.585.61.6837950.3260.7611.8540.91398.5
3.58-3.6661.3678290.4970.5961.4960.93399.3
3.66-3.756.50.978210.5910.4131.0570.94799.9
3.75-3.856.61.088470.6120.4491.1710.95100
3.85-3.976.91.0088290.7640.4151.0920.967100
3.97-4.097.10.8388230.7220.3390.9060.954100
4.09-4.247.10.6948380.8520.2790.7490.992100
4.24-4.417.20.4588380.9020.1830.4931.05100
4.41-4.617.30.4538250.9180.180.4881.047100
4.61-4.857.40.4258370.9420.1670.4571.026100
4.85-5.167.40.4338390.9290.1710.4661.046100
5.16-5.567.40.5438330.8790.2150.5840.996100
5.56-6.117.30.4648480.8970.1840.4990.974100
6.11-77.10.4038540.9220.1620.4350.969100
7-8.817.10.168550.990.0640.1720.949100
8.81-507.10.0678920.9980.0270.0720.864100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.17_3644精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 6WYS

6wys


解像度: 3.51→48.39 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3077 590 4.82 %
Rwork0.2112 11653 -
obs0.2158 12243 91.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 299.93 Å2 / Biso mean: 79.4339 Å2 / Biso min: 1.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.51→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4281 0 58 0 4339
Biso mean--58.95 --
残基数----577
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.51-3.860.35581010.25812053215465
3.86-4.420.3171670.21531423309100
4.42-5.570.27531500.201531903340100
5.57-48.390.30881720.232683440100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.88941.21382.07014.67810.84047.0097-0.0059-0.23420.46230.1264-0.185-0.3223-0.3517-0.45790.14050.2744-0.0267-0.01290.53760.11850.322827.2845326.846560.8983
26.0148-0.2991-0.98453.24460.0881.15060.43620.65820.9317-0.2819-0.03080.35310.01320.0990.21330.87940.3102-0.0190.17310.00670.349317.3522336.901653.9931
31.0860.4505-2.22521.0936-0.51094.70910.1036-0.12040.08480.2380.1771-0.0296-0.11410.1537-0.5560.53020.1472-0.18220.53810.01130.55521.315328.587255.3545
41.29180.46122.5314.06570.48485.03010.20270.01140.1475-0.1048-0.0841-0.3626-0.31870.5099-0.20420.2817-0.07880.08260.38120.03270.585330.4918339.171362.962
57.25630.82-2.58378.51471.13243.5277-1.01170.241-0.31760.17540.2079-0.38320.20830.56530.42620.4392-0.08320.02560.46580.19610.533537.7273344.858268.499
66.1222-0.42041.05066.4745-6.10485.8341-0.2107-0.3826-0.2548-0.44950.1799-1.0573-1.6550.4954-0.00260.747-0.26160.08870.87680.13330.658434.2248343.348549.7436
72.9794-0.4298-0.02314.66582.33083.0683-0.574-0.2972-0.79770.63020.61390.06220.85390.1823-0.37760.42340.12960.19340.49380.05130.620622.6365295.856864.17
86.67080.01730.73533.2089-2.91915.2384-0.1078-0.058-0.132-0.2043-0.1346-0.23730.5881-0.13220.17730.4165-0.02550.14520.3843-0.09610.434117.3844309.133855.9974
94.25391.0774-2.45442.113-2.39084.3037-0.11230.08890.4766-0.51810.31340.3276-0.61430.0161-0.38690.5347-0.24680.05940.49090.07830.465915.6009306.473854.307
103.57910.7842.19941.5762-1.00646.66920.11910.3229-0.4150.02610.3074-0.13570.62831.1156-0.29860.43990.04810.18440.5799-0.01380.532732.3309303.496962.8825
110.6116-0.98320.71174.9884-2.89723.4486-0.2-0.2556-0.3607-0.02350.65560.06060.5734-0.5622-0.18970.4303-0.05260.24570.9097-0.04050.694343.6062319.397350.6244
124.6496-0.2399-0.79563.5874-0.64192.4839-0.1811-0.00910.7188-0.3560.6609-0.4835-1.1997-0.0017-0.41620.7919-0.11590.33310.5371-0.08850.724742.1527336.085739.1494
134.318-0.6012.20715.01752.77173.04490.00661.23390.5328-1.44270.615-0.0401-1.36160.024-0.10780.73540.00220.12190.85370.25780.534542.0854333.043425.9451
141.8323-0.21690.9543.93881.63051.29130.11450.2950.33550.19840.56320.0961-0.252-0.2918-0.41970.4356-0.06310.19950.66290.23590.602345.5108328.295235.5297
154.8165-1.05533.68312.20920.10463.32280.43090.5805-0.2126-0.03210.2388-0.1745-0.15830.5813-0.42950.4601-0.07760.15360.58620.02370.510753.3613316.5638.8206
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 754 through 807 )A754 - 807
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 808 through 828 )A808 - 828
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 829 through 856 )A829 - 856
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 857 through 921 )A857 - 921
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 922 through 938 )A922 - 938
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 939 through 955 )A939 - 955
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 753 through 773 )B753 - 773
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 774 through 828 )B774 - 828
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 829 through 853 )B829 - 853
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 854 through 949 )B854 - 949
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 746 through 773 )C746 - 773
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 774 through 807 )C774 - 807
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 808 through 838 )C808 - 838
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 839 through 889 )C839 - 889
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 890 through 948 )C890 - 948

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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